蜜柑和萤是同在乡间小学念书的一对好朋友。某日得知了学校将要倒闭的消息。蜜柑无论如何都想和萤一起阻止这件事。可这时萤却要转入城里的学校就读。

为了维持与萤的友谊，蜜柑来到的萤所在的爱丽丝学园。可是这个地方只允许拥有特殊能力的人才能进入。蜜柑所遇到的能自由操纵火焰的枣，拥有荷尔蒙体质的鸣海老师简直是太不可思议了。而突然攻击蜜柑的枣到底有何意图呢……

蜜柑成为了学园的学生并和小萤再会。可蜜柑连自己到底拥有怎样的能力都不清楚而被班上的同学孤立，枣同蜜柑约定 要蜜柑利用自己的爱丽丝从北边的森林逃出，蜜柑会胜利吗？

蜜柑和班长开始向北森林出发。突然出现在二人面前的是凶暴的熊先生！蜜柑马上就被熊先生干掉，幸好萤及时往熊先生上泼水，蜜柑才躲过一劫。如今出现在三人面前的，竟然是一只巨大的雏鸡！班长利用自己的幻觉爱丽丝把流架骗了过来，枣知道后马上赶过去，使用爱丽丝使到小萤跟班长陷入困境，最后蜜柑在危急关头用了自己的爱丽丝救了班长他们。此景被鸣海老师看到了，蜜柑被批准入学了！

蜜柑正式地成为了学园生。可学园生活并不像预想的那般愉快，神野老师给蜜柑的综合评价竟然是无星级。无星级跟其他星级的待遇简直天差地别。.蜜柑的学园生活开始有了新的难关……

初等部和中等部的学生每周一次，打乱正常年纪和班级，按系别分班上课，系统地接受爱丽丝能力教育。萤和流架分别是技术系和体质系的学生，预知和瞬间移动这样的能力则是潜在能力系。拥有无效化能力的蜜柑被分到了特别能力系。蜜柑就要和特力系的学生们见面了。

突然开始翘课、阴晴不定的枣让同学们非常担心。蜜柑为了让枣恢复精神而提出玩躲避球比赛的建议。赌注为枣输了，就不准翘课；而蜜柑输了，就是枣他们可以随便支配蜜柑做什么事！比赛上同学们各自使用了爱丽丝能力，比赛陷入大混乱中，最后只剩下蜜柑和枣两人，枣最后一球并没有用爱丽丝，而蜜柑却没有抱稳，输掉了比赛，但枣却没有实施赌约......

蜜柑自来到学园后每天都在给爷爷写信，可寄出的信犹如石沉大海,无半点回音。非常担心爷爷的蜜柑借助了萤的发明品「秘密卫星」和音无同学的占卜能力来查看远在乡下的爷爷的情况，然而蜜柑等人看到的竟然是爷爷在早上冲凉水的时候的时候感冒了！

萤凭借自己发明的仿制猪之鼻和犬之耳获得了优等生奖。同属技术系的田代非常妒忌并向萤下了挑战书。另一方面,蜜柑和萤仿造自己所制的机器人甘夏也为了帮助萤而努力着。最后田代在比赛中作弊，最后萤和甘夏赢了！

爱丽丝学园里有一座中心城镇，是用爱丽丝建立起来的商店街。蜜柑头一次和同学来到这里。无星级只有5拉比特的零用钱，如棉花糖一般的人气糖果霍瓦伦，最低的价格也要10拉比特。蜜柑为了品尝到霍瓦伦在大街上表演起了戏剧，最后她得到了最后一个霍瓦伦，而最后一团霍瓦伦送给了枣!

