1986年10月，伊豆诸岛六轩岛。在这座完全属于大富豪右代宫家所有的岛上，一族人为了召开亲族会议而聚集到一起。议题则是余命所剩不多的当主右代宫金藏的财产分割问题。传说金藏从名为贝阿朵莉切的“魔女”那里得到了10吨黄金，并把藏有黄金的地点编成暗号，记录在魔女肖像画的碑文上。围绕着这隐藏的财产，亲族之间展开了激烈的争论，与此同时，台风逼近的岛上笼罩着阴云……

真里亚坚持主张自己在大雨中遇到了魔女·贝阿朵莉切。面对怀有疑问的一族，真里亚开始宣读据说是从贝阿朵莉切那里收到的信。其内容充满了冲击性……上面提到右代宫家的全部财产和一族的性命将被收取。但如果有人解开了碑文之谜并找到隐藏的黄金，这一行为即会中止，而全部黄金以及右代宫家家督之位也将让给此人。不停纠纷的亲族会议一直持续到深夜。之后，次日清晨，第一起惨剧终于发生了……。

第一起惨剧出现了6名牺牲者。见到他们凄惨的死状，战人等人哑口无言。由于台风而无法离开岛上，加之凶手仍然潜伏在岛内……而且就在12名生存者当中！？众人被疑心暗鬼所驱使，互相刺探着内心，但还是为了不让自己孤立而共同行动。然而，当天晚上，仿佛在嘲讽这种警戒一般，第二起惨剧发生了。

绘羽和秀吉的凄惨遗体在他们自己的房间被发现了。而且门上又被画上了诡异的魔法阵。在挂着链条锁的密室中究竟如何才能犯下罪行？真里亚主张这是“贝阿朵莉切的所作所为”，但……不止如此，地下的锅炉房发现了新的遗体，又有新的牺牲者出现了。生存者们被逼入绝境，加重了疑心暗鬼。在他们当中，战人注意到了某个事实。那就是杀人事件与碑文之间的关联性。

疑心暗鬼又招来了更进一步的悲剧。惨剧终于推进到第八晚。本来应该身在现场的真里亚却只是说“我什么都没看到”，真相被隐藏在黑暗中。在精神快要到达极限的状况下，战人他们发现和他们在一起的夏妃消失了踪影。他们慌忙赶往夏妃可能前去的门前大厅，但就在他们眼前，门的对面响起了枪声……

第2场游戏开幕了。从命运之日回溯数年，纱音受到让治轻描淡写的关怀，对他渐渐产生了情愫。在对于不合自己身份的这份恋心感到苦恼的她的面前，出现了意想不到的客人，对方还说“我会让纱音的愿望实现的”……时光流逝，到了1986年。朱志香邀请嘉音去参加学园祭。一开始勉强跟去的嘉音，却看到了与在大宅中完全不同的朱志香的自由身姿，而改变了想法。众人怀着各自的思绪，终于迎来了命运的10月4日……

1986年10月4日，亲族们将各自的思绪和感情隐藏在心中，来到六轩岛。此时，与六轩岛传说中的魔女“贝阿朵莉切”有着相同名字的客人现身了。她接连与亲族和佣人们交谈。亲族们怀疑她可能是金藏情人的私生女，是在财产分割之前来此宣告此事的……她的真正意图究竟是！？

黎明的礼拜堂大门上浮现出诡异的魔法阵以及“Happy HALLOWEEN for MARIA”的文字。面对这奇怪的状况，战人他们无法掩饰心中的不安。此时楼座回想起了昨天真里亚从贝阿朵莉切那里收到的信封。打开信封后，发现那里装着礼拜堂的钥匙。众人打开大门，踏入其中。在那里等着他们的是无法想象的情景……

又有新的密室杀人事件发生了。以行踪不明的嘉音为首，拥有主钥匙的佣人们首先遭到怀疑的目光。面对这种只有认定佣人们的罪行才能否定贝阿朵莉切的魔法的状况，战人感到万分愤怒。在战人的应变之下好不容易洗清了嘉音的嫌疑，但佣人们却因为楼座的指示而被委婉地赶了出去。在他们面前，失踪的嘉音突然带着重伤出现了。

