온라인 게임 「THE NEW GATE」는 모습을 바꾸어 사람들을 게임 세계에 가두고 괴롭히고 있었다. 이런 현상을 타파하기 위해 신은 최후의 최강의 적인 <오리진>과 맞서 싸워 격파한다. 그리고 갇혀 있던 사람들을 해방시키는데 성공한다. 신도 다른 플레이어들과 마찬가지로 익숙한 세계에 작별을 고하려 하지만, 갑자기 새로운 문이 열리면서 500년 후의 「THE NEW GATE」의 세계로 날아가 버린다. 현실 세계로 돌아갈 수 있는 수단을 찾기 위해 옛 고향인 「달의 사당」에 도착한 신은 가게를 지키고 있던 엘프 여인 티에라 루센트를 만난다.

베일리히트 왕국에서는 왕국 근처에 나타난 상식 밖의 힘을 가진 스컬페이스에 대한 소문이 퍼지고 있었다. 소문의 주범인 스컬페이스를 몰래 격파하고 길드에 보고를 마친 신은 교회 고아원에서 빠져나온 미리와 미리를 찾던 빌헬름을 만난다. 고아원으로 돌아간 미리는 신에게 「여우 씨를 도와달라」고 말한다. 도움을 요청받고 북쪽 숲으로 향한 신이 목격한 것은 결계 속에서 고통받는 작은 여우의 모습이었다.

북쪽 숲에서의 전투를 마친 신은 구해낸 새끼 여우에게 「유즈하」라는 이름을 지어주고 파트너 계약을 맺는다. 계약을 맺은 것과 이름을 얻은 것에 기뻐하는 유즈하를 데리고 길드로 향하던 신은 「스킬 계승자에게 부탁합니다」라고 적힌 의뢰서를 발견한다. 그 내용이 그럴듯하고 의뢰처가 교회의 고아원이라는 것을 알게 된 신은 미리와 빌헬름의 모습을 떠올리며 의뢰서를 들고 교회로 향한다.

트리아의 의뢰를 받고 망령 평원의 중심부에 도착한 신 일행은 순조롭게 라시아의 레벨을 올리고 있었다. 목표 레벨에 도달해 안도하는 신 일행에게 불길한 그림자가 다가온다. 섬뜩한 소리가 울려 퍼지고 하늘에 검은 구체가 떠올랐다. 근처의 몬스터로부터 마소를 빨아들여 거대해지는 구체는 모습을 바꿔 스컬페이스 로드로 변해 송곳니를 드러낸다. 그 와중에, 주군의 귀환을 알게 된 옛 파트너 슈니는 강적과 대치하는 신을 향해 달려가는데...

의뢰를 무사히 마친 신은 빌헬름에게 자신이 하이휴먼이며 슈니의 주인이라는 사실을 알리고, 500년 후 「THE NEW GATE」의 세계에서 처음으로 「친구」라고 부를 수 있는 존재인 빌헬름과 다시 만나기로 약속한 후, 신 일행은 티에라가 기다리는 「달의 사당」으로 향한다. 500년 만에 돌아온 「달의 사당」 점장 신은 슈니와 티에라, 그리고 새로 합류한 유즈하와 함께 단란한 시간을 보낸다. 새벽잠에서 깨어난 신이 본 것은 작은 여우에서 소녀로 모습이 변한 유즈하였다...

티에라를 모험가로 등록하기 위해 도시를 찾은 신 일행. 오가는 사람들과 활기찬 거리 풍경에 눈을 반짝이는 티에라는 길드에서 할 일을 일찍 끝내고 신과 함께 거리를 돌아다닌다. 옛 동료였던 지라트가 기다리고 있는 파르니드를 다음 목적지로 정하고, 신은 도중에 참가할 수 있는 상인 나크의 호위 임무를 맡는다. 같은 임무에 참여한 가이엔, 츠바키와 함께 티에라의 모험가로서 첫 임무가 시작된다.

신 일행은 도적단을 물리치고 나크를 무사히 목적지까지 데려다 준다. 임무를 마치고 가이엔과 츠바키와 작별 인사를 나눈 신은 도착한 도시에서 새로운 마차를 찾는다. 마차를 개조하기 위해 애쓰는 신과 눈에 띄지 않으려 애쓰는 티에라. 그리고 두 사람과 합류한 슈니는 마차를 끌 몬스터를 데려온다. 신을 위해서라면 폭주해버리는 그녀가 데려온 몬스터는 도대체...!

파르니드에 도착해 옛 동료였던 지라트와 재회한 신은 옛 이야기로 꽃을 피운다. 함께 싸웠던 날의 이야기나, 신이 종적을 감춘 후의 지라트의 이야기, 500년의 세월을 메우듯 두 사람은 이야기를 이어간다. 그리고 지라트는 자신의 수명이 얼마 남지 않았음을 알리고 신에게 마지막 결투를 신청한다. 한 나라를 일군 수왕과 최강의 청년의 싸움이 시작된다.

신 일행은 지라트의 장례식을 마친 후, 부고를 받고 장례식에 참석했던 슈바이드를 만나러 갔다. 슈니, 지라트와 마찬가지로 게임 시절 함께 싸웠던 슈바이더와 재회한 신은 나중에 파티를 맺기로 약속을 한다. 그런 신에게 베일리히트 왕궁으로 부름을 받았다는 소식이 들려온다. 앞으로 나라를 이끌어갈 수왕 볼프강과 쿠레오와 작별하고, 신 일행은 베일리히트 왕국으로 향한다.

베일리히트 왕국 제2왕녀 리온의 부름을 받은 신은 엉뚱한 이야기와 거침없는 리온의 말투에 놀라고 있었다. 스컬페이스 잭을 처치할 때 왕성으로 검을 날린 일도 나무랄 데가 없어 신은 가슴을 쓸어내린다. 그러나 이야기를 마친 신 일행 앞에 갑자기 「매혹」과 「혼란」을 받고 누군가에 의해 조종당하고 있는 그레릴 추기경이 나타난다. 그레릴 추기경이 발동한 전이 마법으로 성지 카르키아로 날아가 버린 신과 리온은 힘을 합쳐 성으로의 귀환을 목표로 한다.

Shin and Princess Rionne now find themselves effectively trapped in the holy land, forced to fight their way out. Can Shin pull it off without revealing his true strength?

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