베스파의 MS '샤코'에 탑승한 13세 소년 웃소는 그것을 탈환하기 위해 습격한 크로노클의 조로와 격돌.

하지만 적의 압도적 전력 앞에 데미지를 받은 웃소는 겨우 탈출한다.

그의 수색에 나타난 마베트의 코어 파이터와 합류해 우이그의 리가 밀리티어의 비밀 공장으로 향하지만...

카사레리아에서 평온한 생활을 보내고 있던 웃소.

그러던 어느 날, 패러글라이딩을 즐기는 그의 앞에 갑자기 베스파의 MS '샤코'가 출현하여, 웃소의 패러글라이딩에 휘감겨버린다.

떨어지지 않으려고 필사적으로 샤코에 매달린 웃소는 공교롭게도 운전석에 잠입.

조종사와 몸싸움 끝에 샤코를 탈취하는데 성공한다.

리가 밀리티어의 비밀 공장이 있는 우이그로 향하는 웃소.

하지만 마을은 베스파의 옐로우 재킷의 공격을 받아, 불바다로 변해 있었다.

샤코를 타고 시내에 도착한 웃소는 동경하던 여자 카테지나를 구출하러 떠난다.

그러나, 필사적으로 응전하는 레지스탕스 부대에게 베스파로 오해 받아, 공격을 받게 되는데 ...

카사레리아 숲에 숨어 베스파의 공격에 대비해 코어 파이터 수리를 서두르는 리가 밀리티어의 일원.

하지만 그 준비가 갖춰지기도 전에 사바토가 이끄는 베스파의 MS 부대가 카사레리아 숲을 습격한다.

리가 밀리티어를 끌어내기 위해, 무차별 폭격을 시작한다.

웃소는 홀로 샤코를 타고 적 부대로 향한다.

베스파의 MS를 압도적인 전투능력으로 격퇴한 V건담을 보고 기뻐하는 리가 밀리티어.

그러나 그것도 잠시, 신형 모빌슈트 곳조라을 탄 가리 탄이 전우의 복수심을 불태우며 강습해온다.

베스파 라겐 기지에서 기사도를 존중하는 와타리 기라 중위가 이끄는 모빌 슈트 부대를 출격한다.

코어 파이터로 출격한 웃소는 V건담으로 합체하고, 적 부대를 격퇴한다.

그러나 그 전투 중에, 오이 늉 백작과 카테지나가 크로노클에게 납치당한다.

카미온을 떠나 샤크티를 쫓아 카사레리아로 향하는 웃소의 앞에 두카의 갓탈 전투 오토바이 부대가 나타난다.

거기에 피피니덴이 이끄는 톰리아트 부대도 나타난다.

그 무렵 베스파에 잡힌 오이 늉 백작은 단두대에 걸렸다.

전투를 거부하는 웃소는 샤크티와 함께 카사레리아로 돌아가 버린다.

웃소가 사라진 카미온에 피피니덴이 이끄는 톰리앗트의 정예 부대가 습격한다.

마베트는 부상을 무릅쓰고 출격하지만 숫자엔 장사가 없어 궁지에 몰린다.

카미온에서 떨어진 웃소 일행은 카사레리아 남은 샤크티에게 향한다.

그러나 베스파의 MS 조로를 발견, 그 모습을 살피고 있던 웃소였지만, 새로 출현한 2대의 조로에게 V건담과 함께 붙잡혀 버린다.

카미온 대는 리가 밀리티어의 지도자, 진 자하남의 지령을 받아 포인트 "DD"로 향하고 있었다.

단독 행동을 취한 웃소는 데프레 대에 발각당해 위기에 빠진다.

그때 여성들로만 구성된 리가 밀리티어의 부대 슈라크 대가 나타난다.

집결지 베첸에 도착한 웃소일행은 휴식 없이 곧바로 수송기로 아티 지브랄탈로 향하게 된다.

그 준비 중에 웃소는 연방군의 고메즈 경감에게서 아버지의 이름을 듣는다.

그리고 아버지 항게르그 에빈이 리가 밀리티어의 창립 멤버였던 것을 듣는다.

베스파의 정찰기에게 발견된 수송기를 보호하기 위해 미끼가 된 웃소는 톱 파이터로 이탈한다.

합류점인 항구에서 웃소일행은 서로가 적인지도 모른 채 파라와 만난다.

