Un día, en el camino a su instituto, Tomoya Okazaki conoce a una extraña chica llamada Nagisa Furukawa. Más adelante en el día, Tomoya tiene una conversación con Nagisa durante el almuerzo y se entera de que ella está repitiendo su último año de escuela secundaria. Ella también dice que quiere unirse al Club de Dramatización, pero en ese año se había disuelto. Después del instituto, Tomoya va a la panadería de la Familia Furukawa y conoce a los padres de Nagisa. Ella invita a Tomoya a quedarse a cenar con ellos.

Nagisa admite que quiere recomenzar el Club de Dramatización y Tomoya la ayuda para crear carteles publicitarios, los cuales se colocan alrededor de todo el instituto. Ese día en el instituto, Tomoya conoce a otras dos chicas: una extraña chica superdotada llamada Kotomi Ichinose y una de primer año llamada Fuko Ibuki. Más tarde, en el mismo día, Nagisa descubre que Tomoya jugaba al baloncesto y lo invita a jugar un partido al día siguiente. Sin embargo, más tarde se revela que Tomoya resultó herido en el hombro en una pelea con su padre; como resultado, Tomoya ya no es capaz de jugar al baloncesto.

Después de los acontecimientos del día anterior, Tomoya va a visitar a Nagisa para ver si está bien y se entera de que ella es débil físicamente durante toda su vida. Mientras caminaba de vuelta a la panadería, Tomoya ayuda a conseguir salir de un aprieto a un extraño electricista y le da su tarjeta a Tomoya, enterándose de que su nombre es Yusuke Yoshino; más tarde, Youhei Sunohara, el mejor amigo de Tomoya, revela que Yusuke es un músico profesional retirado. Después de instituto del día siguiente, Tomoya ayuda a Nagisa a obtener más confianza a sí misma para el Club de Dramatización.

Tomoya se encuentra con Fuko de nuevo en el instituto y ella trata de invitarlo a la próxima ceremonia de matrimonio de su hermana mayor, pero a Tomoya no le interesa. Tomoya consigue a Youhei para ayudar a reformar el Club de Dramatización al sobornarlo con el pan de la panadería de los Furukawa. Nagisa intenta conseguir la ayuda de Ryou y Kyou para la reforma del club; Tomoya intenta hacer lo mismo con Tomoyo y Kotomi. Sin embargo, Tomoyo intenta convertirse en presidenta del Consejo Estudiantil y Kotomi no da una respuesta. Más tarde, Tomoya y Nagisa van a ir a ver a Fuko e invitarla al club, pero Tomoya descubre de Nagisa que Fuko es supuestamente la chica que está inconsciente en un hospital.

Con el fin de ayudar a Fuko, Tomoya y Nagisa la ayudan a permanecer en la casa de Nagisa, por el momento. La familia Furukawa ayuda a tallar las estrellas de mar de madera y en el instituto, Tomoya y Nagisa ayudan a entregarlos a los estudiantes. Más tarde, Fuko habla de cómo ella ha querido asistir a clases, pero nunca ha sido capaz de hacerlo. Tomoya se las arregla con Youhei, Kyou y Ryou para que actúen como compañeros de clases de primer año de Fuko, hasta incluso Sanae llega para actuar como maestra.

Tomoya y Nagisa invitan a la hermana mayor de Fuko, Kouko Ibuki, al Festival del Fundador. Mientras tanto, Fuko reparte estrellas de mar de madera a los estudiantes durante el festival y su club de fans la ayuda a correr la voz por el lugar hablando de la boda de Kouko. Nagisa y Tomoya encuentran a Tomoyo, quien lleva un traje de oso para esconderse y encontrar a las personas que están causando problemas, como al arreglárselas con Youhei lanzándolo por la ventana al molestar a una chica. Cuando finalmente Kouko llega al festival, ella no puede ver ni oír a Fuko.

Tomoya y Nagisa convencen a Kouko diciéndole que Fuko desearía que ella se casase, a pesar de la condición actual de Fuko. Hablan con la administración del instituto después de descubrir que Kouko le gustaría casarse en los terrenos del instituto. Kouko les informa que la condición de Fuko ha empeorado y no podrá despertar de su coma, mientras que Youhei y otros alumnos no pueden ver a Fuko y otros están empezando a olvidarse de ella, incluso los regalos que Fuko dio.

