スーパーカーで飛行していた科学者ヤマトネ博士と、息子のタケル、助手のダレオは、漂流していた少女マリーを救出。謎の怪物ファイブフィンガーに襲われて消息不明となった彼女の父・ミレ博士を探して、一行は幻のアトランティス大陸に上陸するが、そこに再び怪物が現れる！宮殿の中で古い棺を発見したヤマトネ博士が棺の文字を解読すると、黄金バットが一万年の眠りから甦った・・・！ [アクション/バトル]

南太平洋に氷山が現れるなど、熱帯地域が突然寒くなる異常気象が発生。原因を調べていたヤマトネ博士は、何者かが暖流の流れを止めて、南極から寒流を流し込む装置を使っていたことを発見。一方、やはり事件の調査を行っていたタケルたちは、悪の科学者ナゾーに捕まり、魚の怪物マンモスキラーの餌にされそうになる。マリーの涙がコウモリに姿を変えると、またしても黄金バットが現れた！

山々に囲まれた平和な村にナゾーの部下のマゾが現れ、村人たちに秘密基地と巨大な破壊ロボット、ゲーゲオルグの製造を命じる。作業中に空中に放り出された少年をヤマトネ博士のスーパーカーが保護。少年の口から出た「ナゾー」という言葉に、博士は、かねてからの恐ろしい事件の背後にいるのは、40年前に行方不明となった世界的科学者エーリッヒ・ナゾーであることを知る。

ヤマトネ博士が世界科学者会議で発表する秘密書類「103号」が、ナゾーの部下の23号に奪われてしまう。タケルとマリーは黄金バットに奪還を依頼するが、ナゾーは巨大ロボット、ゲーゲオルグでバットを迎撃。なんとかナゾー・タワーに潜入したバットだが、水分がないと動けなくなることに気がついたナゾーは、バットをついに強力な乾燥室に閉じこめることに成功。果たしてバットの運命は！？

南米にある不毛な無人島を地上の楽園に変えるために招聘されたヤマトネ博士一行。その島を自分の秘密基地にしようとするナゾーは部下の5号を使って、肉食植物に謎のガスを噴霧し、植物を巨大化させてしまう。日本人の協力を快く思っていないリンゴ技師は、植物の変化はヤマトネ博士の陰謀だと疑う。ついに巨大化した植物たちは開発チームを襲撃、絶対絶命の危機に黄金バットが現れる。

特殊な薬品入りの水を撒く装置を設置し、サハラ砂漠を大農園に変えようとするヤマトネ博士。だがそこにナゾーが現れ、サンド・スペクトルを使って、人間を一瞬のうちに砂に変えてしまう。黄金バットの助けで一度は撃退されたナゾーだったが、今度はタケルとマリーを誘拐し、大農園を明け渡せと博士に迫る。ナゾーの手下に変装したダレオは、ふたりを助けようとタワーに潜入するが・・・・・・。

世界中の優秀な科学者たちがシベリアのツンドラ地帯に建造した国際都市。ヤマトネ博士一行はレオ博士の天文台を訪ねるが、天文台は荒らされたあと。ナゾーの円盤部隊がレオ博士が遊星から持ち帰った宇宙生物アリゴンをさらったのだ。放射線で巨大化したアリゴンが国際都市を襲う！黄金バットの活躍でおとなしくなったアリゴンだが、その子どもをどうするかで市民と科学者の議論が起こる。

あちこちの孤島で、砂金を含む川が一夜にして蒸発するという事件が起きた。ヤマトネ博士は南太平用の黄金島の警戒に当たるが、洪水に巻き込まれる。水が引いた後に川に戻ってみると、そこには巨大な蚕の怪物がいた。蚕の吐く金の糸に絡め取られるスーパーカーだが、黄金バットに助けられる。蚕の作った金の繭を回収しに来た、ナゾーのゲーゲオルグの行く先を追ってみると、そこには・・・・・・！