한편,이 마을에 주둔하고있는 베스파가 '단두대'를 설치하려고 하는데 ...

수송기의 보급과 수리를 위해 웃소와 올리퍼는 아티 지브롤터의 우주 이사공사를 방문한다.

공사 매니저 만델라가 부모님을 안다는 걸 듣고 놀라는 웃소.

한편 중립을 주장하는 공사에 기다림을 참지 못한 옐로우 재킷이....

우주의 상태를 안 파라 그리폰은 지금까지 실태를 만회하기 위해 지브롤터에 대한 무력 진압을 시작한다.

한편, 샤크티와 셔틀 선착장에 와있던 웃소는 크로노클의 명을 받아, 셔틀을 타려고 하는 카테지나와 만난다.

크로노클 아샤는 요새위성 카이라스 기리에 도착했다.

부대장 타시로 바고 대령은 실책을 계속하는 파라에게 우주 추방형을 내린다.

그 무렵 웃소일행이 탄 셔틀은 우주를 부유하는 파편때문에 진로가 막혀버린다.

카미온 일원을 싣고 우주로 날아오르는 린호스에 밀항하는 샤크티와 수지.

잔스칼군의 경비정 시노페에 포박된 웃소일행은 거기서 만난 아이들과 함께 탈출을 결행한다.

사이드 2의 잔스칼 제국으로 귀국한 두카 이크는 폰세 카가치와 함께 여왕 마리아를 알현, 리가 밀리티아의 토벌을 호소한다.

그 무렵 잔스칼의 뭇타마 즈간은 무력 행사를 선언하고 웃소는 적의 강대함에 전율한다...

베스파와 리가 밀리티어는 함대전을 시작하고, 우주에 익숙하지 않은 웃소는 공간 전투의 어려움, 그리고 우주의 조직 전쟁의 무서움을 깨닫게 된다.

한편, 린호스에 밀항했던 샤크티와 수지는 전투 도중 우주 공간으로 날아가 버린다.

우주공간을 표류하고 있던 것을 베스파에 보호된 샤크티일행은 베스파의 정밀 검사 결과, 그녀가 잔스칼의 상징 여왕 마리아의 딸인 것이 밝혀진다.

그 무렵, 샤크티 탐색을 계속하던 웃소일행에게 베스파의 초계 부대가 다가오고 있었다.

카이라스 기리의 지구 공격을 저지하기 위해, 웃소는 하이랜드의 마이크로 웨이브를 이용하여 적을 교란시키는 전략을 제시한다.

전함 가운랜드를 방패로 쓰는 전략을 실행하고, 적은 두통, 복통 때문에 대혼란에 빠진다.

리가 밀리티어는 이를 틈타 일제히 공격을 개시한다.

가운랜드를 방패로 삼아 린호스는 카이라스 기리 함대에 돌입을 시작했다.

샤크티의 소식이 궁금해 움직임이 둔한 웃소였지만, 준코의 격려를 받고 다시 전장으로 향한다.

하지만 격추한 적의 목숨이 부서지는 소리에 다시 겁을 먹는다.

카이라스 기리 함대와의 전투를 마치고 준코 일행과 함께 주변의 공역을 조사하고 있던 웃소는 콜로니의 잔해에 숨어 있던 적의 회수부대에게 잡혀 버린다.

그런데 그 파일럿은 옛날 웃소가 도왔던 '우주의 호랑이'라는 별명을 가진 베스파 최고의 맹자, 고드왈드였다.

아이네이아스와 물고기의 뼈로 사이드 2의 콜로니로 향하던 웃소 일행.

적의 눈을 속이기 위한 위장 공작 도중에 마르티나가 쓰러지고 만다.

일각을 다투는 상황, 웃소들은 가장 가까운 스페이스 콜로니, 잔스칼 제국의 수도로 잠입을 도모하지만...

잔스칼의 수도에서 수지와 재회한 웃소 일행.

하지만 그곳에 샤크티의 모습은 없었다.

그녀는 바로 그 무렵, 여왕 마리아와 대면하고 있었던 것이다.

샤크티를 보고 싶다...밀입국자의 수색이 진행되고 웃소는 V건담을 움직이지만...

사이드 2 공역에서 이탈하려는 린 호스 Jr.를 크로노클이 이끄는 정예 부대가 습격한다.

