病院内で起こる患者同士のトラブル対処やクレーム対応、落とし物管理などを担う民間組織『院内交番』。その名の通り“病院内の交番”として、院内の秩序を守るために設置されるこの組織には、一般的に警察OBが定年退職後に従事することが多い。

元警視庁捜査一課の刑事・武良井治（桐谷健太）は、阿栖暮総合病院内に設置された院内交番に所属。日々、患者同士のトラブル解決や遺失物の捜索などに従事していた。院内交番には武良井と室長の横堀仁一（市村正親）が所属していたが、ある日そこに交番事務員として川本響子（長濱ねる）がやってくる。有名病院の医療事務としてやりがいのある仕事が出来る、と張り切ってきた川本は、院内で「軽薄で、空気の読めない、給料泥棒」を意味する“3K交番”とやゆされている場所に配属され、ショックを受ける。

そんな中、阿栖暮総合病院が誇る若き天才外科医・榊原俊介（瀬戸康史）がドイツから帰国。榊原は、帰国直後にも関わらず難易度の高いオペを執刀し、素早く正確な技術を披露して周りの医師をうならせていた。

川本とともに院内のパトロールに出かけた武良井は、山際修平（渡辺光）という男が入院中の妻の検査の件で医師ともめている姿を目撃する。目的がわからない検査が続いていることに納得出来ないらしい。応対していた内科医は、高名な榊原が手術をするから安心してほしい、と山際を説得する

阿栖暮総合病院内に設置された院内交番に所属する院内刑事・武良井治（桐谷健太）は、交番事務員の川本響子（長濱ねる）と院内をパトロール中、とある病室の入り口に盛り塩があることに気づく。病室の中をのぞくと、入院患者の清宮松雄（でんでん）が他の患者たちに囲まれていた。昨夜、トイレに行った清宮は、そこで長い髪の女性の幽霊に遭遇したのだという。「トイレに行けなくなるから何とかしてほしい」と頼まれ、困惑する武良井たち。

同じころ、外科の術前カンファレンスが行われている会議室では、外科医の上條萌子（玄理）が、外科部長の倉田雄二（神尾佑）に食ってかかっていた。萌子は、悪性心膜中皮腫というごく希な症例の患者の手術を担当することになっていたが、前日になって執刀医を降ろされたのだ。萌子の代わりに執刀するのは、榊原俊介（瀬戸康史）だった。「毎回、榊原先生に難しいオペを奪われていたらこの病院の外科医は育たない」と主張する萌子。すると榊原は、昨夜患者本人から執刀を依頼された、と萌子に告げ……。

そんな折、阿栖暮総合病院に“荒くれガンキチ”の異名を持つ国会議員の岩井幸吉（ベンガル）が体調不良のため入院する。岩井は、あるNPO団体への暴言で批判を浴びて炎上中であることから、追求を逃れるための入院らしい。倉田は、特別室に入院した岩井の警護を武良井に命じると、主治医には萌子を指名し……。

武良井治（桐谷健太）が所属する阿栖暮総合病院の院内交番に、整形外科の看護師・白石日向（工藤美桜）が駆け込んでくる。飯塚恵子という入院患者がいなくなったのだという。外科医の伊藤智（西村元貴）から医材の在庫チェックを頼まれていた交番事務員の川本響子（長濱ねる）は、室長の横堀仁一（市村正親）にそれを押しつけると、武良井とともに整形外科へと向かう。

そのころ、榊原俊介（瀬戸康史）は、外科部長の倉田雄二（神尾佑）から『薬王ホールディングス』社長の手術を命じられる。患者は院長と大学時代の同期で、翌月に予定されている娘の結婚式までに元気になってバージンロードを一緒に歩きたいと願っているのだという。

ほどなく飯塚は見つかった。だが、日向は病棟を離れたことを先輩看護師の神谷玲子（西山繭子）から厳しく注意されてしまう。日向が業務に戻ろうとすると、ポケットからメモ紙が落ちた。拾い上げた武良井からそれを奪うように取ると、急に呼吸が荒くなってその場に座り込んでしまう日向。武良井たちは心配するが、日向は大丈夫だと告げて業務に戻る。

