深夜时分，当Q和惠沿路交谈之际，看见在工地的吊车上有人挥动探照灯，随后突然坠落下去！于是两人立即赶去，发现有人死亡。

侦探学园为测试报考者而模拟过去的一桩案件，地点位于湖畔休闲旅馆的一间木屋，摄影师伏见一月份后为拍摄高原休闲区湖泊，但却在屋中的床上遭锐利刀器刺杀而死。

参与测试的考生跟随三号嫌疑人前往二号考场，而此时Q和惠在路上偶遇一位前来登山却不幸跌落鸿沟的老先生。

入学典礼时，突然收到引爆炸弹的预告信，一共3枚，第1枚很快在8点引爆了。 提示：第1枚炸弹的目的、第2枚在団先生周围引爆的目的、而第3枚炸弹的真正目的……

数马因对分配到Q班不满，所以要求参与A班的调查实习，如果成功破案则调入A班，没想到整个Q班都被允许参与，此次案件的被害者是一星期前，为阳台坠落的花盆砸中头部而死。

Q与惠，以及金太郎三人深夜相遇，却突然听到路边的屋子里有惨叫声传来，于是三人立刻赶到现场，发现有人死亡。

Q班一起参加团先生的秘书片桐小姐老同学的画展，却没想到成为一段痛苦的回忆。

Q班与A班一起到雾关岛参加特别课外辅导，模拟过去已经解决的一桩凶手自称“开膛手杰克”的事件，而他们都不知道的是，他们即将成为新一幕开膛手杰克的主角。

双重密室中发生的残虐杀人事件，使全体人话都没有。瞬间记忆能力的梅格如今怎样安慰吗？处于不明的状态。但是，从昨天开始肆虐了的风越来越厉害了，大家想从岛上逃离也变得不可能。

第二个受害者出现了。团愤怒而颤抖的说，是“彻底地探索岛，寻找出潜伏在某处的犯人！”但是，有着“从现场梅格烹饪的食物丢失，尚在50克面粉和黄油碎片不可能”的证言。晚上大家，谁也不知道应不应该去西侧发现的一栋灯亮着的房间看一看…

连续发生了残虐杀人事件。事情紧急已经火烧眉毛。Q下决心合作挖掘事件的真相，大家分成两组开始行动。

Q受以前的同学一之濑所托，参加为一之濑意外死亡的母亲所召开的降灵会，突然出现的不明降灵术师，围绕遗产的惨剧即将展开。

降灵术师朝昌在众人围成一圈并且黑暗中的降灵会被刺杀而死，叔母幸代，在花室中吊死。Q看到了一之濑母亲的委托信后，悲伤之情难于言表。

Q看到了一之濑母亲的委托信后，悲伤之情难于言表，而此时令人难以接受的真相逐渐露出水面。

暑假到了， Q班的同學們利用暑假，到海邊去浮潛，但是众人在途中遇到了一隊醫生，正因為失蹤的同伴而鬧得不可開交。众人研判失蹤者應該是前晚酒後跑去夜潛，於是一起出海尋找。到達潛水地點之後，果然發現名該失蹤者已經死在海底沈船的船艙之中，死者到底是意外死亡還是他殺，小Q和流開始抽絲剝繭找出真相...

就快舉行編班考試了，大家在布告欄前議論紛紛的時候，碰到了上次在霧裂島一起辦案的 A班菁英，正當雙方互相嗆聲的時候，團先生忽然出現，提議出題讓雙方解答比個高下。團先生提出的題目是神隱村的神祕憑空消失事件，一個大學生留下一組連到稻田中央的腳印之後，突然消失無蹤。小Q能夠擊敗A班的菁英份子先找到答案嗎...

Q班接到團先生的命令，前往推理競賽中的神隱村調查神祕的失蹤事件。這個深山中的小村落這10年來已經發過7件失蹤事件，而且還有祭拜疫神的奇怪宗教和舊日本軍的寶藏傳說。眾人來到神隱村的前哨葫蘆村之後，碰到一組電視台的人員，第二天早上這組電視台的人員中的播報員失蹤了，大家根據現場的證據研判而在村子的墓地中找到了她的屍體...

