Un étrange client se faisant appelé Capitaine arrive à l'auberge "L'Amiral Benbow" tenu par le jeune Jim Hawkins et sa mère. Alors que la clientèle est surtout composée de villageois qui viennent se distraire en buvant un verre, le Capitaine qui ne cesse de boire et d'injurier les gens qui ne chantent pas avec lui, ternit la réputation du lieu. Mais qui est donc cet homme au passé bien mystérieux? Pourquoi semble t-il si nerveux? Et surtout, que veut-il?

Jim a bien du mal à trouver un sommeil paisible depuis que le Capitaine lui a demandé une faveur. Au matin alors que ce dernier réclame du rhum pour déjeuner, il paye Jim afin que le garçon surveille les environs et le prévienne si l'unijambiste rôde. Mais n'est-il pas déjà trop tard? N'est-ce pas un unijambiste qui rôdait autour de l'auberge durant la nuit précédente? Et qui est l'homme nommé Chien-Noir qui veut à tout prix entrer dans la chambre du Capitaine?

Sous la menace, Jim amène à l'auberge un homme aveugle. Ce mystérieux personnage qui se nomme Pew est, en fait, mandaté par son chef afin de remettre au Capitaine « la tâche noire », sorte de mise à mort pour les pirates. L'accumulation des événements ajoutée à la quantité phénoménale de rhum ingurgité par le Capitaine, fait que ce dernier succombe avant l’arrivée de ses égaux. Mais avant de mourir, il confie à Jim la responsabilité d’un papier caché dans son coffre…

Les pirates découvrent que le Capitaine est mort. Après avoir fouillé son coffre, ils comprennent que quelqu'un les a devancés en prenant la carte. Prêts à tout pour la récupérer, ils mettent à sac l'auberge. Alors qu'ils touchent au but, deux sifflements retentissent dans la nuit. Ecoutant ce signal de repli, les pirates disparaissent en quelques secondes. Profitant de l'arrivée de soldats, Jim décide d'aller montrer sa trouvaille au Dr Livesey et à Mr Trelawney…

Après une nuit de sommeil, Jim essaye de convaincre le Dr Livesey et Mr Trelawney de l'emmener avec eux à la recherche de l'Ile au trésor. Le Dr Livesey lui confie qu'il ne s'opposera pas à sa venue mais lui demande s'il est sûr de vouloir laisser sa mère seule. Jim regagne alors l'auberge où il aide à tout remettre en ordre. Pendant ce temps, Mr Trelawney prend la route de Bristol pour trouver un bateau et un équipage…

L'expédition se prépare et Jim, encouragé par sa mère, rejoint Mr Trelawney et le Dr Livesey à Bristol où un magnifique trois mâts, l'Hispaniola, s'apprête à appareiller. Mais avant de partir, Jim doit se rendre en ville pour transmettre un message au propriétaire de la taverne "La Longue Vue". L'épreuve n'est pas aisée car cet homme, un unijambiste, éveille la méfiance de Jim qui ne peut s'empêcher de penser aux mises en garde de Billy Bones…

Malgré son jeune âge, Jim essaye tant bien que mal de s'intégrer au reste de l'équipage. Il est de plus en plus charmé par la compagnie de Silver. Lorsque celui-ci prépare une soupe spéciale contre le mal de mer pour le Dr Livesey et Mr Trelawney, il est abasourdi du résultat. D'autant plus lorsque Silver lui révèle qu'il s'agissait d'une soupe banale. Mais avec la chaleur et le brouillard qui maintiennent le bateau à l'arrêt, la tension ne tarde pas à monter…

Rétrogradé au rang de simple matelot par le capitaine Smollett qui l'a surpris entrain de se saoûler, le vice capitaine Arrow admet mal cette sanction et sous l'emprise de l'alcool, se mutine. Afin de calmer la situation, Mr Trelawney décide de jouer les médiateurs et prend note de ses revendications. Escaladant le bateau par l'extérieur, Silver surprend tout le monde en intervenant et en évitant que la situation ne dégénère. Mais Arrow en restera-t-il là?

