「食料」としての人類を確保する一方で、協力的な面を見せる“ビジター”はLAメディカル・センターに世界中の名士を集めて癌のワクチンを地球人に与えると発表。その時、センターに侵入していたレジスタンスが“ビジター”の指揮官・ジョンの顔の皮膚を剥ぎ、世界中にビジターの正体を明らかにした。だが“ビジター”はマイクの母で協力者のエレノアをアナウンサーに起用して映像を編集、何事もなかったかのように放映する。そしてレジスタンスは“ビジター”の正体を明らかにした見返りに、リーダーのジュリーを奪われてしまう。

ビジターに囚われたマイクは、マーティンとともにUFOから脱出する。一方、“ビジター”ブライアンの子供を身ごもったロビンが遂に出産。生まれてきたのは「スプリット・タング（先の割れた舌）を持つ人間」と「ほとんど爬虫類」という双子だった。複雑な心境のレジスタンスのメンバーが見守る中、「ほとんど爬虫類」の子供が“ビジター”と地球人の混血によるバクテリアが原因で死亡してしまう。これにより“ビジター”がこのバクテリアに弱いことが判明。早速、レジスタンスはバクテリアを培養して、“ビジター”を全滅させる計画を立てる。しかし、マーティンからの情報で母船には核が搭載されていることが判明する。核戦争の危機をはらみながらレジスタンスの作戦は実行に移される。