そんな折、院内交番に麻酔科医の白石葵（馬場ふみか）が訪ねてくる。日向の姉でもある葵は、3ヵ月ほど前から仕事のことを話さなくなり、最近は家にも帰ってこない妹が整形外科で何か嫌な思いをしているのではないか、と心配していた……。

武良井治（桐谷健太）は、看護師の白石日向（工藤美桜）から、半年前に阿栖暮総合病院を辞めた循環器内科の専攻医・前川大樹（近藤頌利）の話を聞く。前川は5年前に臨床研修医として阿栖暮総合病院にやってきた、明るくて勉強熱心な医師だった。

実は前川は、この病院で亡くなったコメンテーター・乾井卓の死に関わっていた。乾井は大腿骨頭置換術を受けたが、術後に胸の苦しみを訴えたという。担当の整形外科医・久保田雅人（荒川浩平）は原因を探るために前川に相談した。前川は、急性心筋梗塞を疑うと同時に、術後であることから肺塞栓でないことを確認しておいた方が良い、とアドバイスする。日向は、前川からの指示で、乾井の家族に緊急カテーテル検査が必要になること、その後カテーテル治療や手術になる可能性が高いことを伝えたという。だが、容体が急変した乾井は、榊原俊介（瀬戸康史）の執刀で手術を受けたものの、術後すぐに死亡していた。

日向は、武良井に乾井のカルテを見せ、冠動脈造形の結果も手術記録も残っていないのはおかしい、と指摘する。乾井が亡くなった直後に前川が退職届を出したことも気になるという。

乾井の死は医療ミスが原因で、それを病院ぐるみで隠蔽したのか――？川本響子（長濱ねる）は、病院に疑いの目を向ける武良井に、病院の不正を暴こうとするのは院内交番の仕事ではない、と言って反対するが……。

阿栖暮総合病院の院内刑事・武良井治（桐谷健太）は、医療安全管理委員会に乗り込み、半年前にこの病院で亡くなったコメンテーター・乾井卓（中山克己）に関して、医療ミスがあったのではないかと問いかけた。武良井は、乾井の死と同時に辞表を提出して病院を辞めた循環器内科の専攻医・前川大樹（近藤頌利）を呼び寄せた。

そこで前川は、乾井の死因は肺塞栓だったが、乾井の妻・君子（酒井麻吏）には心筋梗塞だったと説明するよう、指導医である上司の高木学（山崎樹範）から命じられたと証言する。そうした発言を受け、乾井の執刀をした榊原俊介（瀬戸康史）は、何があったのかすべて話す、と武良井たちに告げる。

あの日、前川は、乾井が大腿骨頭置換術を受けた後に胸の苦しみを訴えたことを受け、インフォームドコンセントを行い、君子に心筋梗塞の可能性が強く、カテーテル検査が必要であること、しかし致死的な不整脈や脳梗塞などの合併症の可能性があることを説明した。その後、バイタルは落ち着いたものの、肺塞栓の可能性を疑う前川。 しかし高木は、Dダイマーが陰性であることから肺塞栓はないと言って様子を見るよう指示する。そこで前川は、榊原に事情を伝えて所見を求めた。すると榊原は「実際に患者に触れ、真摯に診た前川先生の見解が最も信頼に足る」と返す。そんな最中、乾井が再び苦しみ始めた。前川は、高木の指示を無視して検査を始めようとしたが……。

武良井治（桐谷健太）たちがいる阿栖暮総合病院の院内交番に、手術を終えたばかりの上條萌子（玄理）と白石葵（馬場ふみか）がやってくる。萌子たちは榊原俊介（瀬戸康史）が執刀したオペに加わっていたが、トラブルが起きても動じたようすも見せずに的確に対処していく榊原の技術を目の当たりにしていた。ふたりの話を聞きながら、「武良井くんは、恋人の死に榊原先生が関係していると睨んでいる」という横堀仁一（市村正親）の言葉を思い出す川本響子（長濱ねる）。

