Vor drei Jahren landeten 150 Siedler auf dem Planeten Omicron Ceti III. Ihre Überlebenschancen waren gering. Umso überraschter ist Captain Kirk, eine blühende Kolonie auf dem Planeten vorzufinden. Doch das scheinbare Paradies hat auch seine Schattenseiten.

In einem Bergwerk auf Janus 6 kommen immer wieder Minenarbeiter ums Leben. Bei den Ermittlungen stoßen Kirk, McCoy und Spock auf Tausende von Siliziumknollen und ein quallenartiges Wesen, das sie verteidigt.

Kirk und Spock wollen die Bewohner des neutralen Planeten Organia überzeugen, ihre Welt zu einem Stützpunkt der Föderation zu machen. Allerdings zeigen auch die Klingonen großes Interesse an diesem strategisch wichtigen Planeten. Es kommt zum Kampf.

Durch einen Unfall injiziert sich Pille eine gefährliche Überdosis Medikamente. Er verliert den Verstand und beamt sich auf einen Planeten. Durch ein Zeitportal gelangt er ins Chicago der 30er Jahre. Kirk und Spock folgen ihm.

Der Planet Deneva hat den Kontakt zur Erde abgebrochen. Kirk ist besorgt, da sein Bruder auf Deneva lebt. Als Kirk auf den Planeten beamt, wird sein Team angegriffen. Spock wird von einem seltsamen Wesen verwundet. Er verliert die Kontrolle über sich.

Der sonst so emotionslose Vulkanier Mr. Spock ist von einem seltsamen Fieber befallen. Er verweigert Befehle und hat Wutanfälle. McCoy glaubt, dass Spock sterben muss, wenn er nicht sofort nach Vulkan zurückkehrt. Aber die Enterprise muß einem dringenden Auftrag folgen.