Attirati da una strana forza sul pianeta Pollux IV, Kirk e il suo equipaggio incontrano Apollo, l'ultimo degli déi Greci. Anche se Apollo vuole costringere l'equipaggio a rimanere per sempre con lui, Kirk ha altri progetti.

Nomad, una macchina che ha già distrutto diversi pianeti, risparmi l'Enterprise credendo che Kirk sia il suo creatore. Quando però la macchina attacca i membri dell'equipaggio a bordo della nave, Kirk deve trovare un modo per metterla fuori uso.

Un incidente del teletrasporto scambia Kirk, Scott, McCoy e Uhura con le loro controparti provenienti da un brutale universo parallelo governato con la forza e l'assassinio. Sopravviveranno abbastanza a lungo per trovare un modo per tornare indietro?

Su un pianeta non segnato sulle carte, Harry Mudd è circondato da centinaia di belle androidi femmina che esistono solo per servire l'umanità. Visto che le macchine iperprotettive si rifiutano di far andare via Mudd, questi attira un'intera astronave piena di umani perché gli androidi servano loro.

Durante una fermata per dei rifornimenti a Gamma Hydra IV, la squadra da sbarco di Kirk trova che i giovani coloni sono ora diventati anziani che sanno morendo di vecchiaia. Tornati sulla nave, tutti i membri della squadra tranne uno vengono colpiti dallo stesso processo d'invecchiamento accelerato.

Teletrasportati via con la forza dal ponte di comando dell'Enterprise, Kirk, Uhura e Chekov sono costretti ad allenarsi come gladiatori sul pianeta Triskelion. Un disperato Kirk fa una scommessa per avere la possibilità di liberarsi e come posta in gioco mette la sua nave.

Gli imitativi abitanti del pianeta Lotia hanno ridato forma alla loro società basandosi sul libro di storia terrestre 'La malavita di Chicago'. Per convincere i 'gangster' locali a lavorare insieme, Kirk assume il ruolo di supremo boss della mafia.

L'Enterprise si sorprende di scoprire che un popolo primitivo ha all'improvviso imparato l'uso di fucili a pietra focaia. Indagando sulla faccenda, Kirk viene ferito e curato da una donna che è ansiosa di acquisire le armi tecnologiche della federazione.

In una grotta profonda su un pianeta morto da tempo, la squadra di sbarco dell'Enterprise scopre tre entità viventi molto intelligenti che sono prive di corpo e che chiedono in prestito per breve tempo tre corpi umani.

Sul pianeta Ekos, il famoso storico e osservatore culturale John Gill sembra aver violato la Prima Direttiva, introducendo l'ideologia nazista agli Ekosiani. Facendosi passare per ufficiale nazista, Kirk è deciso a scoprire la verità.

Attirato da un finto segnale di soccorso, l'equipaggio dell'Enterprise si ritrova sotto il controllo di cinque Kelvani che vogliono usare la nave per fare ritorno a casa: un viaggio di 300 anni verso la galassia di Andromeda.

Le preoccupazioni di Kirk, che si vede rimpiazzato dal nuovo computer costruito dall'instabile genio Dottor Richard Daystrom, vengono confermate quando la macchina, a cui è stato dato il controllo dell'Enterprise, attacca e distrugge altre astronavi della Federazione durante un'esercitazione.

Dopo essere stata data per dispersa sei anni prima, la U.S.S. Beagle viene trovata vicino a un pianeta la cui società si è sviluppata in una versione moderna dell'antica Roma. Kirk indaga e scopre che il capitano della Beagle è ora il "primo cittadino dell'Impero".

Mandati a indagare su un pianeta che ha inspiegabilmente sviluppato un ambiente abitabile in soli diecimila anni, gli uomini dell'Enterprise si ritrovano sotto attacco da parte di una dona capace di uccidere con un solo tocco e col potere si scaraventare un'astronave a quasi mille anni luce di distanza.

Memory Alfa sta per diventare la biblioteca che conterrà la conoscenza storica e scientifica di tutti i mondi della Federazione, ma viene attaccata da uno strano stormo di luci brillanti che uccide tutti gli esseri viventi del planetoide e poi si getta sull'Enterprise e il suo equipaggio.

Alla ricerca di un antidoto alla febbre rigeliana, Kirk e il suo equipaggio scoprono un umano, Flint, e la sua pupilla, Rayna, su un pianeta che si pensava disabitato. Anche se Flint si offre di fornire l'antidoto, comincia a preoccuparsi sempre più della relazione di Rayna con il capitano Kirk.

Dopo aver inseguito una navetta rubata fin quando questa non esplode, l'Enterprise accoglie a bordo gli uomini a bordo della navetta stessa. Questi si rivelano essere una congrega di "hippy" spaziali guidati da un folle che è portatore sano di una grave malattia. Quando il loro capo viene messo agli arresti, i suoi accoliti cominciano a dar problemi a Kirk.

Dopo aver scoperto che Janice Lester si è ammalata gravemente a causa delle radiazioni di celebio, Kirk viene spinto contro una macchina di trasferimento delle entità vitali con lei, non rendendosi conto che la donna lo odia. La procedura scambia le due personalità, lasciando Kirk nel corpo di Janice, e dando a Janice l'occasione perfetta per eliminarlo.