ヤマトネ博士とパロマ博士によって、海底に眠るウラン鉱脈を隆起させる実験が行われ、見事、原子燃料ウランXの世界最大の生産地が誕生した。しかし早速ナゾーが現れ、ロボットを使って島を火の海に。黄金バットのおかげで一時は難を逃れたが、今度は、マゾが開発した、なんでも煙にしてしまう恐ろしい壺にマリーが吸い込まれてしまう。タケルはロボットのハッピーと共に救出に向かう。

エジプトで発見された重要文化財“フィンカーメン”護送中のトラックが、マゾと手下たちに襲われる。“フィンカーメン”の額のエメラルドには、エジプトのピラミッドの宝の在処が記されていたのだ。バルバラ博士とヤマトネ博士はピラミッドに赴くが、そこには既にナゾーの手下たち、そしてバルバラ博士の友人で、古美術に目が眩んだがためナゾーに協力しているコレクター博士の姿もあった！

ニューヨークで開かれた国際平和会議に参加した科学者たちが、突然ゲラゲラ笑い出すという事件が起きた。難を逃れたのは、昼食に出たキノコを食べなかったヤマトネ博士とジンガー博士のみ。やがてあちこちで同じ被害が続出、ヤマトネ博士一行はキノコの生産地に調査に出かけるが、そこで恐ろしいキノコ人間たちに襲われる。彼らはキノコの毒に侵された人々のなれの果てだった・・・・・・。

ヒマラヤに住む5人のミュータントの少年を探すマゾ一行。やっと見つけたが、やんちゃで手に負えない。そこで彼らの母親である雪女と交渉し、協力をとりつける。実はナゾーは宇宙ステーションを奪うため、定温下でも活動できる人間を必要としていたのだ。少年たちをテストする意味で、ナゾーは彼らに冷凍電波で守られた美術館から絵を奪わせようとする。だが、そこにはマリーがいた・・・・・・。

世界一大きな原子力発電所での会議を終えたヤマトネ博士の車が謎の黒猫に襲われた！続けてあちこちに黒猫が出没。再び黒猫に襲われたヤマトネ博士たちを黄金バットが救い、「黒猫を撃つな」というメッセージを残して去ってしまう。実は黒猫はナゾーが発明したロボットで、中には高性能爆弾が仕掛けられていたのだ。黒猫はついに原子力発電所に潜入、もし警備員に撃たれれば大爆発の危機だ！

ナゾーの新型円盤ロケットを操るネロ指揮官は、ナゾーの命令も無視する暴れん坊。そのロケットを追えばナゾーの本拠地が分かると、スーパーカーで後をつけるヤマトネ博士たちだが、アトランティス大陸によく似た遺跡で怪獣サブゴンに襲われる。黄金バットの活躍で窮地を脱した一行だが、博士がマゾに捕まってしまった。タケルは地下工場で働かされていたクスコと協力して墓地に潜入する。

マゾが生み出した恐るべきパワーを持つ岩人ギルトンが、ベーリング海峡に建造されたダムを襲う。あと一歩というところで黄金バットに撃退されたギルトンだったが、懲りないマゾは、ダムに出稼ぎに来ていた男・ハイマンの脳をギルトンに移植し、再度ダムを襲わせる。ちょうどその頃、ハイマンの娘チロルが父親を探してダムを訪れていた。バットと戦うギルトンにチロルが声をかける・・・・・・。

世界のあちこちで列車や船が消えるという事件が発生。同じ頃、ヤマトネ博士は国際同盟本部の依頼で、世界中の原爆や水爆を保管している倉庫の警備を任される。その場所を記した地図が何者かに盗まれてしまったからだ。実は犯人はナゾーで、彼は目から反重力光線を出す怪鳥ガルガーを使って、水爆倉庫を根こそぎ奪おうとしていた。先の事件はそのためのテストに過ぎなかったのだ！

ヤマトネ博士一行は、イースター島の古代ポリネシアの遺跡で、「ポリネシアの星」と呼ばれる、人類にとって価値のある水晶を探していた。だが、そこには地底人の支配者シッタンが現れ、「ポリネシアの星」は自分たちが地球征服のために奪うという。彼らの怪獣に襲われる博士たちだが、黄金バットに助けられる。施設をバットに破壊され、困窮するシッタンに、ナゾーが協力を申し出るが・・・・・・。

