前線から遠く離れた青森に、東京の幹部養成学校「振武台」を卒業したエリート士官・石田咲良が第108警護師団第4中隊中隊長として着任した。同じ隊の人間でもあるクラスメイトの中には、咲良を歓迎していない者もいる中、とりあえず無事に1日目を過ごした咲良だったが、突然、幻獣が現れたとの連絡が入り…。

早朝、訓練をする第4中隊の姿があった。その訓練中、先の幻獣との戦いを調査するため、本部の調査団が学校にやって来た。咲良のことが気に入らない乃恵留と愛梨沙は、調査団長に咲良の悪口を言い中隊長を変えてもらおうと企むが、結局うまくいかずに終わる。その後、幻獣出現の現場に向かった調査団だったが…。

幻獣が出現したため現場に急行せよと本部の命令が下る。負傷した彩華を置いて行けないと乃恵留と愛梨沙は猛反対するが、彩華の「街を守れ」という言葉で渋々従う。幻獣の進行ルートを割り出し、街に向かわずに幻獣の進行方向に先廻りするよう指示を出す咲良だが、乃恵留と愛梨沙は彩華の言葉を守るため街へと向かって…。

クリスマスイブ。街はクリスマス一色に染まっている。第4中隊のメンバーはそれぞれパーティーの準備に余念がない。亜美・竜馬・虎雄・空は格納庫内に電飾を取り付け、野口は愛機の飾りつけ、尚也と真央はデート、乃恵留・愛梨沙・百華・遥は街へと繰り出していた。そんな中、咲良だけは先の戦いのことで悩んでいた…。

青森ツインブリッジが断絶され、咲良たちのいる青森には食料も十分に届かなくなっていた。そんな中、再びツインブリッジに幻獣が現れる。だが、第4中隊はツインブリッジ攻防作戦から外され、解散の危機にさらされる。『ダメ部隊』の烙印をはずすべく、咲良たち第4中隊は新たに出現した小型幻獣に挑んでいくが…。

日々の幻獣との激しい戦いで、第4中隊の使える人型戦車は残り2体になってしまった。師団本部に人型戦車の追加を直訴しに行った咲良たちであったが、『役立たず部隊』と軽くあしらわれ、全く相手にされない。参謀長ら師団本部に憤りを感じた咲良たちがとった大胆な行動とは!?

幻獣との戦いの日々の最中に訪れた、ささやかな安息日。第4中隊メンバーは各々の休日を過ごしていた。喫茶店ボナールで、静かな時間を過ごしていた咲良と航。幻獣を倒すという目標しか浮かばない咲良に対し、航は「戦いが、お前の本当にしたいことなのか」という言葉を投げかける。戸惑いを隠せない咲良だが…。

なおも続けられる青森ツインブリッジ攻防戦。日々、ハードな訓練をしているにもかかわらず、未だ作戦には参加させてもらえない第4中隊。そんな中、青森師団と北海道師団に危機が訪れ、援軍として第4中隊が投入されることに。果たして訓練の成果は表れるのか!?　咲良たちの運命やいかに…。

再び現れた起爆幻獣ガキ。かつての敗北に憤る第4中隊メンバー。青森ツインブリッジを守るため、乃恵留や愛梨沙は!?　そして新たに現れた巨大幻獣タランテラを倒すため、咲良がとった行動は!?　新型『光焔号』も加わり、第4中隊メンバー全員で立ち向かう感動のクライマックス!!

沖縄、九州をほぼ制圧し、更に中国地方へと進行を続ける幻獣。それを食い止める第105師団第7芝村中隊は、雷電と呼ばれる動物兵を有する竜騎兵で編成された特殊部隊であった。だがある日、第7芝村中隊に本部より撤退命令が下る。本部の命令に納得がいかない源は、一人山中に残り幻獣に立ち向かうが…。

青森ツインブリッジの崩壊は源たち第7芝村中隊のいる中国地方にも影響を及ぼしていた。そんな厳しい食糧事情の中、駐屯地で力をもつ第15中隊は病院への配給物資を奪い取り、闇市場で売却して私腹を肥やしていた。そんな状況に腹を立てた源たちは第15中隊の悪行を成敗すべくある計画を実行するが…。

病院の医療機器の故障により、修理に借り出される深澤。深澤はそこで、病院からの脱走を繰り返す少女、理名と出会う。その後深澤は、彼女が難病を抱え、長い間入院していると聞く。深澤は理名の見舞いに行くが、冷たくあしらわれてしまう。理名のことが気になる深澤は、決心をしたように部屋にこもり地図を見つめて…。

