オンラインゲーム「THE NEW GATE」は姿を変え、人々をゲームの世界に閉じ込め苦しめていた。そんな現状を打破すべくシンは、最後にして最強の敵である＜オリジン＞に立ち向かい撃破。囚われていた人々の解放に成功する。シンも他のプレイヤーと同じく、見慣れた世界に別れを告げようとするが、新たな扉が突如開き500年後の「THE NEW GATE」の世界に飛ばされてしまう。現実世界に帰る手段を探すため、かつてのホームである「月の祠」に到着したシンは、店番を任されていたエルフの女性、ティエラ・ルーセントと出会う。

ベイルリヒト王国では、王国の近くで現れた常識離れした強さを持つスカルフェイスの噂が広まっていた。噂の主であるスカルフェイスを人知れず撃破し、ギルドに報告を済ませたシンは、教会の孤児院から抜け出してきたミリーと、ミリーを探していたヴィルヘルムと出会う。孤児院に帰るミリーは「キツネさんを助けてほしいの」とシンに告げる。助けを求められ、北の森に向かったシンが目の当たりにしたのは、結界の中で苦しむ小狐の姿だった。

北の森での戦闘を終えたシンは、救った子狐に「ユズハ」と名前をつけパートナー契約を結ぶ。契約を結んだこと、名前を貰えたことにご満悦のユズハを頭に乗せ、ギルドに向かったシンは「スキル継承者の方にお願いです」と書かれた目を引く依頼書を見つける。いかにも訳ありそうな内容、そして依頼元が教会の孤児院と知ったシンは、ミリーとヴィルヘルムの姿を思い出し、依頼書を手に取り教会へと向かう。

トリアからの依頼を受け、亡霊平原の中心部へとたどり着いたシン達は、順調にラシアのレベル上げを進めていた。目標のレベルに達し安堵するシン達に、不穏な影が近づく。不気味な音が響き、空に黒い球体が浮かぶ。近くのモンスターから魔素を吸い、巨大化する球体は姿を変えスカルフェイス・ロードへと変貌。シン達に牙を剥く。そんな中、主の帰還を知ったかつてのパートナーであるシュニーが、強敵と対峙するシンのもとへと向かっていた…。

依頼を無事に終えたシンは自分がハイヒューマンである事や、シュニーの主である事をヴィルヘルムに伝える。500年後の「THE NEW GATE」の世界で初めての「ダチ」と呼べる存在・ヴィルヘルムと再び会う約束を交わし、シン達はティエラが待つ「月の祠」へと向かう。500年ぶりに帰ってきた「月の祠」店長のシンは、シュニーとティエラ、新たに加わったユズハと一緒に団欒を楽しむ。一夜明け、目を覚ましたシンが見たものは、小狐から少女に姿を変えたユズハだった…。

ティエラを冒険者として登録するため街を訪れたシン達。行き交う人々や賑やかな街並みに目を輝かせるティエラは、ギルドでの用事を早々に済ませシンと街を回る。かつての仲間であるジラートが待つファルニッドを次の目的地に定め、道中参加できる商人ナックの護衛任務を受けるシン。同じ任務に参加したガイエン・ツバキと共に、ティエラの冒険者として初の任務が始まる。

シン達は襲いかかる盗賊団を退け、ナックを無事に目的地に送り届ける。任務を終え、ガイエンとツバキに別れを告げたシンは、到着した街で新たな馬車を探す。馬車に改造を施そうと張り切るシンと、目立たないようにと目を光らせるティエラ。そして２人と合流したシュニーは、馬車を引くためのモンスターを連れて来る。シンのためとなると暴走してしまう彼女が連れてきたモンスターは、一体…！

ファルニッドへ到着し、かつての仲間であるジラートと再会を果たしたシンは、懐かしい話に花を咲かせていた。共に戦った日の話や、シンが行方を晦ませた後のジラートの話、500年の歳月を埋めるように２人は話を続ける。そしてジラートは自分の寿命が残り少ない事を告げ、シンに最期の決闘を申し込む。一国を築き上げた獣王と、最強の青年の戦いが始まる。

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