爱丽丝学园发生大骚动！蜜柑为了把一名学生的重要物品抢救出来而冲进火场，虽然成功却遭到了神野老师的怒斥。看到蜜柑垂头丧气的样子，野田老师决定对蜜柑进行爱丽丝特训。

在爱丽丝学园祭中，各个能力系会根据自身能力的特点来企画活动。蜜柑提出了RPG（角色扮演）的方案，可翼学长等人却以散漫的态度应对，主管学园祭活动的神野老师也不允许特力系参加……蜜柑会做出怎样的努力呢。

前夜祭开幕了。学园的毕业生，如今是著名歌手的铃生来学园演出了！学园上下沉浸在兴奋之中。蜜柑和萤为了能拍到铃生的高清近距离写真而潜入舞台后方，蜜柑不慎从舞台上方跌落，无意中发现铃生的真正目的竟然是……！？

枣被铃生诱拐了！?遭遇此景的堇和蜜柑试图将枣救回，不料反被铃生抓住并囚禁起来……！？蜜柑陷入大危机！！

铃生怀着对母校的种种仇恨，为了复仇而诱拐了枣。被铃生监禁的萤和蜜柑无论如何都要想办法逃出去！

学园祭开幕！特力系学生别出心裁推出了可供大家亲身体验的实景RPG游戏。蜜柑所扮演的中东风格的神灯精灵既可爱又帅气。游戏获得了学生们的超高支持率！而枣也参加了这个游戏，他会有怎样的表现呢！？

学园祭火热进行中！萤为自己的发明品Pigula三号所做的介绍吸引了众多关注的目光。另一方面，私自乘上萤发明的玩具鸡的少年引发了一场事故。出现在众人面前的潜在能力系干部……他和萤又是什么关系呢……！？

学园祭继续进行中！蜜柑等人应班长邀请而来到潜在能力系的表演舞台，也就是鬼屋。可蜜柑最怕的就是这些鬼鬼怪怪了。惊慌失措的蜜柑和枣被困在了处于停电状态的黑暗鬼屋里……？蜜柑生气地扑向枣，这时流架和萤……

学园祭接近尾声。流架所在的体质系即将上演话剧“沉睡在森林中的白雪公主”，流架竟然是白雪公主殿下的扮演者。由于强力粘粘球的保管不当，大多数演员被粘在一起而无法上台表演，紧急情况下，只能临时找其他学生代演，蜜柑……要代演的是王子殿下……！？还有枣吃醋画面？

学园祭的后夜祭，举行了每年的惯例闭幕会兼表彰会。后夜祭还能穿上如同天使般的礼服。学生们为了寻找各自中意的舞伴而兴奋忙活！枣和流架在女生当中拥有相当高的人气。蜜柑还和流架跳了友谊舞。可最后，蜜柑和萤会选择谁来和自己跳这只象征爱恋的Last Dance呢……！？

期末考试如期降临！如果能得到优等生奖，就会有中心城月招待券和探乡一周的奖励。思念爷爷的蜜柑得知这一情况后，决定把优等生奖定为目标，开始进行临时抱佛脚的学习行动！但是结果却……

拥有能“赋予布偶灵魂的爱丽丝能力”的园生要出院了，他正是制作了熊先生的人。蜜柑知道后认为要学长不应该制作这般凶暴的布偶。而翼学长告诉蜜柑应当理解要，并让蜜柑了解到，要的爱丽丝能力类型竟然是每次使用后自身寿命就会缩短的类型……

Persona派下的任务强度越来越大，使得枣的身体不堪重负。蜜柑等人为了保护枣而在教室里做抵抗行动。处在混乱中的学生甚至连班主任鸣海都不肯相信。另一方面，流架被铃央所假扮的假面Q洗脑了……！？

马戏团里的动物因铃生的阴谋而开始暴走！？铃生再次对学生们进行洗脑……学园陷入大混乱中！其中，铃生和鸣海老师过去的羁绊开始浮出水面。

学园恢复了往日的平和……蜜柑却突然得知了萤要到国外留学的消息！与萤的再次分离使蜜柑大受打击。心情低落的蜜柑在好友们的帮助下，向萤表明了自己的真实心意。后来才发现，这是一场误会。萤并没有要出国的打算，只是要搬到实验室去。