어떻게든 포위망의 한 축을 무너뜨리고 도주한 린 호스 Jr.

하지만, 웃소 일행은 전장에 남겨져 버린다.

그래서 웃소들은 적의 함대에 섞여서 잔스칼 제국에 잠입하는 것을 결정한다.

잔스칼 제국에 잠입한 웃소는 여왕 마리아를 인질로 잡지만, 크로노클의 공격에 여왕을 방패로 잘 이용하지 못했다.

그런 웃소를 감싸 페기는 전사하고, 웃소도 마베트와 함께 잡혀 버린다.

여왕 마리아와 다시 대면한 웃소는...

의식의 혼란을 틈타 단두대에서 벗어나 도주하는 웃소일행.

그러나 그 앞을 베스파의 MS를 탄 카테지나가 가로막는다.

그즈음 린호스 Jr는 적 함대의 섬멸을 위해 빅 캐논을 기동시킨다.

그리고 치열한 싸움 도중 쥰코가...

적의 주력 함대와의 전투에서 큰 손상을 입은 린호스Jr는 잔스칼의 세력하에 있는 독립 콜로니 마케도니아로 향한다.

수감된 웃소일행은 포로 수용소에서 올리퍼와 마베트의 결혼식을 올리고, 병사들의 방심을 유도해 탈출의 기회를 엿본다.

한편 베스파는 샤크티 탈환을 위해, 마케도니아에 기습을 건다.

크로노클 이끄는 모트라드 함대가 마케도니아에 기습 공격을 개시한다.

그 혼란을 틈타 린 호스 Jr는 마케도니아에서 도주한다.

그 무렵 베스파에 잡힌 웃소는 루페 시노 대위에게 무서운 고문을 받게 되는데...

격전을 벌인 린호스 Jr.는 수리를 위해 달에 불시착했다.

웃소 일행은 물자와 MS의 보급을 위해 월면 도시 세인트 조셉에 들어가지만, 거기서 수상한 남자들에게 쫓기는 한 여성을 구출한다.

그 여성이야말로 웃소의 어머니 뮤라 미겔이었던 것이다.

린 호스 Jr.에 베스파의 모트라드 우주 함대가 지구를 향해 발진준비를 하고 있다는 정보가 들어왔다.

한편 샤크티는 크로노클을 설득해 지구 침공을 저지하기 위해 네오 카타르헤나의 베스파의 비밀 기지로 향한다.

모트라드 함대의 대형전함 아드라스테아가 보급함 메리린에서 보수 작업에 들어갔다.

정보를 입수한 리가 밀리티어는 기습 작전을 감행한다.

그러나 기습을 예측한 피피니덴은 요격으로 신형 MA 돗고라를 출격시키는 것이었다.

모트라드 함대를 쫓아 지구에 내려온 웃소일행은 인공해양도시 언더 후크에 기항했다.

그러나 거기에는 마리아 주의의 신봉자들이 암약하는 마을이었다.

카테지나의 모략으로 샤크티가 납치당하고, 모트라드 함대는 언더후크를 향해 공격을 시작하는 것이었다.

해저에서 부상한 모트라드 함대는 피피니덴을 선봉으로, 지구 클린 작전을 개시했다.

거대한 타이어로 도시와 사람을 짓밟으면서 북미로 진로를 향해 돌진한다.

웃소는 적을 멈추려고 접근전을 시도하지만 그때 적의 기함에서 어머니 뮤라의 모습을 본다...

진군의 기세가 멈추지 않는 모트라드 함대에 리가 밀리티어는 포로인 고즈 발을 일부러 놓아줘 웃소와 오델로를 적 기함에 잠입시켰다.

함내에서 어머니와 합류한 웃소는 샤크티를 인질로 삼아 탈출을 시도하지만 크로노클에겐 통하지 않아 궁지에 몰린다.

크로노클은 정전협정 발효전에 린호스Jr를 없애기 위해 내용도 확인하지 않고 피피니덴의 진언을 무조건으로 받아들인다.

그 작전이란 뮤라를 방패로 웃소의 동요를 일으켜 V2건담을 없앤다는 매우 비겁한 것이었다...

힘겹게 두카 함대를 물리친 화이트 아크는 계속해서 카사레리아로 향하고 있었다.

도중에 오델로는 데이트 기분으로 에리샤를 정찰에 데려가지만 두사람이 탄 건 블래스터는 해저에서 잠복하던 두카 함대에게 공격받는다.

