小さな田舎町で育った蜜柑と蛍は大の親友。しかし2人の通う小学校が廃校の危機にさらされた！何とか廃校を阻止したい蜜柑。そんな中、突然蛍が都会の学校へ転校してしまうことに…。

蛍を追って「アリス学園」へとたどり着いた蜜柑。しかしこの学園は不思議な力(アリス)の持ち主しか入学できない究極の一芸入学学校だった…。炎を自由に操る棗、フェロモン体質の鳴海先生など不思議な人々に蜜柑はびっくり！しかも棗に意地悪されるハメになり…。

蛍と再会を果たし、何とか「アリス学園」へ仮入学することになった蜜柑。しかし自分がどんなアリスを持っているのか分からないため、クラスメイトから孤立してしまう。

北の森へ向かった蜜柑と委員長だが、突然2人の前に凶暴なベアが出現！蜜柑はいとも簡単にKOされてしまう。しかし危機一髪のところで蛍が登場。自分の発明したメカを揃えてベアを撃退する。しかし、今度は巨大ヒヨコのピヨが3人の前に立ちはだかり･･･！

晴れてアリス学園生となった蜜柑。楽しい学園生活が始まるかと思いきや、学園の総合評価システムで「星なし」宣告をされてしまう。与えられる星の数によって待遇は全く違うのだ。前途多難な学園での新生活が始まった･･･。

能力別に分かれたクラスで初等部と中等部が一緒に授業を受ける合同授業。蛍は「技術系」流架は「体質系」、予知能力や瞬間移動の持ち主は「潜在能力系」。無効化のアリスを持つ蜜柑は「特別能力系」。このクラスで蜜柑は初めて特力系の生徒たちと出会う。

突然授業をサボったり、機嫌が悪くなったり、イライラしがちな棗を心配するクラスメイトたち。 蜜柑は何とか棗を元気づけようと、ドッジボール大会を提案。 しかしみんな様々なアリスを使い始め、試合はハチャメチャ状態に…！

アリス学園に来てから蜜柑は毎日じーちゃんに手紙を書き続けている。なのに返事は一度もこない。心配になった蜜柑は、蛍の発明品アンコウメカと音無さんの占いのアリスで、田舎で暮らすじーちゃんの様子を透視することに。しかしそこには以外な事実が…！？

人間でも動物同様の嗅覚を持つことが出来るブタ鼻とブタ耳の発明で、優等生賞に選ばれる蛍。しかしそれを妬む田代が出現。蛍に挑戦状をつきつける。 一方蜜柑は蛍が発明した蜜柑にそっくりのロボット「甘夏」と一緒に何とか蛍の役に立とうと奮闘する。

アリス学園内にあるセントラルタウン。かわいいお店が建ち並び、おとぎの国のよう。蜜柑はクラスメイトたちと初めてここにやってきた。でも星なし階級のため、お小遣いは5ラビットしかない。セントラルタウンの名物菓子「ホワロン」は10ラビット。どうしてもホワロンが食べたい蜜柑はある行動に出る。

アリス学園でボヤ騒ぎが発生。蜜柑はある生徒の宝物を火の中に入って持ち出すことに成功。しかしその危険な行為が神野先生の怒りをかうことに…。自信を無くした蜜柑に、野田先生は特力のアリスの特訓を開始した。

アリス学園の学祭では能力別クラスに分かれて出しものを企画することになっている。特力系のクラスで蜜柑は「ロールプレイングゲーム」を提案。しかし翼たち先輩たちはやる気がない。その上神野先生の許可も得られない･･･。何とか許可を得ようと奮闘する蜜柑だが…。

前夜祭開幕。アリス学園の卒業生で、声フェロモンのアリスを持つ大スターの玲生がやってきた！ 学園中は大興奮。蜜柑と蛍は玲生の生写真を撮るために、舞台裏に入り込む。 しかし蜜柑が舞台へ転落し、玲生にケガを負わせてしまう！？

玲生は学園に裏の仕事を強要されていたことに恨みを持ち、復讐のために今回の誘拐を企てたのだった。玲生に捕まって監禁されてしまった蜜柑とスミレは、何とか脱出を試みるが･･･！

学園祭開幕！能力クラス別出し物「RPGアラジンと魔法のランプ」に気合を入れる特力系の生徒たち。蜜柑もアラビア風の衣装で大はしゃぎ。噂が広がりこのアトラクションは大人気に！そして何と棗も遊びにやってきた！？

学園祭まっ只中！蛍は自分の発明品ピグラー3号を紹介し皆の注目を集める。しかし一方で蛍が発明したアトラクションに勝手に乗り込んだ少年が事故を起こしてしまう。そこに現れた潜在形の幹部･･･、彼と蛍の関係は･･･！？

学園祭はまだまだ続く！蜜柑たちは委員長たち潜在能力系のアトラクション、お化け屋敷にやってきた。怖いものが苦手な蜜柑は大パニック。その上棗とふたりで暗闇の中に閉じ込められるハメになり…!?

学園祭も残すところわずか。流架は体質系のクラスの演劇「眠れる森の白雪姫」でお姫様を演じることになっていた。しかし、ひっつき玉が他の役者たちにひっつきこのままでは上演できない状態に！急きょヘルプで役につくことになった蜜柑たち。しかも蜜柑の役は王子様だった…!?

学園祭の後夜祭、毎年恒例の閉会式(表彰式)&ダンスパーティーが行われる。後夜祭では天使の衣装でダンスをするのだ。みんなパートナー探しに大興奮！棗と流架は女子に大人気。蜜柑と踊りたい流架。果たして、蜜柑は誰と踊る･･･！？

期末試験シーズン到来！優等生賞をとれば１週間の里帰りとセントラルタウン買い物券一か月分が与えられる。どうしても田舎のじーちゃんに会いたい蜜柑は無謀にもこの優等生賞目指して必死に勉強をはじめた！

「人形をつくるとその人形に魂を宿らせてしまうアリス」を持つ園生かなめが、入院中の病院から一時帰ってきた。かなめはベアの生みの親。それを知った蜜柑は、これ以上凶暴な人形を作らせまいとする。しかし翼先輩たちは、そんな蜜柑をなだめる。かなめはアリスを使うたびに、寿命を縮めてしまうのだった･･･。

アリス学園にマスクドQ率いるサーカスがやってきた。アクロバットや動物のショーに生徒たちは大はしゃぎ。サーカスを観て感動した蜜柑は体育の授業でアリスを否定すような発言をし、神野先生から怒られてしまう。一方流架はマスクドQの正体を知る。

疲労困憊している棗にペルソナはさらに裏の仕事を強要する。蜜柑たちは棗を守ろうと抵抗、教室の中にたてこもる。混乱した状況の中で生徒たちは鳴海先生のことも信用できなくなってゆく。一方流架はレオに洗脳され･･･！？

レオの陰謀でサーカスの動物たちが大暴走を開始！？レオは再び生徒たちを洗脳してゆく･･･。学園は大混乱！そんな中、鳴海先生とレオの過去が徐々に明かされてゆく･･･。

平和の戻ったアリス学園・・・なのに突然蛍が留学するという噂が浮上！蛍と離れたくない蜜柑は大ショック。落ち込む蜜柑だが棗に説得され、蛍を応援しようと心に決める。