昔、アトランティス大陸で黄金バットと互角の力を持っていたという暗闇バット。その伝説を知ったナゾーは海底のアトランティスの遺跡から棺を回収し、暗闇バットを甦らせる。暗闇バットはナゾーを恐れもしない大悪党だったが、ナゾーは封印の呪文で脅かし、暗闇バットを手なずける。黄金バットに化け、ダレオを誘拐したり、さまざまな悪事を働く暗闇バットの前に、ついに本物の黄金バットが現れる！

ダレオは何者かに追われている老人から青い玉を預かる。それは水底の“青い炎の国”になくてはならないコバルト70だった。追っ手は、その国で虐げられていた水棲人のダゴンたちで、玉と引き替えにナゾーに内乱の手伝いを頼むつもりだったのだが、学者の老人に先に奪われてしまったのだ。ダゴンはミラージュペンという道具を使って巨大なムカデと毒グモを出現させ、ダレオたちを襲う。

タケルが“青い炎の国”の水棲人たちにさらわれた！ヤマトネ博士たちは水棲人が残した「ルートシグマ」という暗号を解読し、水底の国への入り口を見つけ、潜入する。その頃、水爆を無数に作れるコバルト70を諦めきれないナゾーも、“青い炎の国”にマゾを差し向けていた。国の女王たちは、地表の人間たちは自分たちの生活を脅かす危険な存在と考え、手始めにタケルを処刑しようとする。

ナゾーの部下ゴラス率いる一隊が、ペロン火山の麓にある研究所から、強力なエネルギーを持つ隕石“ドラゴンストーン”を強奪した。ナゾーはこれを使って、工場でドラゴンミサイルを建造しようとしていたのだ。ヤマトネ博士たちに拘留されたゴラスは、囚われの身となった自分を爆弾で殺そうとしたナゾーに失望し、秘密基地の場所を暴露。だがそこには恐ろしい怪獣ケンダーがいるという。

嵐の夜、ハルロ博士の研究所に、ナゾーの手下、ブラック仮面が現れ、ハリケーン爆弾の化学方程式を書いたノートが盗まれてしまう。方程式の残りの半分が書かれたノートを持っているヤマトネ博士は、科学長官に電話で呼び出され、ハルロ博士の山荘に向かうが、それはウソの電話で、待っていたのはブラック仮面だった。博士を助けに現れた黄金バットに、怪獣ネッキーが襲いかかる！

地球の磁気を溜め込んだルビーが、ドイツ軍の沈んだ潜水艦の中にあると知ったヤマトネ博士一行は、海の墓場と呼ばれるサルガッソーをダイビング。だがそこにナゾーの手下もやってきていた。双方が対決しているうちにルビーの力が発動し、潜水艦は大爆発。その最中に捕らわれたマリーはナゾーの前に引き出されるが、ルビーの近くにいた彼女はナゾーの光線も効かないほどの超能力を身につけていた！

放射能の出ない核爆弾ATGを発明したヤマトネ博士。量産には優れた技術者が必要なため、ミュラー社のロボットを動員することになった。しかし社長のミュラーはナゾーの手下のロボットA1号だったのだ。ATG工場はロボットたちに占拠され、爆弾の製造が始まってしまう。ATGの爆発の可能性があるため、うかつに攻撃するわけにもいかない。タケルはロボットに化けて工場に潜り込む。

科学センターからウラニウムがナゾーの部下ボルドによって盗まれた。しかも恐ろしいゴールド爆弾を作るのに必要な種類のウラニウムばかり。マリーの夢の中に現れた黄金バットがくれた地図にしたがって、タケルとダレオはナゾーの秘密工場に潜入する。ヤマトネ博士はふたりの合図を持って工場にミサイルを撃ち込むつもりだが、ふたりの行く手にボルドが立ちはだかる。助けて黄金バット！