Más gente del instituto ya no son capaces de ver a Fuko y hasta, incluso, las personas cercanas a Fuko comienzan a olvidarse de ella. Primero es Youhei, quien olvida a Fuko después de visitar el Hospital General de Hikarizaka, seguido por Kyou y Ryou. Sin embargo, Tomoyo se las arregla para recordar con la ayuda de Tomoya. Más tarde, Youhei logra recordar a Fuko por un momento, pero es incapaz de recordar más de ella. Tomoya y Nagisa compran cosas de fiesta de cumpleaños para animar a Fuko. Cuando vuelven a la panadería, descubren que el padre de Nagisa había olvidado a Fuko, mientras que Sanae no la olvida por completo, pero no la puede ver. Tomoya y Nagisa deciden volver al instituto junto a Fuko.

Dado a que no hay nuevos miembros en el Club de Dramatización, Tomoya va a hablar con Kotomi una vez más acerca de unirse al club. Tomoya la lleva por los alrededores del instituto y la ayuda a introducirse a sí misma con la gente y hacer amigos. Tomoya lleva a Kyou, Ryou y Kotomi al salón del Club de Dramatización después de clases y después de una ronda de presentaciones, Tomoya les pide unirse al club. Kyou no acepta en un principio, pero termina por ceder cuando su hermana y Kotomi dicen que quieren unirse. Durante la reunión, Kotomi se va cuando oye a alguien tocar el violín, aunque cuando se le da la oportunidad de tocar, ella lo hace realmente horrible, haciendo doler los oídos.

Kotomi todavía trata de tocar bien el violín, pero no ha mejorado en absoluto y, en definitiva, su forma de tocar es doloroso para el oído para cualquiera que escuche. Kyou obtiene la idea de que Kotomi toque su primer recital de violín después de clases del día de mañana y en la media hora, Kotomi puede practicar. El día antes del recital, Tomoya visita a Kotomi en la biblioteca del instituto y se come su deliciosa tarta de manzana casera. Poco después, Tomoya se queda dormido y tiene un sueño muy extraño. En el recital, Kyou chantajea a varios estudiantes para que vayan al recital. Al final, Kotomi no mejoró en lo absoluto y el recital era aún más doloroso de escuchar. Cuando Kotomi y sus amigos se van a casa, un desconocido se acerca a Kotomi, quien termina asustándola.

Kotomi devuelve el violín a Rie Nishina y se hace amiga de ella. Kotomi cambia su rutina habitual y comienza a asistir a clases. Debido a la idea de Kyou, ella, Ryou, Kotomi, Nagisa y Tomoya salen juntos como grupo a divertirse en la ciudad. Mientras estaban afuera, Fuko hace un acto de presencia, pero nadie se acordaba de ella. Al día siguiente, Nagisa corre hacia donde Kyou pensando en que Ryou estuvo involucrada en un accidente de autobús, aunque cuando llegan a la escena, se encuentran con que nadie resultó herido, sin embargo, Kotomi sufre una crisis emocional y se derrumba al suelo gritando. Kotomi va a su casa temprano ese día, pero cuando Tomoya, Nagisa y las gemelas Fujibayashi van a verla más tarde, no hay respuesta en su casa.

Tomoya se da cuenta de que él conoció a Kotomi cuando eran niños, aunque sólo lo había recordado. En aquel entonces, Tomoya había visitado a menudo a Kotomi y para ella, él era su único amigo. En aquella época, en el cumpleaños de Kotomi, sus padres se fueron de viaje por razones de negocios y más tarde, ese día, ella descubre que sus padres fallecieron en un accidente aéreo. Finalmente, Kotomi terminó quemando un documento importante de sus padres antes de que nadie pudiera verlo. Mientras Kotomi se encerraba en su casa, Tomoya se acerca y comienza a limpiar el jardín, el cual estaba cubierta de hierba y maleza. Nagisa, Kyou y Ryou ayudan eventualmente con la tarea.

Finalmente, Kotomi sale de la casa para ver que Tomoya trabajó en el jardín durante toda la noche y se había quedado dormido. Cuando regresan del instituto, Tomoya, Nagisa, Kyou y Ryou van a visitar a Kotomi. El hombre misterioso que ella le tenía miedo, creyendo que quería robar el documento importante de sus padres, estaba allí también. Kotomi descubre que él es su tutor legal y que nunca hubo notas escritas en el documento, después de todo. El sobre que Kotomi quemó y se sentía tan culpable, no era nada importante después de todo.

