Episódio duplo. No episódio de estreia da série, um novo grupo de exploradores se aventuram na cidade perdida de Atlantis. Presos numa nova galáxia e sem a possibilidade de voltar a Terra, o grupo se depara com um poderoso inimigo.

Continuação da primeira parte.

Como os Wraith continuam atormentando as missões de Sheppard, Weir começa a desconfiar que existe um espião duplo agindo entre eles.

A equipe Atlantis encontra uma civilização humana que pode ter desenvolvido uma arma formidável contra os Wraith.

Vários moradores de Atlantis são infectados por um vírus mortal. Com isso, os governantes são forçados a isolar a cidade.

A equipe parte em busca de um valioso equipamento que supostamente está escondido no planeta Dagan. No entanto, seus novos aliados têm suas próprias razões para apanhar o objeto.

Os integrantes da expedição Atlantis encontram uma brecha para enviar transmissões a Terra e gravam mensagens em vídeo para seus entes queridos.

Quando pesadelos terríveis sobre os wraiths atormentam Teyla, ela vai se aconselhar com o psicólogo da cidade e descobre que ela pode "sentir" os wraiths. Determinada a descobrir mais sobre essa sua característica, ela lidera uma pequena equipe em missão a um planeta no qual as vítimas dos wraiths retornam "miraculosamente". Lá, eles descobrem o que parece ser um laboratório de estudos genéticos. Será que a ligação de Teyla com os wraiths é resultado de experiências genéticas?

Um esquadrão Wraith está a caminho de Atlantis. A equipe procura um lugar para escapar e uma maneira de destruir a cidade. Mckay lidera uma equipe para tentar ativar a plataforma orbital de armas dos Antigos.

Após a morte de seu pai, Sheppard volta à Terra e descobre que os cientistas criaram um Replicador com traços humanos que agora está à solta.