En mer méditerranée un homme est abattu sue un bateau, puis tombe par-dessus bord lors d'une violente tempête. Échoué à terre dans un petit village français, il est emmené inconscient chez un médecin à la retraite qui soigne ses blessures. Quand l'homme mystérieux se réveille, il ne se souvient plus de rien, jusqu'à ce que des bribes de mémoire révèlent un passé violent. La découverte d'un indice caché sous sa peau est le seul lien qu'il détient pour retrouver sa véritable identité. Parti à la recherche de lui-même, il apprend bientôt qu'il est connu sous le nom de Jason Bourne.

Alors que Jason Bourne cherche sa véritable identité, les événements deviennent encore plus dangereux avec des tentatives de le tuer. Le pire de tout, il y a des similitudes étranges entre ses souvenirs et les actions rapportées d'un terroriste de classe mondiale nommé Carlos.