친구의 집에서 우연히 시간 여행 현상을 목격해 버린 나미히라 본. 이 비밀을 유지하려면 자신이 세상에서 지워져야 한다는 것을 알게 된다.

간신히 삭제를 면한 본은 타임 패트롤 요원이 되기 위한 훈련을 받아야 한다. 그리고 첫 임무를 위해, 1947년 태풍 캐슬린의 한복판 속에 있는 도쿄로 간다.

약 350년 전 프랑스 남부로 향하는 본과 림. 유럽 마녀사냥에 희생돼 고문을 당하다 죽음을 맞게 될 셀린을 지키려 한다.

‘타임 트리퍼’를 구조하는 위험한 임무 중에, 미래 어딘가에서 발이 묶여 버린 본과 림. 과연 이들은 집으로 돌아갈 방법을 찾을 수 있을까?