その夜、武良井は、横堀とともにサウナ施設で警視庁捜査一課長の城川尚（テット・ワダ）と会う。そこで武良井は、恋人だった夏目美咲（入山法子）の死に関して、これまでにわかったことを報告する。胃がんのステージⅣだった美咲は、抗がん剤の新薬の治験に望みを託していた。だが、治験に参加した2ヵ月後、突如原因不明の間質性肺炎を発症し亡くなっていた。

阿栖暮総合病院で現在この治験に参加している患者は80人おり、そのうち5人に間質性肺炎の所見が出ていたという。そして美咲の他に60代の男性が間質性肺炎で亡くなっていた。武良井は、そうした状況下でも治験が継続されていることを問題視し、副作用によるものと疑われる症例が発生しても、製薬会社や病院側が国や治験審査委員会へ報告を挙げなければ闇に葬ることも不可能ではない、と城川に告げる。その新薬の治験責任医師は、榊原だった。

阿栖暮総合病院院内交番の武良井治（桐谷健太）は、室長の横堀仁一（市村正親）、警視庁捜査一課の城川尚（テット・ワダ）と居酒屋に来ていた。武良井は、恋人だった夏目美咲（入山法子）の死に関して、ある疑惑をずっと探っていた。ステージⅣの胃がんだった美咲は、抗がん剤の新薬の治験に参加した2ヵ月後、突如原因不明の間質性肺炎を発症し亡くなったのだ。その新薬の治験責任医師は榊原俊介（瀬戸康史）だった。城川によれば、製薬会社側も治験患者が間質性肺炎で相次いで亡くなっていることを把握しており、内部調査を始めたらしい。武良井は、美咲が残した日記を読み直していて気付いたことがある、と切り出し、亡くなった患者たちは、肺炎の症状が出たことを黙っていたのかもしれない、と城川に告げ……。

病院内で倒れた14歳の少女・今井結依（梨里花）は、入院することになった。結依は、HLHS（左心低形成症候群）という先天的な疾患があった。武良井は、結依に頼まれて彼女を病院の屋上に連れて行く。阿栖暮総合病院に来たのも、結依の母親が榊原を頼ってのことだという。ふたりの会話を偶然聞いてしまった榊原は、妹の希（共田すず）のことを思い出す。

そんなある日、退院が決まったという清宮松雄（でんでん）が、「依頼したいことがある」と院内交番を訪ねてくる。清宮の依頼は、10年以上前に出て行った元妻を探して欲しいというものだった。さすがに院内交番の仕事ではない、と渋る川本響子（長濱ねる）に対し、「やるよ」と即決する武良井。武良井と川本は病院のデータベースを手掛かりに、清宮の別れた妻・遠藤康恵（山本道子）のもとを訪れるのだが……。

武良井治（桐谷健太）は、勤務中に当直室で不倫行為をしていた男性医師に証拠写真を突きつけていた。その医師が阿栖暮総合病院と製薬会社の取次役だという情報を得ていた武良井は、兼ねてから捜査していた治験に関する情報と不倫の証拠写真破棄を交換条件として出す。

一方、榊原は他界した妹と同じHLHS＜左心低形成症候群＞に苦しんでいる少女・今井結依（梨里花）を励まそうと病室の外へ連れ出す。結依は親しかった入院患者・清宮松雄（でんでん）の死にショックを受け、すっかりふさぎ込んでいた。そんな結依に、榊原は不器用ながら元気づけるための言葉をかける。

そんな折、院内交番に救急搬送されていた患者が行方不明になったとの連絡が入る。曽根崎茉莉（美山加恋）という名前と特徴を聞いた川本響子（長濱ねる）は、「高校の同級生かも」と武良井とともに捜索を始める。病院近くの通りで倒れている茉莉を発見するが、川本が知る茉莉とは正反対の痩せ細った体型をしていた。

