ジェナス・ディラは厳しい養成所の訓練を乗り越え、同期のラグナ・セラとともに、人類のヒーロー｢アムドライバー｣としてキャンプリトルウィングに配属された。先輩アムドライバーへの挨拶もそこそこに、キャンプに鳴り響くバグシーン襲来警報。使命感と希望に燃え実戦デビューを迎えるジェナスであるがそこには厳しい現実が待ち受けていた・・・

ジェナスとラグナは人気、実力No.1アムドライバーであるシーンユニットと共に出撃することになる。初出撃の汚名を挽回しようと張り切る二人に対し、助け船をだすかのように様々なアドバイスを与えるシーン。しかし、それは新人アムドライバーへ手荒い歓迎を与えようというシーンの策略であった・・・

｢目立つために戦う｣というアムドライバーのあり方に反発し、ユニットから離れ単独行動するジェナス。ちょうどそんな時、セラも同じような疑問を抱き、パフ達と別れて出撃していた。即席コンビとしてバグシーンの襲撃を退けるジェナスとセラ。しかし、そんな二人の前にいままでよりずっと強力な大型のバグシーンが現れる。

徐々にその実力を発揮し始めるジェナス。ラグナはそんなジェナスをみて焦りを感じ、ベテラン・アムドライバーであるダーク&タフトと共に出撃する。一方、ジェナスはバグシーンを追って偶然迷い込んだ森の中で、謎の美少女に遭遇する。その名はシャシャ・・・

ジェナ・ラグコンビにアレンから作戦司令が。それはなんとシーンユニットとの共同作戦であった。複雑な気持ちのまま、呉越同舟でバグシーン迎撃ポイントであるゴーストタウンに向かうジェナス達。そんな彼らの前にアムドライバーを目の敵にする二人の少女が現れる・・・

油断と過信からかボーダタックを失敗してピンチに陥るジェナスは先輩アムドライバー：ダークユニットに窮地を救われる。一方、シーン達のバイザーは羨ましくて仕方のないラグナはプロトタイプの｢ボードバイザー｣で強引に出撃してしまう・・・

メディアにジェナスユニットとパフユニットの共同作戦の全容を発表する司令官アレン。そんな光景を目の当たりにしたジェナスは一人激しく反発してしまう。ラグナ達仲間と仲違いしたまま作戦に赴くジェナスであったが・・・

ますます激しさを増すディグラーズの攻撃。本格的攻勢のターゲットに選ばれたのは№1アムドライバーであるシーン・ピアースであった。新型バイザー｢エッジバイザー｣に乗り込みディグラーズと対峙するシーンであるが、その強大な力の前に徐々に追いつめられてしまう・・・

ついに、キャンプリトルウィングにまでディグラーズの魔の手が・・・自分たちのベースキャンプを守るため、ユニットを越えて団結するアムドライバー達。新型兵器｢バイザー｣を駆使した、決死の作戦が今、始まる！！

奮闘虚しく次々とリトルウィングに侵入するバグシーン達。やむなく基地からの撤収を決断するジェナス達の前にディグラーズと新型バグシーン｢トパス｣が立ちふさがる・・・

這々の体で基地を脱出したジェナス・ラグナ・セラ。散り散りになった仲間と合流するため｢南の砦｣に向かうジェナス達に衝撃の事実が・・・それはアムドライバーの存在の根幹を揺るがすものであった。

何とかシーンユニットと合流したジェナス達。シーンを、もう一度スターアムドライバーの座に着かせようとするキャシーはそんなジェナス達に対し、シーンのユニットに加わらないかと持ちかけるが・・・

自分たちを取り込もうとするキャシーへの反発から、シーンユニットと別行動をとるジェナス達。そんな時、彼らはアムドライバーの大ファンだという幼い兄弟アンディとミゲルに出会う。強引に自分たちの家にジェナスを招待するアンディ達であるが・・・

度重なる敗北に№1アムドライバーの自負とプライドを大きく傷つけられたシーン。そんなシーンをローディーであるキャッシーは激しく叱責する。一方ダークと感動の再開を果たしたジェナス達は、この世界をとく鍵を初代アムドライバーであるガン・ザルディが持つことに気付くのであった。

ガン・ザルディのもとに向かう道中で一軒のドライブインに立ち寄るジェナス達。店を切り盛りするガルシアとニコラの暖かいもてなしに、つかの間の休息をとる一行。しかし、そんな彼らにディグラーズ部隊の追跡が忍び寄るのであった・・・

ディグラーズ軍とシムカ軍の大規模な戦闘を止めるため、ジェナスとラグナは新型バイザー｢オルトロス｣を駆使し、単独でディグラーズの指揮車を急襲する。いったんはディグラーズを追いつめるジェナス達。しかし、ディグラーズの力は強大で思わぬ逆襲にあってしまう・・・