Après plus d'un mois de pleine mer, l'Hispaniola accoste dans un port des Indes. C'est l'occasion pour l'équipage de procéder à un ravitaillement d'eau et de nourriture et de réparer les avaries subies. Parti à terre avec Silver, Jim s'émerveille de découvrir une nouvelle culture mais il découvre aussi avec effroi l'esclavage. Suite à une averse locale, il se retrouve séparé du groupe et est fait prisonnier par des esclavagistes. Heureusement, Silver veille…

L'Hispaniola a dépassé l'équateur et le capitaine Smollett annonce que l'Ile au trésor sera en vue d'ici trois jours. Jim court annoncer la bonne nouvelle à Silver mais celui-ci lui dit qu'il s'en doutait déjà du fait que de nombreuses mouettes survolent le navire depuis 48h. La nuit venue, le jeune garçon de cabine est réveillé par Moustique qui a surpris une réunion des matelots et qui suspecte une mutinerie…

Avec l'arrivée de l'Hispaniola à proximité de l'Ile au trésor, Mr Trelawney, en tant que propriétaire du bateau, autorise l'ouverture d'un tonneau de rhum. Mais la fête n'est pas dans l'esprit de tous et Jim finit par aller voir Mr Trelawney, le Dr Livesey et le capitaine Smollett pour leur révéler les secrets de la mutinerie qui se prépare. Ensemble, ils décident de réunir un maximum de personnes pour réduire et contrer au mieux la rébellion…

Arrivé sur l'Ile, Jim décide de surveiller Silver et les pirates en prenant le large. Mais il se fait repérer et en échappant à ses poursuivants, il est confronté à Ben Gunn, un ex-pirate qui a trouvé refuge sur l'île dix ans plus tôt après avoir été jeté à la mer par le capitaine Flint. Pendant ce temps là, sur l'Hispaniola, la révolte gronde mais le capitaine Smollett n'a pas dit son dernier mot et le ralliement de Gray contre les pirates en surprend plus d'un…

Ayant échappé aux tirs de canon de Hands, le groupe de Mr Trelawney débarque sur l'île et parvient à atteindre le vieux fort situé au sud est de l'Ile. Tout en se surveillant mutuellement, les deux camps s'organisent. Tandis que Silver revêt un habit de capitaine et fait hisser le pavillon noir des pirates à bord de l'Hispaniola, au fort, on s'active à ranger les provisions et à hisser le drapeau britannique. Mais tous gardent le même objectif: celui de mettre la main sur le fameux trésor...

Devant le retranchement de ses ennemis et la malaria qui affaiblit ses hommes, Silver aborde le fort avec un drapeau blanc. Tandis qu'il s'installe et demande à Moustique de lui servir son petit-déjeuner, il annonce qu'il ne capitulera pas et signale qu'il y a une surprise derrière le fort. Mr Trelawney et ses hommes découvrent que les pirates sont parvenus à hisser un canon sur la falaise qui surplombe le fort et que celui-ci est prêt à faire feu…

Suite à la blessure du capitaine Smollett, Jim court chercher de l'eau au puits afin que le Dr Livesey puisse prodiguer des soins. Mais il découvre que les pirates ont contaminé l'eau en jetant dans le puit de la pourriture. Sur le conseil de Gray, le Dr Livesey utilise une nouvelle méthode. Devant la nécessité d'avoir de l'eau, tout le monde se relaie pour creuser un tunnel sous les remparts afin que Jim puisse sortir sans risque…

Silver a fait travailler les pirates toute la nuit de manière à rapprocher l'Hispaniola des côtes. Résultat, le fort est désormais à portée de tir. Saisissant un sabre, Jim décide d'aller couper les amarres du bateau. Mais en chemin, il est confronté à un homme de Silver. Heureusement, son agilité et aussi un peu de chance lui permettent de s'en sortir et de retrouver Ben Gunn. Ce dernier le prévient que la mer est pleine de requins…

Parvenu à atteindre l'Hispaniola, Jim profite du brouillard pour rompre les amarres et se hisser à son bord. Dans les cabines, les pirates fatigués et un peu saoûls ne prêtent guère attention à ce qui se passe à l'extérieur. D'ailleurs, une certaine tension est en train de naître entre eux. En quête d'une nouvelle action, Jim décide de monter le long du mât pour décrocher le drapeau des pirates…

Sentant que quelque chose se passe sur l'Hispaniola, Silver décide de rejoindre le navire. A bord, il découvre que ses hommes se sont massacrés et que Jim est le seul rescapé. Mais alors que le brouillard laisse place à la pluie et à la tempête, le navire part à la dérive. Devant l'adversité, Jim et Silver travaillent ensemble pour sauver l'Hispaniola du naufrage. Tandis que Silver tient la barre, Jim colmate les brèches. Mais sont-ils vraiment seuls?...