郊外へドライブに出掛けたタケルとダレオだったが、ナゾー一味に襲われ、車ごと崖から転落。急を告げられ、心配したヤマトネ博士とマリーは現場のタランテの谷に向かった。しかし、そこには黄金バットへの復讐に燃えるナゾーの手下、ゲムが手ぐすねを引いて待ち受けていた！密かに怪獣タランゲーを泉に潜ませ、黄金バットと博士らを一網打尽にしようとしていたのだ。

月夜に笛の音が鳴り、次々と著名な科学者ばかりが襲われる事件が発生。遠い昔、錬金術師に子供を奪われたカスタニア王国の女王・アキシスが500年もの間、生きながらえ、復讐のため現代の錬金術師＝科学者を狙っていたのだ。ナゾーは、子供を奪ったのはヤマトネ博士だと吹聴し、女王を焚きつける。アキシスが姿を現し、骸骨怪獣・スカルパを使って、黄金バットと対決する。

宇宙コウモリが宇宙ステーションなどを襲い、食料を奪って行く。ヤマトネ博士と炊けるたちは事件解決のため宇宙に赴くが、やはり宇宙コウモリに襲われ、座礁してしまう。タケルはスーパーカーの修理のため宇宙遊泳を行うが、ナゾーの手下に命綱を切られ、宇宙に放り出される。黄金バットの導きでたどり着いたのは、宇宙コウモリや宇宙怪獣が飼われている基地だった！

ナゾー一味は新興国・ブラックスターと手を組み、オリンピックを撹乱し、その間に各国首相を暗殺しようとする。早くも不穏な動きに気づいたタケルだったが、ナゾーの手に落ち、改造人間にされそうになる。一方、ブラックスターの選手の尋常でない活躍に沸く会場にはスナイパーが配置され、混乱の渦に。さらに、怪獣ウガンギーが呼び出され、黄金バットと闘いを繰り広げる。

690年もの長きにわたり、トラント岬にそびえ立つ由緒ある城。ナゾーはそこに世界征服の要塞を建設しようとするが、この城を守る老人・マシューは協力を拒否する。しびれを切らしたナゾーは密かにマゾを城に送り込み、力づくで城を奪おうとする。しかし、そこには代々城を守る液体幽霊怪獣が棲んでいたのだ。凶暴化した怪獣は、城を訪れていたタケルたちにも牙を剥く！

特殊な電波により、世界中で爆発事故が多発した。電波の発信源は砂漠に囲まれたバロン王国。ヤマトネ博士らは原因究明のため現地に向かう。しかし、王国は王位をめぐる争いの最中で、人々は困窮し、混乱していた。博士は彼らが崇めるバロンの神の巨像から電波が出ていることを突き止める。ちらつくナゾーの影。タケルたちは、人々の争いを阻止しようと立ち上がるが・・・・・・。

タケルとダレオが釣りに興じていると、突然、大地が揺れ、不気味な怪獣の声が響き渡った。しかし、姿はどこにもない。実は、ナゾーが透明怪獣・グラスゴンの威力を試していたのだ。タケルから報告を受け、緊急に対策を講じるヤマトネ博士たち。グラスゴンは光るものに引きつけられることが判明。タケルらと黄金バットは協力して、目に見えない敵に立ち向かう。勝ち目はあるのか？

各国から派遣された南極観測隊が次々と消えた。一方、海の水位が徐々に高くなり、世界に大洪水の危機が迫る。原因は南極にあると睨んだヤマトネ博士は現地に飛び、氷山が溶け出していることを発見。謎の生物が身体から強力な電熱を放射して、氷を溶かしていたのだ。ナゾーの企みを見破り、怪物と戦った黄金バットは、怪物の身体の一部を手がかりとして残していくが・・・・・・。

死火山だと思われていた山が爆発した。調査のため火口へ出向いたヤマトネ博士やタケルたちは、凶暴な怪獣モグラーに襲われる。火山の爆発は、ナゾーの手下・ウルフ博士の手違いによるものだったが、彼らはなんと地球を丸ごと爆破する計画を立てていたのだ。計画を未然に防ぐため、博士たちは、基地があると疑われる地下4000フィートの地底にもぐることになったが・・・・・・。

