ジムが母親と２人で営んでいるベンボー提督亭に怪しい宿泊客が現れた。ビリーと名乗るこの男は、なにかに怯え、酒を浴びるように飲み続けている。彼の行動を怪しむジムに、ビリーは１本足の男が来ないか見張ってくれと依頼する。１本足の男とは誰なのか？　ビリーはなにに怯えているのか？

ビリーを訪ねて、昔の仲間の黒犬という男がやって来る。ところが、黒犬はビリーの姿を見かけると、突然襲いかかってきた。その争いの最中に、ビリーは脳溢血で倒れてしまう。医者のリブシー先生が治療のためにビリーの袖を捲り上げると、そこには海賊の刺青が！　ビリーの正体は海賊だった……！

ビリーの前に暗闇のピューと名乗る男が現れ、黒丸を手渡す。これは海賊仲間の絶縁状で、死の宣告だった。夜の10時に１本足の男がやって来ると知って怯えたビリーは、酒を飲み続け、ついに脳溢血で息絶えてしまう。呆然とするジムだが、約束の10時は刻一刻と近づいていた。

黒犬とピューに率いられた海賊たちが、ベンボー提督亭に乱入してきた。ビリーに託された荷物を守ろうと、ジムは必死で海賊たちと戦う。窮地に陥ったジムだが、そこへリブシー先生が送ってくれた救援の兵士たちが！　危機を脱したジムが、ビリーの荷物の中から発見したのは……。

町の有力者トレローニとリブシー先生は、ジムが宝島の地図を手に入れたと知って、宝物を探す旅へ出ることを決意する。一緒に行きたいジムだが、母親を１人で残していくことを考えると、なかなか言い出すことができない。だが、母親は既に息子の気持ちに気づいていた。

リブシー先生は、ブリストルの町で遠眼鏡屋という食堂を営む１本足の男に船員の手配を頼んでいた。シルバーと名乗るこの１本足の男は、コックとして船に乗り込むという。ジムはシルバーがビリーの言っていた１本足ではないかと怪しむ。そのとき、遠眼鏡屋にあの黒犬が入っていくのを見かけた！

シルバーは、船員たちに「肉焼きおやじ」と呼ばれて親しまれている気のいい男だった。ジムはシルバーにどんどん惹かれていく自分を感じていた。凪で船が動かなくなったとき、シルバーはジムを連れ、小船に乗ってカジキマグロの漁に出かける。たった１人で巨大な魚と戦うシルバーに、ジムは男としての尊敬と信頼を抱く。

酔っ払いのアロー副船長が、海に落ちて行方不明になってしまう。シルバーが突き落としたのではないかと疑われるが、確証はない。そんなとき、アロー副船長の亡霊が乗った幽霊船が現れた。シルバーは自分の無実を証明すると宣言して、たった１人で幽霊船に乗り込んでいく！

船は西インド諸島の港町に停泊。ジムはシルバーたちと一緒に食料の買い出しに出かけた。ところが、彼らとはぐれ、１人で町をうろつくうちに、奴隷商人の男たちに捕らえられてしまった。ジムが戻ってこないことを心配したシルバーは、探しに出かけ、男たちに追われているジムを発見する。

ジムのシルバーへの信頼はどんどん高まっていった。そんなある日、夜中にお腹のすいたジムは、甲板に置いてあるリンゴ樽にリンゴを取りに行き、そのまま中で眠ってしまう。気がついたとき、甲板では海賊たちが反乱の相談を進めていた。その中心にいて、海賊たちに命令を下していた男とは……！

ついに宝島に到着した。だが、シルバーの正体を知ったジムに心からの喜びはない。ジムの話を聞いた船長たちは、シルバーが本当に海賊なのかどうか見極めようと決断。ジムに、シルバーたちと一緒に上陸し、様子を見るように命じた。ジムは裏切られた悔しさを胸に秘め、宝島への第一歩をしるす。

ジムに正体を知られたと気づいたシルバーは、ジムを捕らえようとする。必死に逃げるジムは、髭も髪も伸び放題となった怪しい人物ベン･ガンと出会った。彼は宝を島に隠した海賊によって、島に置き去りにされたのだった。その頃、船では、船長たちと海賊たちとの戦いが始まっていた！

