Finales del siglo XXX; se ha firmado un tratado, entre humanos de carne y hueso, y hombres mecanizados.

El caos estalla entre la tripulación del Capitán Zero cuando se descubre que algunos de los tripulantes de Karyu son robots.

Karyu recibe una llamada de auxilio desde una estación espacial; la nave se encuentra con el líder rebelde, el general Hunter.

En Gun Frontier, una ciudad donde se prohíbe toda violencia, Zero cuenta con Sylvania, un cazarrecompensas, para proporcionarle información sobre Albator. Zero envía un equipo allí, pero la situación en la ciudad se intensifica y Tochirô es acusado de haber comenzado todo.

Albator y Emeraldas desembarcan en Gun Frontier para salvar a su amigo Tochirô de la horca, tras los disturbios que desencadenó en la ciudad. El equipo Zero aprovecha esta oportunidad para usar Tochirô como cebo. Preocupado, Zero también decide ir a la ciudad donde pronto se encontrará con su famoso adversario.

Zero es informado de que la "Sombra de la Muerte", la nave de Albator está bombardeando un planeta. Llegado al lugar, el guerrero cosmético contraataca inmediatamente y huye del temido barco. Mientras tanto, Marina siente una presencia extraña a bordo del Karyu. Esta presencia no es otra que Helmaetel, un humanoide.

Marina, herida en la misteriosa explosión en la sala de computadoras, es llevada al ala del hospital. Aunque bajo observación, ella quiere encontrar a Helmaetel. Antes de que el misterioso humanoide logre escapar de Karyu, ella revelará a Marina la verdadera naturaleza del Cosmowarrior.

Zero descubrirá qué sucede con los cuerpos de los humanos que eligen transformarse en humanoides. El secreto estaba hasta ahora bien guardado por el gobierno galáctico. Rebeldeado por estas prácticas, Warius decide poner fin a esta conspiración con la ayuda de Maetel.

Siguiendo el consejo de Maetel, Zero se dirige a Technologia, un planeta que busca la armonía entre los seres humanos y los humanoides. Pero debe pasar a través de un fuerte campo magnético que vuelve loca a la tripulación humanoide. Solo puede contar con los humanos de Karyu en esta prueba.

Zero logra llegar a Technologia. Aquí es donde espera la fortaleza espacial del Gobernador Galáctico Zeth Water. Comienza una terrible pelea entre Karyu y la gigantesca fortaleza que parece indestructible. A bordo, Zeth y su mano derecha Hell Maetel tienen un plan para debilitar a la tripulación de Zero.

Zeth Water quiere destruir Technologia gracias a Hell Castle, su fortaleza. Zero bloquea el Karyu, pero su nave, en serias dificultades, no puede estar sola por sí sola. Debe coordinar su ataque con la Sombra de la Muerte, la nave de Albator, así como con otros piratas.

Para tener la esperanza de destruir el Castillo del Infierno, Zero debe apostar todo en el arma letal de su acorazado: El fuego de San Elmo. Esta arma requiere tanta energía que se ve obligado a desactivar todos los recursos de Karyu. Ante una situación tan crítica, ordenó a su tripulación abandonar el barco.