茉莉を診察した総合内科医の田尻賢太郎（忍成修吾）から診断結果の提供を断られた川本は、院内交番に与えられたアクセス権を利用して茉莉のカルテを検索。すると、処方されていない食欲抑制剤や睡眠薬を大量摂取していたことが明らかになった。

同じころ、院内交番室長の横堀仁一（市村正親）は、田尻が生活保護者に睡眠薬ばかり処方していることが気になり、武良井に相談を持ちかける。それを知った川本は、この一件は自分が調べると言い出し……。

武良井治（桐谷健太）は、治験中に亡くなった恋人・夏目美咲（入山法子）に関して新たな情報を得る。美咲が服用していたのは治験薬ではなくプラセボ＜偽薬＞だったというもので、「俺が調べてきたことは全部無駄だったのか？」とショックを受ける。

川本響子（長濱ねる）が昼食を購入して院内交番に戻ると、尼子唯織（さとうほなみ）や上條萌子（玄理）、白石葵（馬場ふみか）らがくつろいでいた。そこで川本は、阿栖暮総合病院で行われている治験には500億円もの開発費用が投入されていると聞かされる。しかしその治験薬によって、症状の進んでいる患者でも手術可能になるまで回復したという症例がいくつも出ているのだという。

一方、榊原俊介（瀬戸康史）は、院長の武藤則光（山田明郷）から、HLHS＜左心低形成症候群＞で入院中している今井結依（梨里花）の手術を中止するよう命じられる。だが榊原は必ず成功させると反発し、外科医たちを集める。しかし、院長が反対しているオペとあって、どの医師も榊原のサポート役を拒否。そんな中でも萌子が自ら助手に名乗りを上げた。

武良井は、自らが調査を続けることで治験の邪魔になるかもしれないと考えていた。そんな武良井に、川本は美咲が飲んでいたのがプラセボだったとしても、治験薬で副作用が出た患者のことをきちんと調査するべきだと主張する……。

武良井治（桐谷健太）は、新しい抗ガン剤の治験中に間質性肺炎で亡くなった3人目の患者が宮内香織（川原琴響）という24歳の女性だったことを突き止める。しかも彼女のカルテには死因を改ざんされた跡があり、記録されていた更新者の名前は榊原俊介（瀬戸康史）だった。

武良井は、改ざんされたカルテを榊原に突きつけて問い詰める、と息巻く。室長の横堀仁一（市村正親）は、そんな武良井に、無茶をしないよう忠告する。一方、川本響子（長濱ねる）は、香織の担当医だった安原誠（中村靖日）が何故カルテの改ざんに気付かなかったのかとの疑問を抱く。だが、実は安原は3ヵ月前から休職しており、閉塞性肥大型心筋症で阿栖暮総合病院に入院していた。しかも、現在は会話もできないほど病状が悪化しており、緊急手術になるという。執刀医は榊原だった。

そんな折、院内交番に上條萌子（玄理）と白石葵（馬場ふみか）が慌てたようすで駆け込んでくる。安原の手術を控えていた榊原が突然姿を消したというのだ。武良井は、川本とともに榊原の行方を追うが……。

武良井治（桐谷健太）は、榊原俊介（瀬戸康史）から夏目美咲（入山法子）の死は自殺だったと告げられる。病院の外階段からの転落が直接の原因で、榊原が緊急オペを行ったものの、運ばれてきたときにはすでに手遅れだったという。しかし武良井は「美咲が自殺なんかするわけない」と、榊原の言葉を信じない。病院側が美咲の死の事実を隠蔽したのは、治験の副作用と転落死によって病院の管理体制を問われ、新薬の治験にも影響を及ぼすという理由からだった。

榊原から告げられた真相を受け入れられない武良井は、院内の監視カメラの映像を調べ直す。映像には廊下で胸を押えて苦しそうにしている美咲が、監視カメラの死角になる方向へと歩いて行く姿が映っていた。カメラに映っていた場所に立ってみた武良井は、美咲が向かった先に外階段へつながるドアがあったことを知る。

そんなある日、切り裂かれた榊原の白衣がゴミ箱から見つかる事件が起こる。現場には口紅の痕が残されていて……。