ガン・ザルディのいるサウスエンドへ向かうため、ジェナスたちは連邦政府の新設基地『メガベース』に侵入し、大型航空機キクロプスを奪取する作戦を発動させる。しかし、そこにはシムカの大いなる陰謀が渦巻いていた。

ようやく、ガン・ザルディがいるというサウスエンドに到着するジェナス達。その情報は間違いなく確かなものであるはずなのだが、彼に会うための手がかりはいっこうに見つからない。徐々にあせりを感じ始める彼らに、ジャスティスアーミー軍エーリック率いる追討部隊が襲いかかる！

ついに、伝説の初代アムドライバーであるガン・ザルディと出会ったジェナスは、この世界の戦いを終わらせる鍵が｢ゼアム｣と呼ばれる究極のアムエネルギーにあることを知らされる。衝撃を受けるジェナス達。そんな彼らの前に姿を現したのは意外な人物であった・・・

シムカ陣営とジノベゼ陣営の戦いを終わらせるために、究極のアムエネルギー『ゼアム』を手入れることを決心するジェナスたち。そんな時シムカから、今までの反乱を不問に付すかわりに、アムエネルギー輸送列車を護衛してほしいとの通信が入る。とまどいながらも護衛に向かうジェナス。しかし、そんなジェナス達の前に地獄の底から舞い戻った強敵が立ちふさがる。

ガン・ザルディに言われるまま、『ゼアム』を探す旅に出るジェナス達。使命感に燃えるジェナスのもとに、｢信頼の証｣としてガン・ザルディからある荷物が届くのだが・・・

究極のアムエネルギー『ゼアム』を手入れるという目的のため、表向きはシムカに従うジェナス達。『ゼアム』の手がかりを持つ工作員と落ち合うには、｢ミュネーゼ・タウン｣に潜入しなければならない。しかし、そこは、敵であるジノベゼ陣営のまっただ中であった。

パフとの再会・・・。しかし、互いの無事を喜びあう間もなく、パフはその銃口をジェナス達に向ける。どうやらジノベゼ陣営であるジャスティス・アーミーの軍門に下ったらしい。いったいなぜ？真意を確かめようとするセラは単身パフのもとに向かうが・・・

新型バイザー｢ランドバイザー｣を輸送中の大型航空機｢キクロプス｣が何者かの攻撃を受けた！急遽、シーンとともに｢ランドバイザー｣回収に向かうジェナス。しかし、そこには卑劣な罠が仕組まれていた・・・

パフのもとに行ったまま戻らないセラを救うため、｢ミュネーゼ・タウン｣への潜入を提案するジェナス。しかし、タウンに潜入するため手に入れた地下迷宮の地図は、あからさまに罠といわんばかりの怪しいものであった。潜入に慎重なダーク達に対し、ジェナスとラグナは・・・

パフの手引きにより、ジノベゼ陣営に捕らえられているアムドラサポーター｢シシー・クロフト｣の救出に向かうジェナス達。しかし、その作戦を察知したキャシーは、シシーを逆にジェナス達をおびき出す｢餌｣として利用することを思いつく。

シシーを無事救出し、何とかミュネーゼタウンを脱出したジェナス達。ほっとしたのもつかの間、なんともう一度タウンに戻って、知り合いに別れを告げたいと言い出すシシー。何かとシシーに肩入れするラグナは、ジェナスの反対を押し切り、セラとともに同行することにするが・・・

激しいバトルにショックを受けたセラは自室に閉じこもってしまう。そんな彼女に対し、いつも以上にいたわりの言葉をかけるジェナスとあえて普段通り接しようとするラグナ。ナムールに向かうという使命も忘れ、セラへの接し方をめぐり対立するジェナ&ラグであるが・・・

ジェナス達をおとり役にして、逃走するデポトレーラー。何とかディグラーズの執拗な追撃を回避したものの、マシントラブルにより走行不能となってしまう。とりあえず修理をするために近くの町工場に立ち寄るダーク達であるが・・・

ガン・ザルディの真意を確かめるために、ふたたび彼の元に向かうジェナス達。ガン・ザルディとは？ゼアムとは？その道中、ニルギースからジェナスに明かされたのは彼の真の目的と衝撃の過去であった・・・

シシーと二人で物資調達の任務に出かけたラグナは、つかの間のデート気分を満喫する。一方、度重なる敗北をキャシーに叱責されたロシェットは、新型兵器｢バグブレイム｣による追討作戦で名誉挽回を目論むが・・・

ジェナスは失意のラグナに言葉をかけられずにいた。そんな中、ロシェットへの復讐を誓い、ジェナス達と別れて単独行動をとるラグナ。仲間の所に戻るよう必死に説得するジェナスとセラに対しラグナは・・・。

