En se rendant au lycée, Tomoya Okazaki croise par hasard Nagisa Furukawa, qui se parle à elle-même avant de gravir la pente qui les sépare de leur établissement. Le jeune homme ne se doute alors pas que ces quelques mots échangés sont sur le point de changer son destin.

Nagisa et Tomoya viennent en aide à Fûko, qui cherche à inviter des élèves au mariage de sa sœur, également ancienne professeure de Nagisa. Le mystère s'épaissit autour de la jeune fille, laissant Tomoya circonspect mais également déterminé à tirer cette affaire au clair.

Sunohara révèle un fait troublant à Tomoya : tout le monde commence à oublier Fûko, même des gens à qui elle a donné sa sculpture d'étoile de mer...

Kotomi a emprunté le violon de la salle de musique, au grand déplaisir du reste du monde qui doit supporter le seul son strident qu'elle réussit à produire. Pour éviter qu'elle sorte trop les violons, Kyô essaie de lui apprendre à faire de l'humour.

Nagisa demande à M. Kômura de lui servir de superviseur, mais il a déjà accepté d'être celui de la chorale. À cette occasion, une fille de la chorale cherchera à la dissuader de recourir à M. Kômura, à l'origine superviseur de la troupe de théâtre, ce qui rend Sunohara furieux.

Le match de basket se précise. Sunohara a cependant besoin d'un joueur en plus de Tomoya, qui ne peut pas vraiment tirer. Par chance, une véritable furie se fera un plaisir d'accepter, pour Nagisa.

Tout le club de théâtre prépare assidûment la pièce qui sera jouée pendant la fête du lycée. Tomoya en apprend plus sur le fameux jour d'hiver où la vie des Furukawa a basculé.

Les vacances d'été commencent. Tomoya et Nagisa ont un peu de mal à gérer leur nouvelle relation. C'est alors que Mei débarque, pour le meilleur et surtout pour le pire !

Le père de Nagisa demande à Tomoya de réunir neuf joueurs de base-ball, lui inclus, pour affronter l'équipe rivale de la ville d'à côté. Ce match sera l'occasion pour Tomoya d'affronter un de ses vieux démons...

Tomoya et Nagisa amènent à manger à Sunohara sur le conseil de Sanae, mais alors qu'ils arrivent à son dortoir, il est en train de se faire violenter par Misae. Comme d'habitude, c'est lui le fautif...

Katsuki a révélé la triste vérité à Misae, qui prend très mal la chose. Leur relation se tend un moment, mais le jeune homme n'abandonne pas l'idée d'exaucer son vœu le plus cher.

La fin de l'année approche, et avec elle la fin du lycée pour Tomoya et Nagisa ! Malheureusement pour eux, Nagisa tombe soudainement malade. Le verdict du médecin est sans appel, elle risque de devoir tripler, un résultat qui ne plaît pas à Tomoya, et le mot est faible...

Tomoya décide de prendre le taureau par les cornes et de demander à Akio la main de sa fille. Cependant, le père de Nagisa ne l'entend pas de cette oreille...