John Sheppard viene catturato da Kolya il quale cerca vendetta e pretende di scambiare John con Ladon, l'attuale leader degli Genii.

Le balene che abitano gli oceani di Lantea (il pianeta dove si trova Atlantide) migrano verso la città. Teyla è la prima a subire gli effetti devastanti delle loro onde sonore che minacciano di uccidere gli abitanti. Tuttavia sembra che le balene stiano cercando di comunicare con gli umani per avvertirli di un pericolo...

Per trascorrere il tempo, Sheppard e McKay si sfidano con un gioco scoperto al tempo del loro arrivo in città, una sorta di gioco di strategia in tempo reale. Tuttavia, ben presto scoprono che quello che sembrava essere un innocuo divertimento è in realtà un elaborato esperimento scientifico.

La squadra si gode un giorno di relax e ognuno si dedica alle sue attività preferite. Disgraziatamente la serenità dura poco e la città viene devastata da un'esplosione.

Ronon incontra un gruppo di amici suoi concittadini i quali gli chiedono di lasciare Atlantide per unirsi a loro. Il Colonnello Samantha Carter arriva in città per assumere il comando della spedizione.

Sheppard viene rapito da un gruppo di persone che vive a bordo di una flotta di astronavi. I suoi rapitori gli raccontano che sono stati costretti a rimanere a bordo delle loro navi per via della guerra con i Wraith e che lo hanno rapito a causa del suo gene in grado di attivare la tecnologia degli Antichi.

Una sonda misteriosa precipita su Atlantide e la spedizione è convinta che sia opera dei Replicanti. Tuttavia, la situazione diventa ancora più misteriosa quando il team s'imbatte in Elizabeth Weir.

Il team di Atlantide si impadronisce di un'astronave Alveare dopo aver sconfitto i Replicanti e scopre qualcosa di nuovo sul suo nemico di sempre. Nel frattempo i poteri mentali di Teyla aumentano grazie alla gravidanza.

Sheppard e McKay scortano una Principessa che sta compiendo un pellegrinaggio per essere incoronata Regina. Durante il viaggio s'imbattono in un vecchio antagonista.

La Dottoressa Keller viene aggredita da un'entità aliena e la squadra si rivolge al clone di Carson che è stato da poco rimosso dallo stato di ibernazione.

Durante una missione su un pianeta dove si trova uno dei laboratori di ricerca di Michael, Sheppard e Beckett s'imbattono in una creatura terrificante.

La Dottoressa Keller viene rapita durante una missione di assistenza su un altro pianeta. Ronon e McKay si mettono sulle sue tracce e scoprono che l'uomo che l'ha rapita ha qualcosa in comune con Dex.

I Wraith scoprono la presenza di un gruppo di sopravvissuti agli esperimenti di Michael che la squadra di Atlantide ha sistemato presso il popolo di un altro pianeta. Sheppard e gli altri cercano di convincere gli abitanti del villaggio a evacuare prima che l'astronave Alveare arrivi.

La spedizione sta esplorando il loro nuovo pianeta e la squadra scopre che esiste un'antica razza di alieni indigeni del posto. Nel frattempo Sheppard viene catturato da un vecchio nemico creduto morto.

Una ladra usa un congegno degli Antichi per scambiare il suo corpo con quello della Dottoressa Keller, la quale in fuga da Atlantis, deve vedersela con il complice della ladra che le ha rubato il corpo e un gruppo di cittadini derubati che sono sulle sue tracce.