佣人们主张两人被无法说明且不可理解的现象杀害了。众人为了确认状况而前往佣人室，但在他们面前发生了新的异变。两人的遗体从本应上锁的房间中消失了。取而代之留在那里的是疑似凶手放下的信封。里面是又一封贝阿朵莉切的信，以及两串主钥匙。楼座再次将佣人们赶出去，只留下亲族守在房间里，但担心纱音的让治却决定和佣人们一起行动……

楼座等人开始困守的几小时后，消失的两人的遗体被发现了。遗体的身上如同碑文的第七晚和第八晚所描述的那样刺着桩子。由于第四到第六晚被跳了过去，战人他们慌忙寻找可能陷入危机的三人。但一切都是徒劳，只是结束后的祭典而已。只剩下孤独一人的战人感受到了强烈的无力感……

“是我杀了贝阿朵莉切……！”楼座开始了令人意想不到的坦白，并提及自己中学时代的记忆。之后，仿佛是印证这番话语一般，“红色”真实被展示出来。“1967年，身为人类的贝阿朵莉切确实存在。”“这座六轩岛上，不存在十九人以上！”第一晚终于还是开始了。接受了命运的人、抗争之人、连抗争的机会都没能获得的人。接连被夺去性命的活祭品们。但惨剧被剩下的1人阻止了。那是出乎意料地与贝阿朵莉切有着极深因缘的人……

先代贝阿朵莉切在玫瑰庭园突然显现，与不肖弟子·贝阿朵莉切展开了凄绝的魔法战。她自称瓦尔基莉亚，并担当了战人的参谋。在她的说明之下，战人获得了足以与“魔法说”对抗的极大提示，果断地向第一晚的“连锁密室杀人”发起挑战。在如同连珠炮一般迅速放出的复述要求下，贝阿朵莉切变成了防守一方。另一方面，在现实世界，专注于碑文之谜的绘羽逐渐接近了其核心……。

绘羽终于解开了碑文之谜，到达了隐藏的黄金所在之处。而慢了一步的楼座也出现在了那里。楼座打算立刻向兄长们报告，但绘羽主张应该暂时把这件事当成秘密。她的心在不知不觉间已经被当主的位置和想要独占黄金的欲望支配了。面对这样的绘羽，贝阿朵莉切宣言她将继承黄金的魔女的称号。新的魔女诞生了——这究竟意味着什么呢……？

贝阿朵莉切对于杀人抱有天真无邪的残酷，并乐在其中，幻想世界的战人对她这副样子感到厌恶，终于宣言自己将不再担当贝阿朵的对战对手。另一方面，在下位世界的六轩岛，绘羽心中的“魔女”开始暴走。在此期间，走出困守着的客房前往本馆取食物的雾江、留弗夫、秀吉，被七桩之中的雷维阿坦和贝露菲格露拦住去路。人类vs恶魔，赌上各自自尊的死战开始了……！

遭到战人责备以及瓦尔基莉亚劝谕的贝阿朵莉切，为了成为被战人认可的“真正的魔女”而再次归来，之后暂时退下比赛场。此时，在现实世界，失去了恋人的让治发出悲叹。这时贝阿朵莉切出现在他面前，告诉他自己是为了让纱音复活而前来帮忙的。两人使用魔法从窗户飞走，前往纱音沉眠着的本馆……贝阿朵莉切究竟能否再次引发奇迹呢？

在由于意外而导致眼睛受伤的朱志香面前，本来应该已经死掉的嘉音出现了。这时，无论名实都已经变成了最强魔女的夏娃·贝阿朵莉切阻挡在帮助两人重逢的贝阿朵面前。面对谢斯塔姐妹的猛攻，贝阿朵展现出惊人的意志力，但……之后最终局面终于到来，战人vs夏娃的推理战就这样突入幻想世界。但战人面对夏娃精密而华丽的红字集中炮火感到手足无措。这样下去就要败在新的魔女手下了，这么想着的瞬间，贝阿朵使出了最后的手段……。

