幼い弓子は特徴的な容姿のせいで小学校のクラスメイトや担任とうまく行っておらず、クリスマスの日小学校を飛び出す。そして曽祖父の残した手記と魔法の杖を持って魔法使いになるという、以前から立てていた計画を実行にうつす。計画のため家を飛び出した弓子だったが、突然「杖を渡せ」と魔法使いに襲われて…。

何もない所で転ぶほどドジな高校生・森下こよみ。不甲斐ない自分自身を変えるため、偶然手に入れたあやしげなチラシを手に、魔法使いの技術を現代に蘇らせた現代魔法の第一人者・姉原美鎖とその弟・聡史郎の屋敷を訪れる。美鎖のアトリエで現代魔法を体験するこよみだが、魔法は発動せず、ショックを受けて…。

弓子と美鎖は以前からの知り合いだった。だが、弓子はでーもんを呼び出したのは美鎖だと攻撃を仕掛ける。そんな弓子を落ち着かせ、でーもんを呼び出しているコードの分析をしてみると、美鎖が以前作ったコードに何者かが手を加えられたものだった。手がかりを探すため、美鎖たちが訪れたのはなぜかとしまえんで…。

姉原邸の前で魔術師・ギバルテスに襲われている弓子を助けたこよみ。こよみは美鎖に頼まれて、彼女が作ったワーム型ウィルス・クリスマスショッパーのパスワードを調べに6年前に来ていたのだった。6年前の美鎖に会い、力を貸してもらえることになったこよみだが、弓子を放って置けず、探しに出かけて…。

再び弓子とこよみの前に姿を現す魔術師・ギバルテス。弓子はこよみを元の世界に帰すため、一人でギバルテスに立ち向かおうとする。しかし、こよみも弓子を見捨てて元の世界に帰ることができず、戦いの場に戻ってくる。しかし、ギバルテスに弓子の杖を奪われてしまい…。

一向に魔法が上達しないこよみ。美鎖のアミュレットや、弓子の杖のように魔法のアイテムがあれば自分も上達できるのではと考えたこよみは、嘉穂と偶然会った弓子と共にアイテム探しの買い物へ出かける。そこで見つけたカメのぬいぐるみに基盤を入れてもらい、再び練習に励むこよみだが…。

美鎖は嫌な予感を抱えつつ、飛行機に乗っていた。そこへ、美鎖のＰＣに差出人不明のメールが届く。メールは飛行機に爆弾が仕掛けられていることを告げる内容だった。嫌な予感が的中した美鎖は電子機器の精霊jiniに協力をしてもらいつつ爆弾を探すことに。機内探すうち、美鎖は犯人の本当の目的に気づいて…。

超高層ビル内のとある会社から仕事の依頼を受けた美鎖。何者かが姉原邸に泥棒に入ったこともあり、犯人の罠ではないかと思いつつ、こよみを連れて依頼主の元を訪れる。案の定、依頼主は存在せず、美鎖は相手が仕掛けてくるのを待つことに。そこへ、美鎖の仕事を止めるべく弓子が乗り込んできて…。

弓子との戦いで深手を負った美鎖は瞬間移動のコードで弓子の前から消えてしまった。美鎖を助けるため、必死で美鎖を探す弓子。一方、嘉穂の家のポストに血がついた美鎖のアミュレットが投函されていた。嘉穂は自分にできることを察し、行動を起こす。こよみも昨日の出来事の真相を確かめるため、姉原邸を訪れるが…。

ゴーストスクリプト化した美鎖と再会した弓子。美鎖からゲーリー・ホアンとギバルテスが伝説の魔女「ジギタリス・フランマキア」を甦らそうとしていることを知らされる。そこにゲーリー・ホアンとギバルテスが現れる。一方、こよみと嘉穂は秋葉原のとある路地裏に人払いのコードがめぐらされている一角を発見、そこで…。

弓子の中から覚醒したジギタリスが秋葉原を焼きつくそうとする中、美鎖は対抗するためのコードをすでに用意していた。それは、ジギタリスを弓子ごと異世界に飛ばしてしまうものだった。弓子一人が犠牲になることが納得に行かないこよみは、再び弓子に会いに秋葉原へ戻る。伝説の魔女を止め、弓子を救うことができるのか…？