船から脱出した船長たちは、なんとか島の砦に逃げ込むことができた。だが、海賊たちは砦に向かって激しい攻撃を加えてくる。トレローニのじいや、レッドルースじいさんと一緒に見張りに立ったジムは、レッドルースが大事にしている小さな鈴の話を聞く。そのとき、一発の銃声が夜の闇の中に轟いた！

シルバーは、砦の裏山に大砲を設置し、スモーレット船長たちに降伏を迫る。その場所から砲撃されたら砦は簡単に破壊されると判断した船長は、ジムに砦の代わりとなるような洞窟を探してくるように命じた。ところが、道に迷ったジムは裏山に出てしまう。そして、シルバーの仕掛けた巧妙な罠に気づく！

スモーレット船長が砦に忍び込んできた海賊に撃たれた。しかも、井戸には動物の死骸が投げ入れられ、水が使えない状態になってしまう。水がなければ、船長の弾丸摘出手術はできない。ジムは柵の下にトンネルを掘って砦を抜け出し、大きな壺を抱えて水を汲みに行くが……。

シルバーは船を島の近くまで寄せ、船の大砲を使って砦を狙い始めた。ジムは船を島から離すために錨綱を切ろうと、ベン・ガンが作った革製の小型ボートで漕ぎ出す。だが、ボートをうまく漕ぎ寄せることができず、島からどんどん離れていってしまう。しかも、巨大なサメがボートを狙っていた！

ジムはついに船の錨綱を切ることに成功。船は漂流を始める。ところが、船に残っていたハンズたちは、酒と疲労から互いに疑心暗鬼となり、ついには殺し合いが始まってしまう。船が動いていることに気づいたシルバーはあわてて船に戻るが、そのときにはもう船内は無残な状況に陥っていた。

錨綱を切られた船は、嵐に翻弄され、沖へと流されていく。沈没を食い止めるため、シルバーとジムは一時休戦。久しぶりにシルバーと力を合わせることになったジムは、複雑な思いを抱きながらも、必死に浸水箇所を修理する。ところが、死んだと思っていたハンズがまだ生きており、２人に襲いかかってきた！

島の裏側に漂着した船から砦に戻ったジムの前に、海に落ちて死んだと思っていたシルバーが現れる。食料も水もつきたスモーレット船長たちは、地図と引き換えに砦から出ることを許されていたのだった。ジムは海賊たちに捕まるが、ジムをかばおうとするシルバーに対し、部下たちが反旗を翻した！

海賊たちに捕らえられたシルバーは、磔にされ、火あぶりにされそうになる。だが、シルバーの気迫に圧倒され、結局、海賊たちはまたシルバーの指揮を仰ぐことになった。熱病にかかった部下たちの身を案じたシルバーは、ジムにリブシー先生を呼びに行かせる。ジムは久しぶりに仲間たちと再会するが……。

シルバーは部下たちを引き連れ、凄まじい執念で宝をめざして進み続ける。スモーレット船長たちは、そのあとを密かにつけていた。そして、ついに宝の埋蔵場所にたどり着く。とうとう宝を見つけたと色めき立つ海賊たちだが、掘り出した箱の中に入っていたのはドクロが１つだけだった！

シルバーは箱に入っていたドクロに、宝の本当の隠し場所への手がかりが秘められていることに気づいた。ジムは海賊たちの隙を見て逃げ出し、ようやくスモーレット船長たちの元へ帰る。そのころ、海賊たちは手がかりとなるガイコツ島へ向かっていた。だが、部下たちの裏切りに遭い、シルバーが撃たれてしまう！

パピーはシルバーと共に、スモーレット船長たちに捕らえられた。シルバーは宝の地図に記されている手がかりの謎を解明できるのは自分だけだと主張し、宝探しに協力することになる。ところが、そのシルバーが熱病にかかってしまった。パピーはシルバーのために、熱病に効く薬草を取りに行くと言い出す！

宝の地図に記された手がかりを解く鍵は「フリントの館」という言葉だった。シルバーはフリントの別名にヒントを得て、ついにその言葉の意味を解き明かす。シルバーたちはようやく、手がかりが指し示す最後の場所にたどり着いた。果たしてここに、大海賊フリントが残した莫大な宝が眠っているのか!?

宝を手に入れたジムたちは、船で島を離れた。捕虜になったシルバーは妙に神妙だったが、グレーはそんなシルバーを信用してはいなかった。ある港町で、船員を調達するために、シルバーはグレーやジムと共に上陸する。だが、これこそが、シルバーの狙っていた脱走のための絶好の機会だった！