Atlantis wordt gevonden en er wordt een groep mensen naartoe gestuurd in de hoop meer te leren over de Ancient Technologie en levende Ancient te ontmoeten.

Een nanovirus is losgebroken en doodt iedereen die eraan wordt blootgesteld. McKay komt met een team in een deel van de stad dat overstroomd is geweest en nog niet onderzocht is. Als ze terug willen keren blijken er twee mensen te zijn verdwenen.

Met de Wraith in aantocht doet McKay een voorstel om SGC te laten weten hoe ze ervoor staan. Ondanks dat ze niet terug kunnen door de Stargate, kan de Gate 1,3 seconde open blijven om data te versturen. Terwijl Ford bezig is met deze opnames gaan Teyla en Sheppard kijken hoe groot de invasie van de Wraith worden en die wordt groot, zeer groot.

De Wraith zijn bij Atlantis en beginnen het beleg. McKay komt op het idee om de kapotte satelliet van de Ouden te repareren. Deze kan de drie Wraith schepen die in aantocht zijn vernietigen.

Atlantis heeft hulp gekregen van SGC en de Deadalus die een ZPM bij zich hebben. Atlantis zal door de Wraith worden verslagen en in hun handen vallen, iets wat nooit mag gebeuren. Dr. Weir ziet geen andere mogelijkheid dan evacueren.

Nadat de 3 Hiveships zijn vernietigd, ontdekt dr. Zeleka een nieuwe vloot die onderweg is naar Atlantis. Het snelle herstel van Lt. Aiden Ford na de aanvaring met een Wraith baart Dr. Beckett zorgen. Ford kan namelijk wel eens geïnfecteerd zijn met een Wraith enzym. Ondertussen heeft het team weinig tijd om weer op krachten te komen nadat ze de eerste aanval van de Wraith op Atlantis hebben overleefd. De Wraith plannen immers alweer een nieuwe aanvalsgolf. McKay bedenkt een drastisch plan, maar veel tijd is er niet meer.

Onderweg vanaf de aarde, heeft de Deadalus te kampen met een Wraith computer virus. Een Wraith Artificial Intelligence heeft de computers aan boord van de Daedalus geïnfecteerd. De A.I. neemt het schip over en zet koers naar Wraith gebied. Dr. Rodney McKay moet het computervirus elimineren voor het er in slaagt Wraith gebied te bereiken.