复制者为了消灭幽灵对飞马星系人类居住的星球进行毁灭性的攻击，亚特兰蒂斯方面同他们所俘虏的幽灵科学家开始合作，和幽灵以及飞马系的流浪部落结成同盟，共同致力于消灭共同的敌人复制者。

Carter为一场巨大的世界外爆炸的受害者展开了一次营救行动； 但是救援队必须与迈克尔和他的军队作战，他们也希望能够挽救幸存者。

Daniel Jackson返回亚特兰蒂斯，对兰坦科学家Janus进行研究。 但是，在找到了Janus的秘密实验室之一之后，McKay和Jackson在亚特兰蒂斯出现一艘外星人飞船后失踪，第一次接触的进展不佳。

Sheppard和Zelenka在星际之门爆炸中幸存下来，但这座城市遭到严重破坏。 Todd迫使Sheppard放弃了阿特罗装置（Atero Device）的位置，前往Daedalus。

Wraith计划通过将Hive船与来自Asurans的失窃的零点模块集成在一起来升级Hive船，并从替代现实（“ Vegas”）中拾取来自地球的微弱信号，确定该船地球的位置。