Agora é 1958 e Russell Keys deixou sua família há muito tempo. Durante uma de suas abduções, ele vê que seu filho, agora adolescente, Jesse também foi sequestrado. Keys tem tentado encontrar um padrão para seus sequestros na esperança de evitá-los. Então ele retorna para sua casa em Illinois e convence seu filho a fugir com ele. Sua ex-esposa, que agora é casada com um oficial da polícia, fica nervosa quando Russell retorna, mas Jesse não age de tal forma. Owen Crawford é agora um tenente-coronel e encarregado do programa resultante do acidente de Roswell. Muito pouco tem sido realizado nos últimos 10 anos. No Texas, Jacob, filho de Sally Clarke, agora tem 10 anos e claramente tem poderes especiais. Seu meio-irmão e irmã querem mandá-lo para um internato para protegê-lo, mas Sally é completamente contra a idéia. Ela reconsidera após ter recebido uma visita inesperada de Crawford, que tenta enganá-la.

Jesse Keys procura seu pai Russell e juntos decidem relatar suas abduções para a Força Aérea. Os testes médicos revelam que cada um tem um implante cerebral idêntico. Eventualmente eles são direcionados para o coronel Crawford, mas a tentativa de remover o implante do cérebro de Russell não vai como planejada. Em casa, Crawford tem de lidar com o comportamento cada vez mais errático de sua esposa. Os homens de Crawford descobrem que Jacob Clarke ainda está vivo em Montana e tentam levá-lo, mas eles subestimam seus poderes.