Kung Lao et ses fidèles compagnons doivent empêcher le terrible Shao Kahn de prendre le contrôle de la Terre. Il leur faudra gagner le "Mortal Kombat"...

Taja et Jen conspirent pour libérer Kung Lao condamné à mort par le Baron. Scorpion a intégré le corps du nouveau garde du corps de Jen. Kung Lao accepte son destin pour protéger le Royaume Terre des forces de l'Extérieur en entraînant une nouvelle génération de guerriers pour le combat mortel.

Kung se rend dans la cité de Zhu Zin en compagnie de Taja et Siro. Au marché, Taja apprend que le Baron avait obtenu un cristal magique peu avant son décès. Ce cristal, qui permet de voyager entre les dimensions, devient l'objet de convoitise pour Tsung, qui pourrait établir sa cruelle domination...

La sorcière Vorpax introduit dans la gourde de Lao une poudre censée le faire vieillir prématurément. Or, Kung Lao a été béni des dieux, et ne peut vieillir avant le prochain Kombat Mortel. Il n'en va pas de même pour ses amis Taja et Siro, qui boivent tous deux à sa gourde...

Lao poursuit sa route vers le repère de la sorcière Omegris, bien qu'il ignore si elle acceptera de l'aider. Il doit laisser Taja et Siro dans un temple et poursuivre seul, car en une seule journée, ses amis ont atteint la soixantaine...

Siro apprend que Zhu Zin a été bâtie sur les ruines d'une puissante cité et que les souterrains de la ville gardent un immense pouvoir. Siro compte vaincre les trois protecteurs de ce pouvoir, ce qui le rendrait aussi fort que Lao...

Pour se faire un peu d'argent, ce qui serait utile pour leurs déplacements à venir, Taja ouvre une boutique au Bazar. Mais dès le premiers soir, des brutes viennent leur intimer l'ordre de fermer, prétendant que l'emplacement leur appartient depuis la mort du baron...

Tsung mijote toujours sa vengeance contre Lao et ses alliés. Il trouve le point faible de Taja, qui a toujours prétendu être orpheline, mais qui a en réalité été abandonnée. La magie de Vorpax permet à Tsung de se faire passer pour le père de Taja, et de l'entraîner dans un piège...

Trois femmes aux services du sorcier Quan Chi ont pour mission d'éliminer Lao et ses amis. Chacune doit glisser dans les aliments de nos héros une poudre qui amplifie les faiblesses du consommateur. En peu de temps, Taja redevient une voleuse, tandis que Lao, devenu paranoïaque, voit des complots partout...

Lao éprouve de nouveau des doutes quant à ses capacités. Sa condition de champion du Kombat mortel lui semble un fardeau lourd à porter. Tsung voit là une occasion d'éliminer son ennemi et s'associe à Quan Chi, furieux de sa récente défaite contre Lao...

Siro aide Lao à trouver de nouvelles recrues pour le Kombat mortel, laissant Taja s'occuper seule de la boutique. L'ancienne voleuse arrive en compagnie d'une femme que Siro connaît bien, car ils ont déjà été fiancés. La femme explique qu'elle a épousé le frère de Siro, mais qu'il vient de disparaître...

Un guerrier aux ordres de Kahn attaque Lao. Ce dernier sort vainqueur du combat, mais blessé, et doit se reposer. Kahn envoie alors une guerrière en la déguisant comme sa fille pour achever le travail. Il sait que Lao ne se méfiera pas, car il a déjà sauvé la vie de la princesse...

Kung Lao enseigne les arts martiaux à un nouvel étudiant, Lori, un ami de longue date. Pendant ce temps, Qali retourne en ville pour un festival...

Shao Kahn contacte Sub Zero et Scorpion, les deux guerriers les plus forts du royaume. Il compte utiliser cette alliance pour abattre Lao avant qu'il n'entraîne ses guerriers, ce qui lui laisserait le champ libre pour dominer le monde...

Toujours prisonnier dans les mines de cobalt, Tsung se fait agresser par trois guerrières. Il croise Vorpax qui, au lieu de l'aider, lui assène un nouveau coup de massue ! À son réveil, Tsung est aux mains de l'impératrice Kriya, dont la sorcière Vorpax est un fidèle sujet depuis toujours...

Enfin libéré du royaume de la Terre, Shang Tsung rencontre son ancien maître, Master Cho...

L'impératrice Kriya n'a pas renoncé à prendre le pouvoir. Taja, Siro et Lao se préparent de nouveaux à combattre, mais découvrent que cette fois-ci, ils auront de redoutables adversaires. L'impératrice s'est en effet alliée aux reptiles pour former sa nouvelle armée...

Shang Tsung étant perdu quelque part dans le Royaume Terre, d'inhabituelles alliances se nouent pour mettre fin au règne de la terreur...

Taja rencontre une vieille amie qu'elle invite dans le camp des élèves de Lao. Ces derniers se méfient de la nouvelle venue. Bientôt, un guerrier sous les ordres de celle-ci tente de voler un objet précieux. Taja apprend que son amie appartient à un temple exigeant des sacrifices...

Shao Kahn met en place l'attaque la plus machiavélique jamais lancée contre le Royaume Terre...

Kahn est convaincu que sa victoire est imminente. Il pense pouvoir mettre bientôt ses derniers ennemis hors de combat. Taja, Siro et Lao deviennent à nouveau la cible des attaques de Kahn, qui s'est assuré les services des prêtres de l'Ombre...