小鹿を狩ったことに激怒するナディアはジャンとケンカ、ほかの船員たちもみんな仕事が忙しく、かまってもらえないマリーはキングと島の探検に出かける。途中、古い線路を見つけ遊ぶマリーたちだが、そのうち迷子になる。そして偶然、島に停泊しているガーフィッシュを目撃してしまう。

地下にある遺跡で突然壁に吸い込まれたナディアは、島の中の大空洞に浮かんでいた。そこは衛星都市レッドノア――。そしてナディアの前にM78星雲の宇宙人に作られたものだという謎の巨人が現れ、240万年前にM78星雲から地球にやってきたアトランティス人の歴史を語り始める。ナディアはまたそこで、自らの出生とブルーウォーターにまつわる秘密を知る。一方ジャンは、ナディアを助けようとするのだが・・・