Een man wordt neergeschoten en valt vervolgens over de rand van een boot tijdens een hevige storm. Aangespoeld in een klein Frans dorp, wordt hij bewusteloos naar een gepensioneerde arts gebracht die hem behandelt. Wanneer de mysterieuze man wakker wordt, kan hij zich niets meer herinneren, totdat flashbacks een geschiedenis van geweld onthullen. De ontdekking van een verborgen aanwijzing is de enige schakel die hij heeft om zijn ware identiteit te achterhalen. In de zoektocht naar zijn identiteit ontdekt hij al snel dat hij bekend staat als Jason Bourne.

Terwijl Bourne naar zijn ware identiteit zoekt, worden pogingen gedaan om hem te vermoorden. Zijn herinneringen vertonen overeenkomsten met de gerapporteerde acties van een terrorist genaamd Carlos.