満開の桜の下、第7中隊主催の花見が開かれた。街の人々と楽しく過ごす隊員たち。そんな中、源は輪から離れ、山の方へ行ってしまう。追いかけた紫苑は源に注意をするが、その時、幻獣によって傷つけられたトラックを発見する。幻獣を追う源と、そんな源を止めようとする紫苑だが、二人は幻獣の罠にはまってしまい…。

前線で孤立した負傷兵を助けるために医師団が派遣されることになった。その護衛を任された第7中隊だったが、霧の中、山道を進む一行の前に、突如幻獣らしき影が現れる。そこで強引に突撃したのは、幻獣に親を殺され戦災孤児となったエステルだった。時に命知らずな行動をとるエステルを心配する医師の長岡だが…。

幻獣の猛攻を受け撤退が続き、兵の士気も低下の一途をたどっていった。そんな中、第7中隊も全住民と共に撤退することを命じられた。いつまでも出撃命令が来ないことに苛立つ源と火焔。病院にいる高齢者たちも故郷を離れたくないと、病室に立てこもり出てこない。源は命令に逆らい、幻獣を迎え撃とうとするが…。

遂に幻獣と決着をつける時が来た。撤退命令に背き、町を守ることを決意した第7中隊。今回の作戦は、芝村の提唱するスプリングストームというものだ。いつにも増して気合が入る隊員たちだが、戦場には次々と巨大幻獣が出現し、隊員たちは苦戦を強いられる。そんな中、本部では参謀長と伯爵夫人があることを計画していた。

苦戦する山岳戦に見切りをつけ、幻獣を町に入れるという芝村。町を傷つけたくない深澤は、ミチルが止めるのも聞かず戦場と化した町へ飛び出していく。続々と町に入ってくる幻獣たちを必死でくいとめる源たちだが、その時芝村の恐ろしい計画が明らかになる…！　果たして源たちは幻獣を倒し、町を守ることができるのか?!

盛夏、小笠原諸島・父島。陽炎が立ち昇る校庭を、第8警護師団の隊員たちが走っている。訓練をサボった佐久間は、教師の大迫から逃げる間に不思議なリスの「シマシマ」を見つける。そんな中、大晦日熊本・殲滅作戦で活躍した万翼長の永野英太郎が現れる。永野は第8警護師団中隊長の石塚に会いにきたというが…。

中隊長・石塚の家が見つからず、千寿の実家の民宿に泊まった永野は、栄光号に乗り幻獣と戦う夢を見てうなされる。一方、不思議な少女みずほに惹かれる佐久間は、周囲にひやかされるままにみずほを花火大会に誘うことにする。そして、火薬の扱いが得意な幼馴染みのアズサにオリジナルの花火を作ってくれないかと頼むが…。

学校への無断欠席を続けるみずほは、幼いころに幻獣との戦いで両親を失った孤独な少女だった。熱血教師の大迫は、みずほを訓練に連れ戻すため、かつてみずほの両親が乗っていた潜水艇・ハッピードルフィン渦潮2号による海中訓練を企画する。両親が乗っていた潜水艇を操縦するため、訓練に参加するみずほだったが…。

身長186センチ、体重71キロの巨大な少女里美は、読書好き、妄想癖あり、夢は世界中をリボンでいっぱいにすること、という不思議な女の子だ。ある日、里美は校舎の裏にある倉庫で古ぼけた封筒を見つける。それは差出人も宛先も分からないラブレターだった。里美はラブレターの持ち主を手当たり次第探し始めるが…。

生徒たちの間で、呪いの幽霊船の噂が広がっていた。訓練中に船から大迫が落ちたり、満月の夜に由加里が不思議な体験をしたりと、不可解な現象が絶えない。一方、永野と千寿は野外映画館に来ていた。はしゃいでいた千寿は映画の途中で様子がおかしくなり、きれいな蝶が見えると言い出す。しかし永野には何も見えず…。

本部より全島民に本土への避難通達があった。しかし避難の前日になっても島民たちは逃げる気配を見せない。そんな中、夏休み最後の補習として、島内一周マラソン大会が行われることになった。大会に参加することになった石塚に対して、永野は、自分がマラソンに勝ったら本土召集に応じて欲しいという賭けを持ちかける。

父島観測史上最大の台風が襲ってきた。第8警護師団の隊員と永野は石塚の指示により、島の守りと島民の誘導にあたる。接近する大型の台風に懸命に備える第8警護師団。そんな中、砂浜で一人暮らしをする船長が姿を消した…。荒れ狂う大風の中、第8警護師団は島を守りきることができるのか!?