El Enterprise recoge a un niño de 17 años, Charles Evans, que ha sido criado por seres alienígenas. La tripulación pronto descubrirá que Charlie cuenta con unos extraordinarios poderes que pueden ser muy peligrosos en manos de una persona de tan corta edad.

Una avería en el transportador provoca que el Capitán Kirk se materialice como dos personas diferentes. Una extremadamente malvada y la otra totalmente opuesta. Pronto descubrirán que la dependencia entre uno y otro es mayor de lo que podían imaginar.

El Enterprise encuentra un planeta que está habitado solamente por niños. El equipo de salida contrae un extraño virus que mata a los adultos pero que no afecta a los niños.

Durante una visita a un planeta, McCoy cree estar sufriendo una alucinación cuando ve al conejo de Alicia en el país de las maravillas. Pronto descubre que ese planeta tiene la peligrosa capacidad de hacer realidad cualquier pensamiento.

Kirk y un capitán alienígena con forma de reptil son enviados a un planeta por unos seres que pretenden que luchen hasta la muerte para que salven sus vidas y la de sus tripulaciones.

Durante la visita al planeta Beta III, Kirk y su tripulación descubren una sociedad aparentemente seria hasta la llegada de lo que denominan la Hora Roja.

Kirk y Spock investigan la muerte de varios mineros en el planeta Janus VI. Pronto descubren una extraña criatura que parece ser la causante de esas muertes y gracias a la fusión mental de Spock descubren el motivo que ha llevado a la criatura a matar.

McCoy está tratando de ayudar a los habitantes de un planeta que sufre una inexplicable epidemia de locura. Durante el transcurso de los experimentos para tratar de encontrar una vacuna, el Doctor provoca la ceguera de Spock, sin saber cuál ha sido la causa.

Kirk busca la forma de desactivar una poderosa máquina que ya ha destruido gran cantidad de planetas y que ahora está atacando a su tripulación. La máquina cree que Kirk es su creador y éste intentará utilizar este hecho como ventaja en la desactivación del engendro mecánico.

Durante las negociaciones de la Federación con una colonia minera, un klingon convence a un grupo de mineros para que asesinen a su jefe y tomen el poder. Kirk tendrá que proteger a su esposa y a su futuro hijo de la rebelión.

Kirk vuelve a encontrarse de nuevo con un ser que obtiene los glóbulos rojos de la tripulación causando su muerte. Para evitar caer en el mismo error que la anterior vez en la que se enfrentó con un ser similar, Kirk decide que la única solución es eliminar a la criatura.

Los habitantes de un extraño planeta han reconstruido su sociedad basándola en las bandas de la ciudad de Chicago en la segunda década del Siglo XX. Con el fin de obtener su cooperación, Kirk se ve obligado a asumir el papel de líder de la mafia.

El historiador John Gill parece haber violado la primera Directriz que implica no involucrarse en culturas no desarrolladas lo suficientemente, al haber introducido en una raza llamada ekosianos la ideología nazi. Kirk decide descubrir qué es lo que ha ocurrido, simulando ser un oficial nazi.

El Enterprise se encuentra con la USS Beagle, que lleva desaparecida varios años. La tripulación de la Beagle se ha refugiado en un planeta en el que han fundado una sociedad similar a la antigua civilización romana de la Tierra y en la que el antiguo Capitán ha sido nombrado Emperador.

El Enterprise se dirige a la zona neutral donde es emboscado por dos naves romulanas. Kirk se verá obligado a demostrar todo su ingenio con la complicidad de Spock para poder salir de una situación tan complicada.

El Enterprise transporta a tres peculiares pasajeros. Uno de ellos provoca que la nave estelar sea desplazada a los límites de la galaxia dificultando su retorno.

El Enterprise establece contacto con el planeta Melkotian a pesar de sus advertencias para que se alejen. A la tripulación se le acusa de intrusa y se les castiga con una simulación del Oeste Americano que podría conducirles a una muerte segura.

Kirk descubre que McCoy sufre una extraña enfermedad terminal y se ve obligado a investigar un asteroide que resulta ser una nave espacial tripulada por humanoides. McCoy se enamora de la dirigente de este grupo de seres.

Kirk se transporta al planeta Gídeon pensando que se trata de un lugar idílico. Sin embargo, al llegar allí se encuentra con un planeta superpoblado en el que se están asesinando a grandes cantidades de habitantes y además descubre que ha perdido repentinamente la memoria.

Un planeta ha desarrollado un medio ambiente habitable en menos de 10000 años. El Enterprise acude a investigar el fenómeno y allí son atacados por un ser capaz de matar con un solo roce.

El Enterprise persigue a una nave que ha sido robada. Durante la persecución la nave perseguida explota, siendo transportada su tripulación antes de la explosión a bordo del Enterprise. Su líder es un demente portador de una extraña enfermedad.

El sol del planeta Sarpeidón está a punto de estallar. Cuando el Enterprise acude al rescate de la población, se encuentran con que el planeta está desértico. Sus habitantes han utilizado una máquina del tiempo para viajar al pasado y escapar de la amenaza. Kirk, Spock y McCoy no dudan en utilizar la máquina para ir en su búsqueda.