Q班的調查行動開始了，流和小惠前往神隱村，其他人則留在葫蘆村。大家在通往神隱村的隧道中遇到了電視台的攝影小組，導播安西透露自己已經掌握了舊日本軍寶葬的祕密，打算一個人去尋寶。一行人到達神隱村之後不久，安西就失去了蹤影，只剩下他帶走的攝影機被村民送回旅棺，攝影機中留下的錄影帶，顯示出安西被突然抓到空中...。另一方面，數馬在網路上發現了舊日本軍關於葫蘆村和神隱村的鎖碼密件，試圖加以解讀...

Q班一行人分成兩組分別到神隱村和葫蘆村進行調查工作。數馬嘗試解讀舊日本軍的加密文件，但是無法完全解開，多虧金太無意間的提醒，使數馬突然開竅，解開了密件的編碼，而密件透露了驚人的事實。流和小惠在神隱村被疫神教教徒押去見教主，流當場質疑教主就是連續殺人案的兇手，教主裁示讓流和小惠到隧道口的岡哨盡情的調查，並且預言又將有神隱發生...

葫蘆村又有新事件發生了，但是預言會有事情發生的教主，卻有不在場證明證實自己一步都沒有離開神殿。而根據現場的情形判斷，兇手應該在葫蘆村現場。當案情陷入膠著，小 Q決定轉換視點換個角度來看整個事件，看到日出的小Q突然豁然開朗，解開了兩個村子多年來的神隱之謎，假借神隱犯下連續殺人案件的兇手竟然是...

展開在大家眼前的，是難以置信的景象，原來葫蘆村和神隱村只有一牆之隔，走進神隱村神殿就可以直接通到葫蘆村的水壩，根本不必通過冗長的隧道。舊日本軍寶藏祕密，還有接二連三的神隱事件的真相，經過 Q班同學的抽絲剝繭終於揭開了真相，原來這一切都是半個世紀前，愚蠢的人類造成的歷史悲劇...

為了做田野調查而到某高原別墅區的 Q班一行人，碰巧遇到了一件離奇的兇殺案，被害者死在擺滿了豐盛料理的餐桌前。經過查證被害者料理研究家已經死亡超過兩天，但是桌上的料理卻剛出爐不到半天。在詢問過現場的4名最先發現死者的人之後，流就鎖定了兇手。整件疑案的重點就在桌上的豐盛晚餐，以及被害者死亡的時間...

Q跟金太去贺来海峡钓鱼，在列车上碰到了Q非常喜欢的漫画家水无月香。但是水无月却想杀害她的前男友多贺研次，而利用Q跟金太做她的不在场证明人。

Q在侦探学院的委托案件中，发现了他非常感兴趣的未解决一件密室杀人案件，趁假期来到了轻井泽，却碰上了A班的雪平樱子……

不久，又一名偶像差点被杀，雪平也遇到了危险。Q班的其他人在关键时刻出现，事件也得以解决。但是……神秘组织登场！

小惠邀请Q一群人去家里做客，却发现家里有小偷潜入，经过观察，发现橱柜里的餐具无缘无故的多了，Q断定小偷并没有离开屋子而是还藏在小惠家中。原来这个冥王星组员假扮的小偷藏在……

学园来了新老师，金太的大条导致被罚留校打扫校舍。由于金太要去打工，所以就拜托Q和他换，于是小惠也一起留下来帮助小Q，小Q在打扫的时候发现了旧校舍的秘密的地下入口，门上画着10条龙。解开密室门上的秘密后小Q和惠进入密室，发现这间密室一直秘密藏着一个人，以及这个人留下的被烧毁的日记本。

小Q和惠在研究密室究竟藏着谁的时候，有人将门锁上，并放入毒蛇，毒蛇将惠咬伤。危急时刻，流、数马和金太将小Q和惠救了出来。

某著名高中中流传杀人录影带的消息，于是派流和小惠前去调查。

罪犯将小惠绑架并让他亲眼见到杀人的场面，并袭击了其他的同学。流经过仔细观察逐步锁定了犯人。

小Q前来帮助流破案，流用自己引出了罪犯，没想到罪犯杀人的原因竟是源于一场误会。

小Q和金太去调查偷盗内裤案件时被误认为偷窥狂而遭到暴打，于是团守彦派雪平、小惠等3个人去解救小Q，没料到却在地铁上遇上色狼。色狼完全不承认，但是凭借雪平樱子的执着果敢，小惠的瞬间记忆逼色狼招供。