Con el fin de ayudar a Nagisa a reformar el Club de Dramatización, sus amigos ofrecen sus nombres con el fin de obtener suficientes nombres para calificar, pero todavía necesitaban un asesor para el club, lo que los lleva a preguntarle a Toshio Koumura. Sin embargo, éste ya estaba destinado a ser el asesor del Club de Coro, por lo que Nagisa va a hablar con Rie Nishina.

Cuando Mei aparece, ella limpia la sucia habitación de su hermano, pero no puede permanecer en el dormitorio de hombres, así que Nagisa ofrece a tenerla en su casa mientras ella está en la ciudad. Tomoya y Youhei fácilmente consiguen a Kyou para ayudar con el partido de baloncesto. En medio del juego, Tomoya, Youhei y Kyou juegan contra novatos del primer año y se las arreglan para tener once puntos encima, pero luego, el Equipo de Baloncesto que son titulares entran a jugar y logran nivelar los puntos. En el último segundo del partido, Tomoya logra hacer un último lanzamiento y gracias a esto, él con su equipo ganan el partido. Después, Mei vuelve a su ciudad natal.

Después de ver el partido, el Club de Coro decide compartir a Koumura con el Club de Dramatización, pero el Consejo Estudiantil no lo permitía. Nagisa cae enferma en el instituto y no puede ir por unos días. Durante ese tiempo, Tomoyo empieza a despertar a Tomoya y Youhei antes del inicio de clases para que no se tarden en llegar.

Durante el tiempo en que Tomoya quedó suspendido en el instituto, Tomoyo sigue fuera de su casa, despertándolo y haciéndole el desayuno, aunque cuando ella trata de preguntarle acerca de su relación con su padre, él no responde.

El Club de Dramatización es finalmente restablecida y Koumura es compartido con el Club de Coro. Al ver la tensa situación entre Tomoya y su padre, Nagisa ofrece tener a Tomoya en su casa, por el momento. Después de regresar del instituto, Tomoya encuentra a varios niños pequeños en la casa de Nagisa y se entera de que Sanae les está instruyendo en una escuela abandonada. Nagisa le dice a Tomoya que ella siente que hizo algo muy malo a sus padres en el pasado, pero no puede recordar lo que es y sus padres le dicen que ella debe estar imaginando.

Después de escuchar a Nagisa hablar de la historia para la obra que quiere llevar a cabo, Tomoya intenta preguntar a los padres de Nagisa acerca de ello, pero dicen que no conocen ninguna historia como esa. Después de que Akio encuentra a Tomoya y Nagisa en el cobertizo, él les dice que se vaya sin antes llevarse a Tomoya para hablarle lo sucedido en el pasado.

Nagisa y sus amigos continúan practicando para la obra, tales como recitar trabalenguas, la elección de la música que utilizarán durante la obra, iluminación y dirección escénica. El padre de Nagisa alquila un vídeo de una obra y a Nagisa le resulta muy conmovedor, además de que es la primera vez que ve una obra. Tomoya y Akio tratan de encontrar el guión en el cobertizo de la obra de teatro que Nagisa va a realizar, pero no lo encuentran. El Club de Dramatización da una práctica el día anterior al Festival Escolar. La noche antes del festival, Nagisa busca una linterna en el cobertizo, pero tropieza con algunas cajas y descubre los diarios de fotografías del pasado de sus padres.

Después de que Nagisa se entera sobre el pasado secreto de sus padres, ella no puede apartar de su mente el cómo arruinó los sueños de ellos y cae emocionalmente. En el día del Festival Escolar, todo el Club de Dramatización se da cuenta de que Nagisa no es la misma de siempre y tratan de animarla, pero los intentos fueron en vano. Cuando se inicia la actuación, Nagisa rompe a llorar, pero con las palabras de Akio, quien dijo que el sueño de Sanae y de él era que Nagisa haga sus sueños en realidad; finalmente la obra termina siendo un éxito. Al día siguiente, cuando el sol se pone, Tomoya finalmente confiesa su amor a Nagisa en el salón del Club de Dramatización. Esto viene como un pequeño shock para Nagisa, lo que la hace llorar de alegría.