เอนเทอร์ไพรซ์ต้องพบกับกลุ่มยอดมนุษย์อันโหดร้ายที่นำโดย ข่าน นูเนียน ซิงห์ ผู้ซึ่งสู้กับเคิร์กเพื่อควบคุมอำนาจ ทำให้เพื่อนร่วมงานที่ซื่อสัตย์กลับมาเป็นปรปักษ์กับสตาร์ฟลีท

เคิร์กได้พบกับลาซารัสที่อ้างว่าเขากำลังไล่ตามตัวเองจากภพคู่ขนานผ่านมิติและเวลาและถ้าเคิร์กไม่ช่วยเขา จักรวาลหลายภพอาจถึงคราวเคราะห์

โบนส์ท่องเวลากลับไปที่อเมริกาในช่วงปี 1930 และได้ทำลายอนาคตโดยไม่ตั้งใจ เคิร์กและสป็อคจึงต้องเดินทางกลับไปที่นั่นเพื่อแก้ไขความเสียหาย แต่แล้วเคิร์กกลับไปตกหลุมรัก

ในช่วงฤดูหาคู่พอน ฟารร์ สป็อคต้องกลับไปที่ดาววัลแคนเพื่อพบกับว่าที่ภรรยาที่หมั้นหมายกันไว้ตั้งแต่เด็ก

เคิร์กและคณะสำรวจถูกส่งลงไปที่ดาวเคราะห์ที่เหมือนเป็นดาวในอุดมคติและสวรรค์บนดิน

แฮร์รี่ มัดด์กลับมาอีกครั้งพร้อมแผนการณ์ยึดยานเอนเทอร์ไพรซ์ โดยนำลูกเรือไปปล่อยบนดาวเคราะห์ที่มีประชากรเป็นแอนดรอยด์และอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของเขา

สมาชิกยานเอนเทอร์ไพรซ์พบก้อนเมฆที่มีพลังงานลึกลับ ซึ่งดึงดูดให้พวกเขามาที่ดาวเคราะห์แกมม่า คานาริส เอ็น ทำให้พวกเขาได้พบกับคนที่ติดอยู่ที่นั่น

เอนเทอร์ไพรซ์เป็นเจ้าภาพการเจรจาให้คณะทูตที่มีความขัดแย้งกัน ซึ่งรวมถึงพ่อของสป็อค แต่มีใครบางคนบนยานที่แอบวางแผนฆาตกรรมไว้

เคิร์ก อูฮูร่า และเชคอฟถูกจับและบังคับให้เป็นทาสบนดาวเคราะห์ที่ห่างไกลออกไป ที่ๆพวกเขาถูกบังคับให้ฝึกการแสดงเพื่อสร้างความบันเทิงให้กับมนุษย์ต่างดาวขี้เบื่อที่ไร้หน้า

เคิร์ก สป็อค แมคคอย และพวกเจ้าหน้าที่เสื้อแดงถูกส่งตัวลงไปที่พื้นผิวดาวเคราะห์เนื่องจากสัญญาณขอความช่วยเหลือปลอมๆ