原因不明の火山爆発はまだ続いていた。解決策を探るためヤマトネ博士らは地熱研究所を訪れるが、研究員はほとんど逃げ出した後だった。ドリルカーに乗って再び地底へもぐり、とうとう一行は地球の中心にある空洞へとたどり着いた。彼らが手がかりを探している間に、ウルフ博士が大爆発を引き起こす装置のボタンを押してしまう。危機一髪、果たして地球の運命は！？

マダガスカル沖を航行中の原子力潜水艦、シーゴブリン号を狙う作戦を立てたマゾ。発信器を取り付け、双頭の怪獣ゲゲラにそれを襲わせようというのだ。そのテスト航海中の潜水艦には、ヤマトネ博士たちが乗り合わせていた。海のあまりの美しさに感激したタケルとマリーは船長に海底散歩をせがみ、潜水を始めた。しかし、2人を待ち受けていたのは、恐ろしい怪獣だった・・・・・・。

水爆実験などで繁殖した恐竜が住む島に来た黄金バットは、そこでマリーのペンダントを見つける。彼女は、ナゾーの手下に誘拐され、この島に幽閉されていたのだ。ペンダントには特殊な放射能を出す仕組みがあり、それを手がかりにヤマトネ博士らも島に到着する。マリーを追って硫黄の谷にたどり着いた黄金バット。しかし、それはナゾーたちが仕掛けた罠だったのだ！

ナゾーの手下に追われている少年が、偶然いあわせたタケルとマリーに助けられる。狙われていたのは少年の持つ手紙と写真。それは地質学者クルー博士の助手としてメルバ地方に探検に行き、行方不明になった兄から送られたものだった。少年とタケルたちは現場に向かい、探検隊を捜索する。しかし、怪獣の棲む暗い森には、不気味な骸骨の道しるべがあるばかりだった・・・・・・。

地球を暗黒が支配する。ドグマロンを利用し創られた怪獣バスラーを、ナゾーが操っているのだ。怪獣が吐き出す黒い雲によって世界は暗黒となり、大混乱に陥る。雲の出所とされたガロ山付近に急行するヤマトネ博士とタケルたち。しかし、村に住みついて村人を操る占い師・ポーに邪魔されてしまう。実は、ポーは怪獣の番人としてナゾーが手配した部下だったのだ。

国際会議でインドを訪れていたヤマトネ博士たち。タケルとマリーは道に道に倒れていた僧侶に、小さな包みを渡された。それは“インドの女王”という謎のダイヤだった。そして、ダイヤにはナゾーが隠した秘密基地の図面が秘められていた。迫り来るナゾーの魔の手！図面を解読した博士らは一路、戦士の宮殿へ。しかし、怪獣ゲンガルルーがタケルたちを容赦なく襲う。

ナゾーの円盤に攻撃され、負傷したヤマトネ博士。重要書類を託されたタケルとマリーは、地質学者・ジュリー博士の研究所に向かって逃げる。が、タケルは囚われ、書類を手にしたマリーは深い森に迷い込んでしまう。ナゾーは森に住む妖婆にマリーを捕らえさせ、執拗に書類のありかを追求する。救出に向かった黄金バットの前に、妖婆の使い、怪獣ヒードロが現れた！

失敗続きの作戦にナゾーは怒りをあらわにし、冷酷にも部下を処刑してしまう。その様子に恐れをなしたナゾーの秘書官・モルは、ナゾー・タワーの秘密が書かれた書類を持って脱走。ヤマトネ博士らに助けを求める。追っ手に追いつめられ、廃坑に逃げ込むモル。彼と接触するため、ヤマトネ博士らも廃坑に潜り込むが、そこは一つ眼怪獣の棲みかだったのだ・・・・・・。

