故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……

西曆2150年，在4年前的「第一次蒼穹作戰」後，「異界體（Festum）」依然殘酷的摧殘著人類僅存的生活圈。在當時，夏威夷生存圈正遭受異界體攻擊，正當負責守衛及支援基地的人類軍仍頑強扺抗之際，新聯合國總部卻發出「交戰規定α」，以數枚核彈將基地以及其所在島嶼摧毀，但出現在該處的阿撒謝爾型異界體卻未受太嚴重的傷害。

在之後的一年，再次隱匿於世界中的龍宮島出現「狀況」。過去曾幾度襲撃島嶼的人類軍再次出現，且傳來救援訊號，而率領部隊的納雷因將軍卻無敵意，並表明希望讓雙方的「希望」見面……

2150 A.D. The battle with the Festum, the silicon life-forms from distant outer space, had reached a new dimension. The North Polar Meir that was crushed during the First Azure Operation had dispersed its fragments all over the world. They all started activity on their own as independent Meirs. Most of the Meirs harbored hatred towards humanity and challenged a fight, however, a portion of the Festum chose coexistence with mankind. Amongst the crossfire, the Ryugujima island alone disappeared from the forefront of battle and continued its silence. The island had gained a means to converse with the Meir since their encounter with Misao Kurusu two years ago. The children of ALVISS had been searching for a way to understand the enemy as they prepared for battle. And now, once again, further evolution was about to befall the island. A girl that understands the language of the Festum, and a girl protected by a Festum. When the two meet, the doors to a new universe opens.

2150 A.D. La bataille contre les Festum, les formes de vie en silicium venues de l'espace, a atteint une nouvelle dimension. Le Meir polaire nord qui avait été écrasé lors de la première opération Azure avait dispersé ses fragments dans le monde entier. Ils ont tous commencé leur activité en tant que Meirs indépendants cherchant le conflit avec l'humanité.

L'umanità vive un’era pacifica, grazie al sacrificio di molti. Un ragazzo si chiede cosa esattamente stesse cercando l’umanità, quando ostinatamente procedeva verso la denegata possibilità di perdere tutto. Quando viene chiesto a Kazuki Makabe quale sia la carriera che voglia intraprendere, visto che ormai tutti gli altri hanno deciso, egli risponde che imparerà qualcosa e farà qualcosa, ma che sarà infelice se questo comporterà lasciare dietro le spalle “qualcos'altro”. Il posto in cui vive è il posto in cui vivevano i suoi preziosi compagni, quindi vuole restarvi.... “ci sono due speranze!”.

“あなたは　そこにいますか？”西暦2150年。遠い宇宙から来たシリコン生命体・フェストゥムとの戦いは、新たな局面を迎えていた。第一次蒼穹作戦で砕かれた北極ミールは、その欠片を世界中にまき散らした。それらはやがて、独立したミールとして、個別の活動を始めた。大半のミールは人類への憎しみを抱き、戦いを挑んできたが、一部のフェストゥムは人類との共生を選択した。同じ思想を持つ者は、人類のなかにも存在した。彼らは人間であり、フェストゥムでもあった。その存在が戦局を混乱させ、より多くの憎しみを生んだ。戦いはもう、人類対フェストゥムという単純な構図では語れなくなっていた。そんななか、竜宮島だけは戦いの表舞台から姿を消し、沈黙を守っていた。2年前の来須 操との邂逅で、島はミールと対話する手段を手に入れた。それは島に、可能性をもたらした。アルヴィスの子たちは、戦いの準備を整えながら、敵を理解する術を模索していた。そして、今また、島に更なる進化がもたらされようとしていた。フェストゥムの言語を解する少女と、フェストゥムに守られた少女。ふたりが出会う時、新たな世界の扉が開く…

평화로운 타츠미야 섬. 어릴 적 아이들은 어느 날, 갑자기 "당신은 거기에 있습니까?"라고 말하는 음성 신호를 받게 된다. 뭔지 몰랐던 아이들은 "네. 여기 있습니다."라고 대답했다. 그리고..... 주인공 마카베 카즈키는 과거의 어떤 일을 계기로 소원해진 친구 미나시로 소우시와 토오미 마야 등과 함께 평범하고 평화로운 일상을 살고 있었다. 그러나 갑자기 미지의 적 페스툼이 쳐들어온다. 페스툼의 맹렬한 공격 가운데 카즈키 앞에 나타난 거인 파프너. 카즈키는 살기 위해 파프너에 타게 된다. 그리고 지옥 같은 전쟁으로 뛰어들게 되는데….

W roku 2149, walka przeciwko Festum osiągnęła zupełnie nową fazę. Festum nie tylko zrozumieli uczucia ludzi, ale także nauczyli się ich taktyk wojennych. Wypełnione emocjami fragmenty zniszczonego Miru z bieguna północnego, rozproszyły się po całym świecie i zaczęły działać na własną rękę co wywołało rozłam wśród obcych. Część odłamków wypełniona przez gniew i nienawiść, rozpoczęła ofensywę przeciwko ludzkości. Inne zdecydowały się na współistnienie w jednym świecie. Jednak koegzystencja ludzkości i Festum to koncepcja nie dla wszystkich możliwa do zaakceptowania. Wielu ludzi nadal pragnie całkowitego unicestwienia obcych i nie zawaha się zaatakować ludzkiego gatunku w imię własnej sprawiedliwości.

A continuação de Soukyuu no Fafner: Dead Aggressor se passa dois anos após o filme Heaven and Earth. No século 22, jovens da ilha Tatsumiya vivem normalmente sem conhecer a verdadeira situação do resto do mundo e de seus habitantes; um mundo destruído em que sua população fora reduzida para menos de 2/3 de seu total. Festums, o nome dado aos inimigos, estão para além dos humanos. Através do fenômeno da assimilação, sua intenção é retornar toda existência ao estado primordial: o vácuo, o vazio, o nada, a não-existência. Esse foi o caminho que eles escolheram, mas a humanidade escolheu outro caminho: o estar aí (Anata wa soko ni imasuka?). Para se defender da força poderosa da Mir inimiga, os habitantes da ilha Tatsumiya desenvolveram sua própria Mir, em que crianças foram criadas para pilotar Fafners, Robôs que somente elas, através dos elementos de Festums em seus genes, podem com eles se assimilar (tornar-se um) e pilotá-los.

2150 год нашей эры. Битва с Фестумом, кремниевыми формами жизни из далекого космоса, достигла нового уровня. Северный полярный Меир, который был раздавлен во время Первой Лазурной операции, разлетелся своими фрагментами по всему миру. Все они начали самостоятельную деятельность в качестве независимых Меиров. Большинство Меиров затаили ненависть к человечеству и бросили вызов битве, однако часть Фестума выбрала сосуществование с человечеством. Среди перекрестного огня только остров Рюгудзима исчез с поля боя и продолжал молчать. Остров получил возможность общаться с Меиром после их встречи с Мисао Курусу два года назад. Дети ALVISS искали способ понять врага, готовясь к битве. И теперь, снова, остров готовился к дальнейшей эволюции. Девушка, понимающая язык Фестума, и девушка, защищенная Фестумом. Когда они встречаются, открываются двери в новую вселенную.

Secuela de Soukyuu no Fafner: Dead Aggressor, ubicada dos años después de Heaven and Earth.