Zack viene catturato da Lydecker e torturato per avere informazioni sugli altri X5. Grazie ad un aiuto inaspettato, riesce a scappare e a mettersi in contatto con Max, senza sapere che in realtà la sua fuga è stata orchestrata a arte per seguire le sue mosse.

Logan e Max hanno a che fare con una sorta di giustiziere, un crociato della giustizia un po' sbroccato che sembra essere responsabile di una serie di esecuzioni. Una volta conosciuto il misterioso 'supereroe', Phil, si rendono conto che in realtà non è l'autore degli omicidi e che il vero artefice è lo zio di Logan, un uomo ricco e potente.

Dopo mesi di prigionia e tortura a Manticore, Max finge di essere stata piegata, solo per mettere in pratica il suo piano di fuga. Zack non è morto, ma tenuto in vita artificialmente per effettuare degli esperimenti su di lui. Grazie all'aiuto di Joshua, un incrocio tra uomo e cane, Max riesce a fuggire ma in realtà è solo un piano di Madame X per eliminare il nemico numero uno di Manticore: Solo Occhi.

Max e Logan devono mettere da parte i loro problemi d'amore per indagare su una possibile arma biologica messa a punto per uccidere tutti i transgenici.

Logan si sta occupando di un caso di rapimento che coinvolge un bambino e scopre che il padre della vittima è nientemeno che Ames White, ma la moglie ha agito alle sue spalle contattando Solo Occhi. Max è restia ad aiutare White, ma Logan riesce a farle capire che il bambino non ha niente a che fare col padre. Nel frattempo Joshua scopre un prorompente amore per la pittura che Alec mette subito a buon frutto. Purtroppo le ricerche di Max sul virus finiscono nell'opera n° 2 di Joshua.

Un incidente tra Max e Logan rischia di uccidere quest'ultimo. Max chiede ad Alec di donare il suo sangue per l'uomo che ama, ma purtroppo Alec viene arrestato mentre si trova sulla strada per l'ospedale. Accusato di un omicidio irrisolto, viene riconosciuto in un confronto visivo da un testimone, ma in realtà il vero assassino è Ben, il clone ucciso da Max l'anno precedente. Joshua fa la conoscenza di una vicina di casa non vedente e la invita a cena a casa sua. Max decide che la sua relazione con Logan è troppo pericolosa per lui e gli dice addio per sempre.