Sheppard在一个星球被一个Genii指挥官截住，这个幽灵在这个星球很多年了。Kolya利用Sheppard向Atlantis提出交换Genii首领的要求。Atlantis多次派队伍救援无效。之后Sheppard和幽灵结成逃亡联盟试图逃脱。

Beckett目睹一些医护人员在为一个严重烧伤的人做手术，但是突然他们全都不见了。Mckay正在研究一个不明的、无法表述的滤波器，这个东西使得他们能讲一种已知的语言。

一支SGA小队在探索一个星球的时候发现该星球的上空规则的布满了正在工作的古人技术卫星，但星球上的人们却过着相对原始的生活，技术也比较落后。小队还发现星球上的人们把Rondey的像片当作神来供奉。原来这个星球是古人的一个试验场所。古人通过一个游戏装置指导该星球上的人们工作、生活等等。古人战败后该星球便停止利发展，是Sheppard 和Rodney无意中继续了古人的游戏。Sheppard和Rodney变成了该星球上两个国家共同的神。

这是Atlantis的一个平凡的星期天，Weir和她的手下一如往常一样处理着各种事务。一个很帅的年轻科学家Mike Branton在休息日里找到在办公室里正在工作的Weir想泡她。

SAM接任Atlantis的主管，Ronon和Teyla在一个星球上找到Ronon的几个故友，他们想去Atlantis但被SAM拒绝，但SAM同意Sheppard小组协同他们去破坏幽灵的试验基地。

Sheppard单独驾驶 Jumper穿越星门执行任务时被不明武器击中并被俘虏。对手是一个飞马星系的另一支未知人类队伍。他们正在寻找可供他们息存的古人飞 船，但因没有古人基因而无法试用就强迫Sheppard为其开启古人战舰。

当一个神秘的探测器闯入亚特兰蒂斯城时，SGA小队确信复制者已经找到了他们。

探险队获得了一艘幽灵母舰，在定位装置上发现了幽灵的一个基地，该基地是幽灵得到ZMP后运行起来的‘幽灵复制系统’。一旦复制成功，飞马系将出现不可设想的后果。

Sheppard和McKay总是热衷于帮助他们的盟友，他们接受了由Harmony的姐姐提出的一个要求，陪她进行一次苦行，进入森林去寻找启示以代她的已逝母亲来成为女王。

Carson Beckett的克隆人从淤滞中移出，可能得到治愈，而这又是唯一可以为严重的医学问题找到治愈方法的人，但对他的最亲密的朋友来说为时已晚。 Keller博士被用来种植一艘占领了亚特兰蒂斯部分地区的幽灵船。

Sheppard、Beckett和Teldy少校来到了一个星球，该星球的迈克尔研究设施之一是隐藏在洞穴系统中的早期人类-人类杂交种。 团队与混合动力战斗并杀死了它们。

SGA小队援助了一个受到幽灵威胁的村庄，但是当Keller博士被另一名奔跑者绑架时，Ronon和McKay必须解救他们中的一个。

Sheppard和他的团队遇到了一男一女名叫Sefaris和Novo，巴拉拉行星的两个幸存者，他们在霍芬瘟疫中幸存下来，与Beckett博士一起帮助其他人。 但是，当幽灵来找猎杀他们时，巴拉兰人面临着村子的背叛。

Sheppard被Acastus Kolya绑架。。在亚特兰蒂斯，Woolsey、McKay和其他团队成员发现一个名为Sakari的古老种族，这是一个基于硅的生命形式，它使用强烈的幻觉来操纵人们。

Keller医生被诊断出患有心理疾病。 但是，亚特兰蒂斯号探险队几乎没有意识到她已经接触过身体转换技术，这与SG-1在SG-1情节“ Avalon”中发现的那种要求受试者不靠近身体的技术相似。 同时，Keller的意识面临着一个通缉的逃亡妇女Neeva的拼命挣扎。 最终，SGA小队找到了该装置，而Ronon则将其销毁。