La Daedalus, la nuova astronave da battaglia terrestre, arriva in soccorso di Atlantide al comando del Colonnello Caldwell. L'intervento fortuito della nave riesce a mettere in salvo Sheppard, partito per una missione suicida allo scopo di distruggere le navi Alveari dei Wraith. Dalla Via Lattea è arrivato anche un nuovo ZPM che McKay mette in funzione per attivare gli scudi della città. Nel frattempo Ford viene recuperato dalle acque che circondano Atlantide, ma il tenente non è più quello di prima...

Grazie al nuovo ZPM i membri della spedizione possono collegarsi allo Stargate Terrestre e dopo un aggiornamento all'SGC sono in viaggio verso Atlantide a bordo della Daedalus.

Sheppard e la squadra cercano di localizzare il Tenente Ford su un pianeta disabitato, ma durante le ricerche Teyla e John vengono catturati da un uomo che i Wraith usano come preda durante battute di caccia. Nel frattempo McKay s'imbatte in Ford che continua a mostrare segni di squilibrio.

Ronon Dex accompagna Teyla in uno dei suoi viaggi commerciali e scopre che una piccola parte dei cittadini di Sateda, il suo pianeta d'origine, è sopravvissuta all'attacco dei Wraith, compreso il suo ex comandante. Nel frattempo McKay rischia di compromettere la sicurezza di Atlantide mentre studia uno generatore di energia costruito dagli Antichi.

Dopo essere stato infettato da un retrovirus, il corpo di Sheppard comincia a subire una mutazione genetica. Beckett e gli altri cercano di trovare una cura prima che sia troppo tardi e che John perda completamente il controllo di sé stesso.

La Daedalus porta la squadra ai limiti della Galassia per indagare su un'astronave degli Antichi chiamata Aurora che è rimasta inerte nello spazio per millenni. Arrivati a bordo, Sheppard, McKay, Teyla e Ronon scoprono che l'equipaggio è ancora vivo, in stato di sospensione animata.

Sheppard, Teyla, Ronon e Ford sono a bordo dell'Alveare, ma come previsto, il piano è andato in malora. McKay riesce a scappare dai suoi carcerieri iniettandosi una superdose di enzima e arriva ad Atlantide in pessime condizioni.

L'SGC scopre che il Trust ha infiltrato uno dei suoi elementi all'interno del progetto e che Atlantide è in pericolo a causa di un ordigno esplosivo che verrà attivato quando tenterà di collegarsi allo Stargate terrestre.

La Dottoressa Weir e John Sheppard vengono posseduti dalle coscienze di due alieni ritrovati in stasi alla deriva nello spazio. I due fingono di essere marito e moglie e chiedono il permesso di usare i corpi di John ed Elizabeth per dirsi addio, prima che il trasferimento di coscienza finisca.

La squadra è impegnata in una missione di salvataggio per mettere al sicuro il popolo di un pianeta la cui città giace su un supervulcano in procinto di esplodere. Le cose si complicano quando lo Stargate del pianeta finisce nella lava bollente.

La spedizione di Atlantide riceve una proposta incredibile dai loro acerrimi nemici, i Wraith. Un'astronave Alveare con a bordo Michael arriva in orbita e chiede un incontro con la Dottoressa Weir e Sheppard.

Due astronavi Alveari Wraith hanno catturato McKay e Ronon e si dirigono verso la Terra. Sheppard è nascosto nel suo 302 in prossimità di una dei vascelli e viene contattato da Michael che gli offre il suo aiuto.

Dopo aver tramutato l'equipaggio di una nave alvare Wraith in umani, Atlantis deve decidere del loro destino. Nel frattempo la dottoressa Weir attende la valutazione dell'IOA.

Sheppard, Teyla e Ronon vengono attaccati e catturati su un pianeta dagli abitanti di un villaggio che anni addietro ha offerto asilo a Ronon. Il villaggio subì le conseguenze della sua ospitalità venendo distrutto dai Wraith.

Mentre stanno effettuando un test di efficienza per il Ponte Intergalattico McKay-Carter (una catena di Stargate che permette di viaggiare dalla Galassia di Pegaso alla Via Lattea in trenta minuti), il team scopre una nave degli Antichi che sta viaggiando a velocità luce.

Le balene che abitano gli oceani di Lantea (il pianeta dove si trova Atlantide) migrano verso la città. Teyla è la prima a subire gli effetti devastanti delle loro onde sonore che minacciano di uccidere gli abitanti. Tuttavia sembra che le balene stiano cercando di comunicare con gli umani per avvertirli di un pericolo...

Per sconfiggere i Replicanti, il team di Atlantide è costretto a formare un'alleanza con i Wraith. Con l'aiuto di uno scienziato Wraith che ha offerto la sua collaborazione, Sheppard e gli altri partono in missione per ottenere la partecipazione di navi Alveari. Nel frattempo a bordo della Daedalus, Carter parla con il Colonnello Caldwell e ammette di sentire la mancanza delle missioni sul campo con l'SG-1.

La Galassia di Pegaso è afflitta da un'epidemia di origine sconosciuta. Teyla è convinta che il padre di suo figlio stia cercando di comunicare con lei. Mentre la squadra cerca di scoprirne di più, s'imbatte in una scoperta scioccante.

Il Colonnello Carter è alla guida di una missione per salvare alcuni membri della squadra rimasti intrappolati sotto le macerie del laboratorio di Michael. Nel frattempo Michael si sta avvicinando sempre di più a bordo di un'astronave da combattimento.

Daniel Jackson arriva ad Atlantide per effettuare delle ricerche su uno scienziato degli Antichi di nome Janus.

Todd informa gli abitanti di Atlantide che un Wraith ribelle è entrato in possesso di alcuni Z.P.M. e che ha al suo comando una formidabile nave alveare. La Dedalus ingaggia battaglia ma non riesce a sconfiggerla a la squadra viene a sapere che l'astronave nemica è in rotta verso la Terra....