En l'an 2009, un groupe d'enfants génétiquement modifiés s'échappent d'une installation militaire des montagnes du Wyoming. Malgré les efforts du colonel Lydecker et de ses hommes, Maxine, alias Max, ainsi que plusieurs autres enfants réussissent à franchir le périmètre de sécurité et à gagner leur liberté. Dix ans plus tard, les Etats-Unis se retrouvent en pleine dépression économique après « l'impulsion », une onde électromagnétique qui a endommagé les systèmes informatiques...

Max est arrêtée, la nuit, par des officiers de la police corrompus qui lui confisquent sa moto et exigent, pour la lui restituer, une somme astronomique. Original Cindy lui suggère de consulter les petites annonces pour acheter une nouvelle moto. Max a la surprise de trouver dans le journal le numéro du code-barres imprimé sur sa nuque, assorti d'un rendez-vous...

Lydecker a recours à une ruse diabolique pour retrouver Max : il fait imprimer des affiches la représentant comme une meurtrière et sa tête est mise à prix. Dénoncée par deux adolescents, la jeune femme doit s'enfuir et se cacher, mais Zack et Logan viennent à son secours...

Dans la salle d'interrogatoire, un médecin met en garde Lydecker : il est trop tôt pour donner à Zack une autre dose de drogue psycho-active. Mais Lydecker reste sourd à ces avertissements. Sous l'effet de la drogue, Zack commence à avoir des hallucinations. Il voit Max maîtriser le garde et pénétrer dans sa cellule...

Logan, dont les fonctions motrices commencent à se détériorer, va voir Adriana Vertes. Cette brillante femme médecin lui a prescrit un traitement protégeant ses cellules nerveuses régénérées. En enquêtant sur elle, Max découvre qu'elle faisait partie de l'équipe médicale de Manticore. Elle la sauve d'un attentat...

Un ami de Logan lui apprend qu'un cadavre, sur lequel est tatoué un code-barres, vient d'être déposé à la morgue. Max se rend sur les lieux et reconnaît le tatouage identifiant un X5, Ben, qui s'était évadé en même temps qu'elle. Or le corps de l'institut médico-légal n'est pas celui de Ben. Mais Max est obligée de se cacher quand surgit Lydecker, qu récupère la dépouille. Elle voit ensuite des hommes apporter un autre corps, avec la même marque sur la peau...

Max retrouve sa soeur Tinga et apprend qu'elle a un fils. Mais celui-ci, qui possède des pouvoirs spéciaux, est malheureusement atteint d'un virus mortel. Tinga décide de se rendre à Manticore pour y dénicher un remède malgré les nombreux dangers qui la guettent là-bas...

Logan prie Max de lui procurer un microprocesseur. Il ne lui dit pas qu'il lui servira à réparer l'exosquelette sur lequel il travaille sans relâche. La jeune femme, qui n'arrive pas à calmer ses instincts « félins », sollicite l'aide de son amie Cindy. Pour fêter l'anniversaire de leur première rencontre, Logan invite Max à dîner et lui réserve une surprise. Pendant ce temps, Lydecker acquiert une technologie qui devrait lui permettre de capturer Max...

Alec accompagne Max à une livraison et est choqué à l'idée que leur destination n'est autre qu'un château qu'il a connu auparavant. Il puise dans ses souvenirs pour se remémorer un maximum d'éléments : il se rappelle arriver dans cette demeure, y apprendre comment jouer du piano à une fille, embrasser cette dernière avant qu'une explosion ne survienne. Max le questionne sur son étrange réaction, mais il l'ignore, dépose le paquet au pas de la porte sans signature et s'enfuit brutalement...