카사렐리아 직전에서 베스파에게 습격받은 웃소 일행은 반격하면서도 적의 빈약한 장비에 당황하고 있었다.

그 부대를 지휘하는 마티스 워커는 마리아 주의보다도 가족을 위해 이 토지를 제2의 고향으로 만들려 하고 있었다.

잠깐의 휴식 후 무장해제된 베스파의 라겐 기지에서 화이트 아크를 우주로 올리기 위해 부스터 장착작업을 하던 웃소는 마티스 워커의 가족과 만난다

그때 강력한 입자 빔이 머나먼 상공에서 라겐 기지를 덮쳤다!

우주에 올라간 웃소일행을 기다리고 있던 건 라겐을 불바다로 만든 중 공격형 MS 잔넥이었다.

가입자포의 위력에 고전하지만 웃소는 빛의 날개로 잔넥을 격퇴한다.

그리고 하이랜드로 향한 웃소는 아버지 항게르그 에빈과 재회한다.

잔스칼과의 함대전에 돌입한 리가 밀리티어와 연방군은 전위인 피피니덴 함대를 압도한다.

잔스칼의 비밀병기 엔젤 하이로를 향해 함대를 진군시킨다.

메가 빔 라이플을 손에 들고 전장을 나는 웃소 앞을 루페 시노가 가로막는다.

타인을 보듯 차가운 아버지의 태도에 불만을 나타내고 웃소는 망설임을 안은 채 출격한다.

그곳에 방울소리와 함께 집요하게 웃소를 노리는 잔넥이 출현해 V2와 교차한 찰나 콕핏에서 파라가 맨몸으로 뛰쳐나온 것이었다.

리가 밀리티어 본대와 떨어진 화이트 아크는 자재운송함으로 위장하고 엔젤하이로 우역으로 향한다.

검문으로 온 두 명의 베스파의 근위사단의 사관들은 그런지도 모르고 웃소일행을 중계기지까지 보내지만...

드디어 잔스칼 제국의 최종병기 거대 사이코뮤 요새 엔젤하이로가 완성됐다.

엔젤하이로에서 방사되는 사이코 웨이브의 영향을 받은 웃소는 환각을 보고 점점 정상적인 사고능력을 빼앗겨간다.

크로노클이 있는 아드라스테아로 이송된 샤크티는 여왕 마리아의 의지를 잇는 대신 엔젤하이로를 파괴할 것을 요구했다.

하지만 카가치의 사상에 물든 크로노클은 듣지 않고 반항한 샤크티는 유폐당한다.

카가치에 반기를 든 타시로는 마리아를 인질로 잡고 전선이탈했다.

마리아의 마음의 소리를 들은 웃소는 타시로를 추격하지만 그 앞을 파라의 MS가 막아선다.

압도당해 고전을 면치 못하는 웃소였지만 마베트의 원호를 받아 드디어 파라를 격파하는 것이었다.

격렬한 함대전 중 화이트 아크는 리가 밀리티어 본대와 합류했다.

마리아의 목소리에 이끌려 웃소는 슈밧텐으로 향하지만 광기에 미친 타시로는 마리아를 사살한다.

분노에 떠는 웃소는 빔 사벨로 타시로의 함대를 격파하지만...

어설트 파츠를 V2에 장착하고 웃소는 샤크티를 구출하기 위해 엔젤하이로로 향했다.

집요하게 웃소를 노리는 카테지나의 공격을 슈라크 대의 유카의 서포트로 뿌리친 웃소는 엔젤하이로 내부에 침입헤 키 룸으로 향하지만...

엔젤하이로 파괴의 지시를 받아 웃소는 샤크티와 함께 링으로 잠입한다.

샤크티는 싸움을 멈추기 위해 키룸에서 기도를 재개했다.

하지만 그때 우주에서는 잔 다르크, 슈라크 대, 그리고 린호스Jr.가 차례차례 전장에서 사라지고 있었다...

평화를 바라는 샤크티의 기도로 인해 엔젤하이로는 붕괴를 개시했다.

전장에서는 많은 생명이 빼앗기고 싸음은 드디어 종결의 때를 맞이하려 하고 있었다.

샤크티의 기도가 이어지는 중 웃소와 크로노클 그리고 카테지나의 최후의 싸움이 시작된다...