東京的愛麗絲學園（國立愛麗絲研究機關學園本部）是一所特別的學校，只招收具有特殊能力「愛麗絲」的人，一旦入學就要等到畢業才可以離開學校。佐倉蜜柑與今井螢本來住在鄉村地方，兩人是同學也是好朋友。某天螢突然轉學至東京的愛麗絲學園。而想念螢的蜜柑，離家出走到了東京，終於找到螢的新學校。然而蜜柑卻被發現也有愛麗絲，並通過了入學考試並確認自己擁有無效化愛麗絲，正式成為該校學生，在那裡開始新的校園生活。

愛麗絲學園設有初等部（三歲至八歲在A班，九歲至十二歲在B班）、中等部及高等部（高中和大學兩年），校園佔地極之廣闊，範圍大部份是森林，除了校舍和宿舍外，校園中心有商店市鎮。為了防止學生逃出學校，校方以電網包圍整個校園，觸碰到電網的人會受到電擊且即時被發現。若學生取得優等生獎，可以獲准回家一星期。

這所特別學校有一些不為人知的黑暗面，有些學生感覺被學校利用，於是反對這所學校，成立及加入了一個神秘組織「Zero」（簡稱「Z」）與愛麗絲學園對抗。

东京的爱丽丝学园（全称：国立爱丽丝研究机关学园本部）是一所特别的学校，只招收具有特殊能力“爱丽丝”的人，一旦入学就要等到毕业才可以离开学校。

青梅竹马、犹如姐妹般的玩伴今井萤招呼也不打一声就从乡间小学转入城里的学校，佐仓蜜柑无论如何都无法接受这个事实，于是离家出走，只身来到萤所在的爱丽丝学园，但却发现自己根本无法进入学园。在围墙外徘徊的她险些被人贩子拐走，所幸被学园的鸣海老师搭救并发现蜜柑可能具有爱丽丝能力，于是“顺理成章”地入驻爱丽丝学园。

崭新的学园生活对蜜柑而言是喜忧参半。喜的是终于和小萤团聚，忧的则是跟问题学生日向枣分在同一班级兼同桌还是拍档，更令蜜柑跌破眼镜的是她满心欢喜入驻的学园竟然是学生们公认的囚笼，而日向枣更是厌恶学园派的典型。

即来之则安之，即便遭到同学们的排挤，即便被评定为无星级，即便不清楚自己的爱丽丝是什么，即便见不到相依为命的爷爷，不服输的蜜柑仍然没有放弃。

原本只是追逐萤的步伐而来到爱丽丝学园的蜜柑，也最终在这里收获了欢乐、勇气、信任以及友情…

Mikan Sakura is a normal 10-year-old girl. Optimistic, energetic, and overall a very sweet child, Mikan is the complete opposite of the aloof, intelligent, and somewhat cold-hearted, Hotaru Imai. Despite their glaring differences, the two girls have been best friends for a very long time. So when Hotaru suddenly transfers to Alice Academy, a prestigious school in the city, her best friend is devastated—especially when she hears of the horrible rumors regarding the academy's harsh treatment of students. Beset with worry, Mikan runs away to see her best friend!

Upon her arrival, Mikan learns of "Alices," individuals gifted with various supernatural abilities, and that the school is an institution built by the government to train and protect them. Discovering that she has her own unique powers, Mikan enrolls in the academy, and, after a lot of trouble, finally reunites with Hotaru.