Le beau temps est de retour et Benbow réveille Jim qui est le seul survivant à bord du navire. S'apercevant qu'il est tout proche de l'Ile au trésor, le jeune garçon fait échouer l'Hispaniola sur les côtes. Alors qu'il se précipite au fort pour retrouver ses amis, il tombe nez à nez avec Silver et ses hommes qui occupent la place. Attrapé, Jim est fait prisonnier et doit combattre un pirate. Alors que la situation s'annonce mal, Silver intervient et se met à dos les pirates…

Fait prisonnier par ses hommes qui lui reprochent sa compassion envers Jim, Silver passe la nuit sous la pluie accroché à une croix. Le lendemain, alors que les pirates vont allumer le bûcher pour se débarrasser de lui, Silver leur demande comment ils comptent repartir de l'Ile une fois qu'ils auront le trésor car il est le seul à savoir manœuvrer le navire. Finalement, les pirates se rangent de nouveau autour de Silver et lorsque l'un d'eux a besoin d'un médecin, c'est tout naturellement que Jim propose d'aller chercher le Dr Livesey…

L'équipe des pirates, surveillée par celle de Mr Trelawney, se met enfin en quête du trésor. Le chemin s'annonce long, tortueux et très fatiguant. La nuit venue, Gray s'approche du camp pour essayer de libérer Jim. Mais Silver le repère et malgré son agilité au couteau, Gray est mis en échec. Le lendemain, après maintes péripéties, Silver parvient à trouver l'emplacement du fameux trésor. Mais une bien mauvaise surprise l'attend...

Silver essaye de savoir auprès de Jim où se trouve le véritable emplacement du trésor mais le jeune garçon reste silencieux. Le pirate ordonne alors à ses hommes de le ligoter et annonce que désormais Jim restera attaché jusqu'à ce qu'ils aient atteint leur but. La journée se passe et bien que creusant partout, les pirates ne trouvent rien. La nuit venue, découvrant une marque dans le crâne du coffre, Silver comprend enfin le message laissé par Flint et réveille ses hommes…

Silver est persuadé que Mr Trelawney et ses compagnons le gardent en vie afin qu'il les aide à résoudre l'énigme laissée par Flint. Tous se réinstallent dans le fort le temps que le pirate se remette de sa blessure. Au matin, Jim est enthousiaste de découvrir qu'il se sent mieux. Profitant que tout le monde s'apitoie sur le fait qu'il a attrapé la malaria, Silver s'empare d'une arme et s'enfuit. Jim se lance à sa poursuite et ensemble, ils tombent d'une falaise…

Grâce au repos et aux soins prodigués, Silver est de nouveau sur pied. Afin de résoudre plus vite le dernier point de l'énigme: trouver le manoir de Flint; deux groupes sont constitués. Celui de Silver composé de Gray, Jim, Hunter et Moustique, concentre ses recherches sur le rivage de l'île. Suite à l'attaque d'un requin, Silver se souvient que le dernier surnom de Flint était le vieux requin et il se demande si le manoir ne serait pas tout simplement situé dans la mer…

Le trésor a été chargé sur l'Hispaniola et celui-ci reprend la mer en laissant sur l'île les derniers pirates. Silver est, quant à lui, enfermé dans la cale sous la surveillance de Gray. De son côté, suite à son bon comportement, Moustique est redevenu mousse et il a été décidé que ses faits ne seraient pas rapportés devant la Justice. Alors que Silver monte sur le pont pour se dégourdir un peu, Jim lui apprend que le trésor sera remis à la nation…

L'Hispaniola est de retour dans le port de Bristol. Nos amis sont acclamés comme des héros et doivent être décorés et récompensés pour leur bravoure. Jim prévient sa mère et Lily qu'il ne sera pas de retour avant plusieurs jours. Mais est-ce vraiment la fin de l'aventure ou est-ce plutôt la fin d'un premier voyage pour le jeune Jim Hawkins et son fidèle Benbow?