在前回的最后关头登场的缘寿，自称为格雷特尔，就这样作为战人的友军参加了第4次游戏。她究竟隐藏了怎样的想法……？她在1986年之后的世界中，被六轩岛大量杀人事件唯一的生存者、同时继任为当主的绘羽收养，并被当做后继者严加养育。缘寿没有能够交心的朋友，度过着孤独的每一天。而唯一能与她心灵相通的，是本来应该已经死去的“真里亚姐姐”……。

楼座总是以工作忙为借口，实际上却是与男朋友外出享乐。年幼的真里亚隐隐察觉到了这个事实，但她并不想责怪楼座，而是和樱太郎一起乖乖地等着楼座回家，就这样度过着每一天。缘寿认为这样的真里亚很可怜，但当她看到真里亚本人表现出的毫不在意的样子时，无法掩饰内心的焦躁。真里亚告诉缘寿，“产生幸福的力量”就是魔法的力量。另一方面，1998年的缘寿为了解开12年前在六轩岛发生的事件的全貌，继续进行着独自一人的调查……。

缘寿在真里亚的教导下开始能够驱使炼狱七姐妹，顺利地持续着魔法修行。但在某天，被圣露琪亚学园的同班同学欺负的缘寿命令七姐妹将同学除掉。但这一命令没能实现，缘寿在过度失望当中说出了否定“魔法”的话语。这同时也意味着要和七姐妹以及真里亚、樱太郎诀别……。

金藏突然出现在亲族会议席上。藏臼等人对于这意料之外的发展露出狼狈之色，而金藏则开始在他们面前提及当主继承之事。他斥责儿子们没出息，并宣言不会将当主之位让给任何人，但在南条的调解之下，他决定给孙子们一个机会。正当亲族们感到可以暂时安心的短暂期间，金藏宣言“你们就变成仪式的活祭品吧”，开始召唤恶魔。之后，惨烈的血之宴会开始了……。

在六轩岛事件12年后，1998年的世界，缘寿拜访了事件牺牲者的遗属，继续进行调查。南条的儿子、熊泽的儿子、以及缘寿……3个人存在着一个共通点。那就是在事件发生之后，和寄信人不明的信件一起，收到了寄存着来历不明的大笔金额的保险柜的卡片和钥匙这件事。之后她为了乘船前去六轩岛而拜访了川畑船长，并在他家的仓库里发现了某件东西。那是对于缘寿来说，可以展示出自己的命运以及“魔法”的真相的东西。

舞台再次回到1986年的六轩岛。在金藏所设下的测试之下，朱志香与罗诺威、让治与噶普展开了战斗。另一方面，乘机逃脱地下牢的藏臼一行人被谢斯塔姐妹兵追杀，面临着生死攸关的危机。战人也被叫到测试的地点，在那里等待着他的是六轩岛真正的主人·贝阿朵莉切。她所提问的谜题是对于战人来说不可解而又带有冲击性的问题……。

1998年的缘寿与天草乘坐川畑船长的船前往旅途的终点六轩岛。但总算到达岛上的缘寿却遭遇了被扭曲的复仇心所驱使、以右代宫家莫大的财产为目标的须磨寺霞的袭击。缘寿遭到手下们的暴行，想到霞的境遇，同时突然理解了一直让自己受苦的绘羽的心情。这才是真里亚所描绘的“魔法”的实现。

从对战场地退出的贝阿朵莉切，把自己关在了与幻想世界的真里亚一同创造的世界的“黄金乡”中。来到那里的缘寿，在真里亚的面前让樱太郎复活了。那是连无限的魔女·贝阿朵莉切都无法实现的返魂魔法。如此一来，贝阿朵莉切再次回到对局之处，但战人仍然处在震惊状态而丧失了战意。为了取回战人的心，缘寿所采取的行动是……。