Lors la septième guerre spatiale, les colonies insurgées menacèrent la Terre d'une destruction totale. La Fédération, en retour, mobilisa son arme la plus puissante pour contrecarrer les plans des Forces Révolutionnaires : le Gundam X. Il en résulta la plus grande tragédie de l'Histoire qui oblitéra 99% de l'humanité.

15 après cet holocauste, le monde survit comme il peut. Garrod Roan, un orphelin des décombres n'ayant appris qu'à compter sur lui-même, vit de petites magouilles diverses. Un jour, un personnage mystérieux l'embauche pour qu'il retrouve une jeune fille de son âge prisonnière du vaisseau vulture Frieden. Garrod constate rapidement que Tiffa Adil fait preuve d'une intuition étonnante : se pourrait-il que la légende des newtypes, des personnes aux capacités extra-sensorielles surhumaines, soit vraie ?