Victime de cauchemar, Teyla part en mission avec l'équipe dans une ancienne base Wraith. Après des analyses, Beckett et Rodney découvrent que la jeune femme possède de l'ADN Wraith.

Une technologie Wraith transfère la conscience du Lieutenant Cadman dans la tête de McKay. Les scientifiques de la mission vont alors tout faire pour que la situation redevienne normale.

Un jeune Lieutenant amnésique fait une découverte perturbante à son sujet : il est un Wraith transformé par le rétrovirus du Docteur Beckett.

Les habitants d'Atlantis commencent à subir d'étranges visions et à tomber malade lorsque plusieurs balènes se dirigent vers la cité.

Sheppard réveille accidentellement une forme de vie cristalline qui désire éliminer le reste de l'expédition en envahissant leur cauchemards sous la forme de Sheppard.