L'expédition d'Atlantis a survécu au premier assaut des Wraith -qui sont déjà en train de préparer la deuxième vague ! McKay imagine un plan intelligent mais risqué, et le temps joue contre lui...

L'équipe d'Atlantis rend visite à la terre par la porte des étoiles. Pendant le voyage de retour, le Dédale est attaqué par un virus informatique qui permet aux Wraith d'accéder à son hyperpropulsion - et à la Terre.

L'équipe Atlantis part à la recherche de Aiden Ford qui s'est enfui après avoir connu une mutation. Mais durant cette recherche, ils vont découvrir un homme devenu la proie des Wraiths.

Ronon Dex découvre que son peuple n'a pas totalement été annihilé par les Wraiths puis il part à la recherche de Kell, son ancien maître d'arme, pour régler quelques affaires.

Le Lieutenant Colonel Sheppard absorbe le médicament anti-wraith du Dr Beckett, et sa réaction est inattendue. Il subit une transformation physique perturbante. Ces effets peuvent-ils être inversés avant qu'il ne soit trop tard ?

Quand l'équipe découvre un vaisseau Ancien, McKay et Sheppard sont surpris de découvrir que l'équipage à bord connaît une faille à propos de la technologie Wraith.

Sheppard et son équipe sont faits prisonniers et emmenés à bord d'un vaisseau ruche, où Sheppard est interrogé par la reine, qui veut des informations sur la façon dont il a infiltré le vaisseau. De leurs côté Teyla et Ronnon commencent à sentir le manque d'enzyme... McKay trouvera-t-il un moyen de les tirer de là ?

Un agent de la confrérie a dissimulé une bombe sur Atlantis. L'équipe doit démasquer l'espion avant que les Wraiths n'arrivent et ne trouvent la cité. Pendant ce temps, Teyla préside aux obsèques d'une amie très chère.

L'équipe trouve deux capsules où ont été téléchargés les esprits de deux aliens. Quand les aliens s'emparent des corps de Weir et Sheppard, ils recommencent leur lutte à mort, semant la panique dans la base.

Sur un autre monde, l'équipe découvre une base Ancienne occupée par les autochtones. Mais le volcan dans lequel elle se trouve va se réveiller, menaçant de détruire le complexe.

Atlantis reçoit un message étrange : des Wraiths seraient prêts à s'allier avec eux afin de détruire leur congénères. Mais rapidement, cette alliance va se retourner contre les terriens.

Le Dédale remporte tant bien que mal la bataille contre les deux vaisseaux ruches et Sheppard échappe de justesse à la mort suite à l'attaque de son F302. Il décide d'entreprendre une mission afin de libérer McKay et Ronon qui sont toujours emprisonnés par les Wraith.De son côté, Weir, qui s'est rendue au SGC, tente de mettre en place un plan d'attaque afin d'empêcher les vaisseaux ruches Wraith d'arriver sur Terre.

Sheppard et son équipe sont de retour à Atlantis en possession du vaisseau ruche Wraith dont ils se sont emparés pour s'échapper. Le docteur Weir présente au groupe Richard Woolsey, qui l'a accompagnée pour évaluer son travail à la tête de l'expédition. Les membres de l'équipe d'Atlantis doivent maintenant déterminer le sort qu'ils réservent aux 200 Wraith qui ont été capturés et humanisés par le docteur Beckett.

En explorant une planète inconnue, Ronon a un mauvais pressentiment. L'équipage ne tarde pas à découvrir un petit village dont les habitants, terrorisés par ces nouveaux arrivants, ouvrent le feu et blessent McKay. Les membres de l'expédition retournent alors à la Porte des Etoiles, mais seul Ronon arrive à passer de l'autre côté, abandonnant ses coéquipiers sur la planète.

La mission de Jack O'Neill pour défendre Atlantis échoue lorsque Richard Woolsey et lui même sont faits prisonniers pendant un assaut des Réplicateurs. L'équipe de Sheppard, le Docteur Weir et le Docteur Carson volent un jumper et partent pour la galaxie Pégase dans l'espoir de les sauver. Mais parviendront-ils à reprendre Atlantis ?

L'équipe doit secourir le Général O'neill et Richard Woolsey qui ont été fait prisonniers par les Asurans sur Atlantis.

Les habitants d'Atlantis commencent à subir d'étranges visions et à tomber malade lorsque plusieurs balènes se dirigent vers la cité.

McKay découvre comment anéantir les Asurans. Parallèlement L'équipe d'Atlantis est contrainte de faire équipe avec les Wraiths afin de combattre les Asurans pour les distraire et que McKay les aneantissent une bonne fois pour toutes. Les vaisseaux de Larrin se joignent à eux pour cet affrontement inédit.

Alors qu'une mystérieuse nouvelle maladie balaie la galaxie Pégase, Teyla est convaincue par une vision que le père de son enfant essaie de communiquer avec elle. Elle tente de joindre Sheppard qui est parti en mission pour le mettre au courant de la situation.

Carter lance une opération de secours pour retrouver l'équipe enfouie sous les décombres de la base de Michael. Pendant ce temps, celui-ci apprenant que sa base s'est auto-détruite, se rend sur place avec un vaisseau ruche et envoie ses hybrides pour capturer les survivants. Cependant, l'arrivée du Dédale pourrait bien nuire à son plan.

Daniel Jackson revient sur Atlantis afin de trouver des renseignements sur Janus, un scientifique Ancien qui aurait dissimulé un laboratoire dans la cité d'Atlantis.

Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs E2PZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace pour Atlantis. A bord du Dédale, le colonel Caldwell, le colonel Sheppard et le reste de l'équipe se précipitent pour engager cette nouvelle ruche. Mais ce nouveau vaisseau amélioré grâce aux E2PZ prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain et inexplicable saut en hyperespace. Perplexe devant ce départ soudain des Wraith, l'équipe découvre un faible signal subspatial Wraith (voir épisode précédent). En l'analysant, McKay remarque vite que ce message a été envoyé, à travers le sous-espace, d'une autre réalité. Une fois déchiffré, leurs pires craintes se concrétisent. Le message Wraith contient les coordonnées de la Terre !