数马的学校发生诅咒的吹箭和箭毒碱被偷了，于是数马和Q班其他人到学校调查，此时数马喜欢的老师太刀川瞳在料理室烤饼干的时候被毒箭射中，晕了过去。

经过对教导老师、岩守老师、绘部老师的盘问，并没有发现可疑。案件陷入僵局，直到流对料理室强劲的抽风机产生了怀疑，数马也发现了面团。凭空消失罪犯到底是谁？最后数马顺利的解决了案件。

Q、小惠和金太在游乐园遇到了爆炸，之后得知这是起连环爆炸案。经过调查，Q班和团老师他们合力抓住了炸弹魔——珠宝降灵者良城大木。但此时良城已经布置好下一枚炸弹。Q他们虽然推理出炸弹所在地某商场，但苦于找不到炸弹具体安放点。Q他们怎样才能顺利阻止炸弹爆炸呢？

Q等人接受小提琴家弓削雅臣的委托，调查针对弓削拥有的名琴——特思塔尼之龙（九头龙匠制作）继承问题而发生的恐吓事件，恐吓信来自已经去世的女弟子宝生美鹤。弓削在山中别墅幻奏馆举行演奏会，未参加的女弟子白州真弓被发现杀死在房间中。上下山的路被堵上，金太、本乡和另一弟子五田岛学也被耽搁在路上。此时，别墅中又传来悲鸣。

小提琴家弓削雅臣的弟子之一村雨紫音被毒死在吧台，成为第二名受害者。流推理出了白州被杀的手法，Q注意到了流的反常，并且注意到了其他线索。数马调查出了宝生美鹤自杀的真相。五田岛摔下山崖万幸未死，最后一名弟子雾岛想七太被发现死在房间里。

流发现乐器收藏家司马朝绘是冥王星的人。Q推理出了真凶的手法。凶手被冥王星催眠要杀Q，流挡在了Q的前面。

本乡老师决定让金太独自送流去医院。本乡告诉Q和小惠冥王星的事情，并揭穿司马的身份。Q担心流和金太，追上了他们。流被顺利送到了医院。假扮司马的薰被冥王星成员阿努比斯催眠变成了疯子。阿努比斯去医院看望流，原来流是冥王星的正统继承者，一直非常痛恨自己被诅咒的命运。流从医院失踪，Q找到流，流暂时住进了Q家。

流住进了Q家。Q母带着两人去买东西准备开欢迎会。三人经过空房区，听Q母说了无头女的恐怖故事，Q和流决定去无头女出没的神社调查，结果真的看到了无头女，跟踪之后却不见了踪影。第二天Q和流决定揭穿无头女的真面目。

Q班接受政治家鹰飞胜五郎的委托，调查阵中（人柱）村反对大坝建设的恐吓事件。本乡老师同行。Q等人去大坝拜访鹰飞，却发现鹰飞在密室里被勒死，且屋内有烧过的痕迹，让人联想到魔矢公主的诅咒。另一边，黑手伸向了建设社长强罗久史。

建设社长强罗久史被发现死了，且头部已被烧掉。Q等人分头调查强罗之死，但找不到凶手的决定性证据。Q班去看警察证明鹰飞自杀试验，意外发现重要线索。

Q等人揭穿了凶手的手法。流认出了假扮秘书尾花俊之的就是冥王星的阿奴比斯，向他表示了自己与哈迪斯为敌的决心。

团守彦校长被绑架，指使者是冥王星的阿努比斯和由里绘。绑架犯的快速行动使Q和流认为学园内有内奸。Q等人推理出了绑架犯的手法，在实施逮捕时，犯人被催眠自杀。众人在找团守彦时，Q发现了团老师留下的线索和一张照片。

Q等人根据团老师留下的暗号得知他被带到了名为DDSunrise号的船上。本乡老师带领Q班拼死追到了船上。随后七海带领A班也赶到支援。Q和流分开找团老师。流和阿努比斯对峙时，阿努比斯启动了爆炸。Q找到了团老师，揭穿了假冒的片桐，却被由里绘关在房间里。Q他们能安全逃脱吗？