Dopo aver rinunciato alla sua posizione al Comando Stargate, la Dr. Elizabeth Weir ha lavorato in Antartide, raccogliendo membri per una spedizione per raggiungere la città perduta di Atlantide. Non appena Dr. Jackson trova l'indirizzo ad 8 simboli, inizia una nuova avventura in una nuova galassia.

La squadra esplorativa di Atlantide s'imbatte in una serie di incontri sfortunati con i Wraith ed Elizabeth si rende conto che c'è una spia all'interno della comunità. I sospetti cadono sugli Athosiani, i quali decidono di abbandonare la città per trasferirsi sulla terra ferma. Dopo il loro trasferimento, gli attacchi continuano e Teyla diventa la prima sospettata.

Teyla soffre di terribili incubi e con l'aiuto di Beckett e di sua nonna scopre di essere una discendente degli umani che, generazioni addietro, sono stati usati come soggetti per esperimenti genetici dai Wraith.

Dalla Terra arrivano rinforzi per aiutare gli abitanti di Atlantide e i militari prendono controllo della città per prepararsi al conflitto imminente con i Wraith. Purtroppo la difesa subisce duri attacchi dai nemici e Elizabeth chiede un colloquio con il leader degli Genii per ottenere due testate nucleari da usare con i puddle jumper contro le navi Alveari.