À l'exposition universelle de 1889, Jean, un adolescent surdoué, participe avec son oncle au concours de planeurs sur la Seine. Il rencontre Nadia, qui est poursuivie par l'extravagante Gladys et ses deux hommes de mains qui veulent s'emparer de la pierre bleue que porte la jeune fille.

Alors que la pluie tombe, Jean et Nadia se battent pour essayer de rejeter l'eau en dehors du cockpit de l'avion. Nadia remarque soudain une forme qui s'approche d'eux. C'est un navire de combat. Ils sont sauvés. Jean est tout sourire. Un homme d'équipage fait faire un tour du propriétaire à nos deux amis, mais Nadia ne semble pas partager l'enthousiasme de Jean pour tout ce matériel de guerre.

Le capitaine Nemo a assisté à la réussite de la tour de Babel d'Argon. Ce dernier veut anéantir complètement le capitaine Nemo et son équipage. Nadia est encore sous le choc de cette incroyable énergie. Les soldats se rendent compte de la disparition des trois prisonniers.

Caius en a marre de manger du poisson à tous les repas. Le capitaine Nemo organise une journée à terre. Jean et Nadia découvrent tout l'équipage qui se compose d'hommes de tous pays.

Nadia ne peut supporter l'idée que la pierre bleue puisse causer autant de morts. Elle souhaite s'en débarrasser. Le Nautilus perd trois membres lors de la bataille.

Jean a décidé de construire un planeur équipé d'un lance-missile pour protéger le Nautilus de ses nombreux ennemis. Malheureusement, lors du premier test, il perd le contrôle de son engin...

Attaqué par la flotte d'Argon, le Nautilus doit se réfugier dans la faille de Kermadek. Après une courte bataille, le capitaine Nemo détruit les attaquants mais le Nautilus est gravement touché.