Mikan Sakura, ein freundliches, aber leicht naives Mädchen, wächst in einem kleinen Dorf im Nirgendwo auf. Nach einiger Zeit trifft sie auf das Mädchen Hotaru Imai in ihrer Klasse und die beiden werden dicke Freunde. Plötzlich, ohne große Vorwarnung, wechselt Hotaru an eine Schule in Tokio, worüber Mikan todunglücklich ist. Sie sieht nicht ein, dass beide getrennt leben sollten und packt ihre sieben Sachen, um ihrer Freundin zu folgen. In Tokio angekommen, muss Mikan feststellen, dass es sich bei Hotarus Schule um ein Internat handelt, besser bekannt als "Alice Academy" oder "Gakuen Alice" und für Kinder mit außergewöhnlichen Begabungen ist. "Alice" ist eine angeborene Gabe und Leute mit einer solchen werden vom Staat strengstens geschützt, dessen Hauptaufgabe der "Alice Academy" es ist. Da das Glück auf Mikans Seite ist, wird sie auch prompt vom gutaussehenden Lehrer Narumi an der Eliteschule angemeldet, den sie vor der Academy trifft. Alle dortigen Schüler haben ganz besondere, bizarre Fähigkeiten. Wird Mikan auf der neuen Schule zurechtkommen und wird sie herausfinden, was ihr eigenes Alice ist?

Mikan è una bambina orfana di dieci anni che vive in un paesino di campagna con il nonno. Quando la sua migliore amica Hotaru deve lasciare la città per frequentare l'Alice Academy, una scuola per bambini prodigio dotati di poteri sovrannaturali (detti Alice), Mikan decide di scappare e andare a Tokyo per rivederla. All'entrata dell'accademia incontra il professor Narumi, che accorgendosi del raro potere nascosto in lei la iscrive immediatamente alla scuola. Mikan si riunisce quindi alla sua amica Hotaru, ma ben presto si guadagna l'antipatia dei suoi compagni di classe, che solo dopo qualche tempo vengono conquistati dalla sua personalità buona e ottimista. Incontra Natsume, ragazzino che possiede l'alice del fuoco, che diventa suo rivale. I due non perdono occasione per insultarsi a vicenda ma, passando del tempo insieme, costruiscono un'amicizia che sfocia nell'amore..

小さな田舎町で育った蜜柑と蛍は大の親友。

なのに突然蛍が都会の学校へ転校してしまった。

蛍を追って蜜柑は「アリス学園」へとたどり着く。

しかしそこは不思議な力（アリス）の持ち主しか入れない特別な学校だった…。

히구치 타치바나의 '학원 앨리스'를 원작으로 제작한 애니메이션

Sakura Mikan e Imai Hotaru, ambas de 10 anos, são melhores amigas que vivem numa cidade de interior. Um dia, Mikan recebe uma carta de Hotaru dizendo que esta se inscreveu numa escola em Tokyo e que partiria naquela manhã. Mikan corre desperadamente até sua amiga, que lhe reconforta promentendo que voltaria nas férias. Passado alguns meses, Hotaru não dá as caras, apenas envia um cartão postal pedindo friamente que lhe mande melancias. Abalada, Mikan decide esquecer Hotaru, até que suas colegas de classe comentam que ela foi pra uma tal de “Academia Alice” para gênios, onde as cartas dos alunos são censuradas e não é permitido a saída nem nas férias. Para completar, ela ouve sem querer o velho diretor agradecendo a mãe de sua amiga, porque graças à remuneração recebida pelos pais de Hotaru a única escola da cidade não faliu. Indignada com o “egoísmo” de Hotaru, Mikan decide fugir e entrar nessa tal escola, mas ela logo descobre que as pessoas que são aceitas não são exatamente gênios.

Микан Сакура и Хотару Имаи — лучшие подруги. Но что за горе — лучшим подругам суждено расстаться! Хотару уезжает в таинственную школу для гениев под названием Академия Алис, и с дружбой стоит попрощаться? Ни в коем случае! Микан не собирается скучать без лучшей подруги и сразу уезжает в город, в ту самую академию, дабы повидаться с Хотару. Но кто бы мог подумать, что её переведут в эту школу!

Gakuen Alice es la historia de Mikan Sakura, una niña de 10 años, que en busca de su mejor amiga Imai Hotaru, ingresa de forma imprevista en una escuela muy especial y extraña. A ella sólo pueden entrar personas que posean un alice, es decir, un poder especial que puede ser de cualquier tipo, desde la telepatía o volar hasta controlar el fuego o convertirse en gato.