ライオンの気性の荒さ、ゴリラの腕力、人間の知性、そして化学兵器までを備えたロボット怪獣・ライガーマンが開発された。産業開発の調査のためにケニアの草原を移動中だったヤマトネ博士らに、ライガーマンが迫る。辛うじて黄金バットに救出された博士たちは当初の目的地へ急ぐが、途中、川が干上がってしまった村にたどり着く。その場所にはさらなる秘密が隠されていた！

サンパウロ行きの飛行機上で、女がマシンガンをぶっ放す。冷酷非常なこの女を見込んだナゾーは、怪獣使いグスタフと組ませ、一仕事させようとする。大富豪・シャーロックが科学界へ寄付する高額ダイヤモンドを横取りしようというのだ。ヤマトネ博士たちと行動をともにするシャーロックに魔の手が迫る。そして、海底からは怪獣フォンタムーが黄金バットを狙っていた！

象形文字で書かれた手紙がヤマトネ博士に届いた。そこには死火山のケムラー火山が爆発すると予告が。その通りに火山は爆発、博士たちはスーパーカーで現地に出勤する。そこでは、手紙の差出人ミューが一行の案内を買って出るが、実はミューは吸血コウモリを操る妖婆だったのだ。ミューはマリーをさらい、黄金バットをおびき出す。煮えたぎる溶岩からは怪獣シェルゴンが！

引力を切断する力を持つゲロンチューム90を発見した科学者・マキノ博士がヤマトネ博士を訪問。その時すでにマキノは洗脳され、ヤマトネ博士らをおびき寄せるための手先となっていたのだ。ゲロンチューム発掘現場に近づくと、大地がひび割れ、怪獣が出現。退治のために現れた黄金バットも、怪獣に食べられてしまう。ヤマトネ博士・黄金バットの運命やいかに！

闇の世界を歩く、不気味な人物、ヘモドリックス博士。表の顔は科学者だが、実は、裏で殺し屋の斡旋を営んでいる悪人だった。ナゾーは彼に最強の暗殺者として、ふたりの少年を紹介する。だが、ふたりは見た目と違って、恐ろしい怪力と邪悪な心を持った暗殺者だったのだ。何食わぬ顔でヤマトネ博士の家に潜り込み、まんまと博士を略奪することに成功するが・・・・・・。

黄金バットを倒せずにいたマゾは、最新コンピュータを使って打開策を講じる。その結果、アマゾンの奥地に住むこうもり怪人ならば勝算があると出た。マゾの依頼を引き受けたこうもり怪人は、まず、マリーを誘拐した。黄金バット、ヤマトネ博士、そしてタケルを自らの要塞、伝説の“死の城”へおびき寄せるためだ。そこは、恐ろしげな怪物たちが巣くう魔の王国だったのだ！

サーカスの一団が道を行く途中、見世物の怪獣ガブラーが突如暴れ出した。ナゾーは頭がサイで身体がワニというこの怪獣に目をつけ、生け捕りに乗り出す。サーカス会場で暴れ出したガブラーは黄金バットと対決。そこにナゾーの円盤が飛来し、両者とも捕獲されてしまう。黄金バットは行方不明に！海底から引き揚げられた怪獣は改造され、サーカスに再登場したのだが・・・・・・。

タケルらが乗った列車が向かっていた鉄橋が爆発。黄金バットのシルバーバトンが急を知らせたため、列車は難を逃れたが、タケルはナゾーに捕らえられ、基地に連行される。ナゾーは列車に積まれた金の延べ棒を奪い、基地の建設に使おうとしていたのだ。さらに、魔女オセロの力を借り、黄金バットのライバル、暗闇バットを死の国から甦らせる。危うし、黄金バット！

タケルとヤマトネ博士は決死の覚悟で、完成したナゾーの秘密基地へと向かった。潜入は成功するも、ナゾーは反対に彼らを人質にしてしまう。しかし、ヤマトネ博士たちの機転と黄金バットの活躍で、基地は崩壊し始める。怒ったナゾーは巨大な怪獣に変身し、黄金バットに襲いかかる。さらに死んだはずの暗闇バットも現れ、ついに最後の死闘が四次元空間で始まった！