En se rendant au lycée, Tomoya Okazaki croise par hasard Nagisa Furukawa, qui se parle à elle-même avant de gravir la pente qui les sépare de leur établissement. Le jeune homme ne se doute alors pas que ces quelques mots échangés sont sur le point de changer son destin.

Tomoya essaie d'aider Nagisa à remonter le club de théâtre. Pour ce faire, ils commencent par le commencement : préparer une affiche de recrutement pour attirer le chaland.

Nagisa s'est effondrée dans la cour de récréation, malade à force d'attendre Tomoya sous la pluie. Heureusement, ce dernier l'a emmenée suffisamment vite chez elle pour que le pire soit évité. Après un peu de repos, elle pourra revenir au lycée, où Tomoya continue de rencontrer plein de filles plus étranges les unes que les autres.

Le bureau des élèves interdit à Nagisa de recruter de façon conventionnelle. Tomoya suggère de demander conseil à quelqu'un qui connaît bien le règlement de l'école : Ryô Fujibayashi, la déléguée de sa classe.

Nagisa et Tomoya viennent en aide à Fûko, qui cherche à inviter des élèves au mariage de sa sœur, également ancienne professeure de Nagisa. Le mystère s'épaissit autour de la jeune fille, laissant Tomoya circonspect mais également déterminé à tirer cette affaire au clair.

Le jour J approche ! Fûko va distribuer des étoiles à tous les visiteurs de la fête du lycée dans l'espoir de rameuter plus de monde au mariage de sa sœur. En secret, Nagisa et Tomoya lui préparent une surprise...

À la fête, Kôko ne voit pas sa sœur. Choqués devant cette révélation, Tomoya et Nagisa cherchent à en savoir plus et continuent de plancher sur le mariage de Kôko.

Sunohara révèle un fait troublant à Tomoya : tout le monde commence à oublier Fûko, même des gens à qui elle a donné sa sculpture d'étoile de mer...

Tomoya et Nagisa viennent dormir avec Fûko à l'école, alors que tout son entourage sauf eux deux semble l'avoir oubliée.

Tomoya essaie de convaincre Kotomi de rejoindre le club de théâtre, mais pour ça, il va d'abord l'aider à se faire des amis...

Kotomi a emprunté le violon de la salle de musique, au grand déplaisir du reste du monde qui doit supporter le seul son strident qu'elle réussit à produire. Pour éviter qu'elle sorte trop les violons, Kyô essaie de lui apprendre à faire de l'humour.

Après un récital de violon mitigé mais qui s'est fini sur une bonne note, Kotomi se fait de nouveaux amis. Malheureusement, son tragique passé va refaire surface.

Tomoya, choqué, a retrouvé la mémoire. Parviendra-t-il à aider Kotomi à surmonter le choc de son enfance ?

Pour l'anniversaire de Kotomi, Tomoya essaie de retaper son jardin comme il l'était dans leur enfance. Comment la jeune fille réagira-t-elle à tous ses efforts ?

Nagisa demande à M. Kômura de lui servir de superviseur, mais il a déjà accepté d'être celui de la chorale. À cette occasion, une fille de la chorale cherchera à la dissuader de recourir à M. Kômura, à l'origine superviseur de la troupe de théâtre, ce qui rend Sunohara furieux.

Le match de basket se précise. Sunohara a cependant besoin d'un joueur en plus de Tomoya, qui ne peut pas vraiment tirer. Par chance, une véritable furie se fera un plaisir d'accepter, pour Nagisa.

Nagisa est malade ! Commence alors un quotidien sans elle, ce qui ne laissera pas Tomoya indifférent.

Tomoyo doit absolument gagner les élections pour la présidence du BDE, mais elle part avec un handicap de notoriété. Pour remonter la pente, elle va s'adonner à quelques défis devant tout le lycée.

Constatant les relations dégradées entre Tomoya et son père, Nagisa lui propose de venir habiter chez lui. Un tout nouveau quotidien s'offre à Tomoya, mais il n'ira pas sans son lot d'incertitudes.

Nagisa a l'impression de devoir s'excuser auprès de ses parents, mais elle ne sait pas pourquoi. Tomoya essaiera de tirer les vers du nez d'Akio et Sanae, avec des résultats en demi-teinte.

Tout le club de théâtre prépare assidûment la pièce qui sera jouée pendant la fête du lycée. Tomoya en apprend plus sur le fameux jour d'hiver où la vie des Furukawa a basculé.

Nagisa a découvert la vérité. Sous le choc, elle n'est plus capable de jouer et se sent coupable des choix de ses parents. Tomoya essaie de lui remonter le moral, mais rien n'y fait, et la pièce va commencer...

Dans une autre ligne temporelle, Tomoya a choisi Tomoyo en lieu et place de Nagisa. Quelles joies et épreuves attendent le jeune couple ?

Le père de Nagisa demande à Tomoya de réunir neuf joueurs de base-ball, lui inclus, pour affronter l'équipe rivale de la ville d'à côté. Ce match sera l'occasion pour Tomoya d'affronter un de ses vieux démons...

Mei s'inquiète pour son frère. Tomoya a alors l'idée tout sauf lumineuse de lui chercher une copine fictive pour rassurer sa sœur. Il est éconduit par plusieurs filles, jusqu'à ce qu'une bonne âme lui propose son appui...

Tomoya et Nagisa amènent à manger à Sunohara sur le conseil de Sanae, mais alors qu'ils arrivent à son dortoir, il est en train de se faire violenter par Misae. Comme d'habitude, c'est lui le fautif...

Tomoya, Nagisa et Sunohara prennent le thé dans la salle de Miyazawa. C'est alors que débarque Sudô, un voyou blessé semblant connaître cette dernière.

La situation s'envenime quand le gang rival des amis de Miyazawa croit que Sunohara est son frère Kazuto, leur némésis. Miyazawa et Tomoya vont négocier avec Sasaki, qui leur propose de régler leur différend par un duel à mains nues entre Kazuto et lui.

La fin de l'année approche, et avec elle la fin du lycée pour Tomoya et Nagisa ! Malheureusement pour eux, Nagisa tombe soudainement malade. Le verdict du médecin est sans appel, elle risque de devoir tripler, un résultat qui ne plaît pas à Tomoya, et le mot est faible...

Tomoya décide de prendre le taureau par les cornes et de demander à Akio la main de sa fille. Cependant, le père de Nagisa ne l'entend pas de cette oreille...

Tomoya raconte à Ushio tous les événements qui ont précédé sa naissance, de sa rencontre avec sa maman à ses premiers pas dans le monde adulte.