シムカの指令により、｢ケーナ｣に向かうジェナス達。しかし、ようやく到着したその町は、戦争によって廃墟と化していた。衝撃を受けるジェナス達に対し、ピープルはアムドライバーこそが町の荒廃の元凶だと激しい非難の言葉を浴びせるが・・・。

ピースの情報を探るためムーロンに入ったジェナス達はキャンプ｢リトル・ウィング｣崩壊以降、消息不明であったマサキとフェイに再会する。そんな中、シーンを一人郊外の森に呼び出したキャシーは、もう一度手を組もうと提案するが・・・

セカンドピースがダラートの街にあることを突き止めたものの、｢ゼアム｣というキーワードを嗅ぎつけたキャシーに執拗に監視され、身動きのとれないジェナス達。そんな時、ジョイは意外な人物の手を借りることを提案する。

ウイルコット議長の指示により、｢エルバ｣に向かうジェナス達。その町で待っていたのは議長本人だった。戸惑うジェナスたちに対してウィルコットは逃亡の手助けを依頼する。その真意は・・・

ムーロンに到着したジェナスたちを待ち受けていたのはジャスティスアーミーの総攻撃であった。大量に投下される新型バグシーン。圧倒的な兵力の差により劣勢に追い込まれるジェナスたちの前に一人の老人があらわれ・・・・

ジェナスたちと逸れるシーン、ニルギース、シャシャたちに工作員から連絡が入り、待ち合わせ場所に向かう。一方、その情報を嗅ぎつけたキャシーは先回りし、工作員からピースを奪り、シーンたちを待ち伏せすることに。

ジノベゼの策略により悪者に仕立て上げられたジェナス達。何とかしてジェナスたちの潔白をレポートしたいマリーは、放送機材の調達を急ぐ。が、うまくいかず焦るマリーにある人物が接触してきた。その人物とは・・・・

スクール・キャトルが避難している｢クプティ｣にて元教官のマイヤーに会うジェナスとラグナ。研修生時代の話で盛り上がる3人。一方、キャシーはピース奪取のため、執拗にジェナス達をつけねらっていた。

ディグラーズとともにピュアアムドライバーの行方を捜すキャシー。苛立ちを覚えたキャシーはアムドライバー研修生を人質にジェナス達をおびき出す。罠とわかりつつ戦いに向かうジェナスたちだが・・・・

｢ゼアム｣というキーワードを嗅ぎつけたシムカはガン・ザルディに会いに行き、｢ゼアム｣の秘密をも知る。そして、新たな野望を抱き、キャシーのもとへ向かう。その狙いは共闘してジェナスの持っているピースを奪うことだった。

空港に荷物を受け取りに行く任務をまかされたシーンとセラ。その道中、飛行機墜落を目撃する。取り急ぎ現場に向かった二人はロシェ・KKと遭遇し、攻撃を受ける。必死に逃げるシーンとセラだったが・・・・

サポーターが用意した隠れ家に到着したジェナス達。休息をとるまもなく、何者かの襲撃をうける。その人物は見たこともないアムジャケットをまとい、恐ろしいまでの破壊力でジェナス達に襲い掛かる。その人物とは・・・・

ガン・ザルイディはキャシー、シムカの連合軍を引き連れ、ピュアアムドライバーを包囲し、総攻撃を開始する。徐々に追い込まれて完全に包囲されるジェンナス達。そんな中、シーンは単独でキャシーの部隊を目指して突進するのであった・・・・

戦友を失ったことで失意のピュアアムドライバー達。そんな中、ジェナスはロシェットへの復讐を誓い、飛び出していく。そして偶然ロシェットと遭遇する。ジェナスは怒りに任せて手を上げるのであったが・・・・

自己嫌悪に陥り落ち込むジェナス。見かねたシャシャはデートに強引に誘う。明るく振舞うシャシャのやさしさに触れたジェナスは徐々に自分を取り戻す。そんな中、彼らのもとにガン・ザルディが現れるのであった。

再び、襲いかかるガン・ザルディ。その驚異的なパワーの前にピュアアムドライバー達は苦戦を強いられる。必死に抵抗するも追いつめれるジェナス。そして彼の前に立ちはがかったガンザルディはついにゼアムデータを奪うのであった。

ガンザルディがゼアムの力を発動したことにより、アムエネルギーを奪われたピュアアムドライバー達はなすすべなく途方にくれていたが、ジェナスのゼアムジャケットだけは起動できることを知る。ゼアムジャケットに希望を託し最後の決戦に挑むことを決意する。

フルパワーのゼアムの力で攻撃するガンザルディの前に、防戦一方のジェナス。だが、裏切ったばずのニルギースがガンザルディからゼアムデータを奪い、ジェナスに渡すのであった。戸惑いながらもフルパワーのゼアムを装着し、ガンザルディと対峙するジェナスは・・・・