Kolya, un ancien ennemi Genii d'Atlantis, capture Sheppard. Il souhaite s'en servir comme monnaie d'échange pour traiter avec Atlantis et récupérer les technologies qui l'intéresse. Pour cela, il choisit d'envoyer une vidéo à Weir où l'on voit Sheppard torturé par un Wraith.

Les habitants d'Atlantis commencent à subir d'étranges visions et à tomber malade lorsque plusieurs balènes se dirigent vers la cité.

Sheppard et McKay découvre que l'un de leurs jeux vidéo contrôle la population d'une vraie planète dans la galaxie de Pégase et que cette dernière est sur le point d'entrer en guerre.

Une journée de repos pour les membres de l'expédition Atlantis se transforme en tragédie lorsqu'une explosion retentie dans la cité.

Lorsque l'équipe rencontre d'anciens compagnons de Ronon, ce dernier doit alors décider s'il désire demeurer sur Atlantis ou rejoindre ses compagnons.

Le Colonel Sheppard est capturé par les habitants d'un vaisseau spatial qui désirent utiliser son habileté à manipuler les technologies des Anciens à leur avantage.

Les plus grandes peurs de l’expédition se voient réalisées après que la cité est percutée par un étrange drone, pensant que les Réplicateurs ont localisé la cité. Mais quand Elizabeth Weir fait sa réapparition, l’équipe se rend compte que cette sonde fait juste partie d’un plus grand mystère.

L'équipe d'Atlantis entreprend avec succès le sauvetage d'un vaisseau ruche partiellement endommagé et ils récupèrent d’importantes informations qui peuvent les aider dans leur guerre contre les Wraiths.

Lors d'une visite sur un monde avec lequel l'équipe de Sheppard avait précédemment créé un lien commercial, Sheppard et McKay doivent entreprendre un pèlerinage afin de protéger la future reine et l'avenir de leurs relations diplomatiques avec ce monde.

Le docteur Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants (voir épisode précédent). Parallèlement, avec les informations collectées dans la base de Michael, le sérum dont avait besoin Carson pour survivre est resynthétisé et ce dernier est libéré de sa stase.

Sheppard et le docteur Beckett rejoignent une équipe d'exploration qui a découvert un laboratoire Wraith. Une première dans les séries Stargate, l'équipe SG qui a découvert le laboratoire est composée uniquement de femmes.

L’équipe vient en aide à un village menacé par l’arrivée des Wraiths. Cependant, lorsque le docteur Keller est enlevée par un Coureur, leurs plans doivent changer pour mener à bien la mission.

Lorsqu’un groupe de survivants au sérum Hoffan s’installe sur une nouvelle planète grâce à l’équipe d’Atlantis, ces derniers doivent convaincre les habitants de la planète de ne pas mettre à mort les nouveaux venus !

Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey fait la connaissance de la mystérieuse docteur Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue dans la galaxie de Pegase.

Subitement, une malfrate du nom de Nina Kerson se retrouve dans le corps du Docteur Keller et poignarde Zelenka qui pose trop de questions à son goût. Peu de temps après, l'équipe de Sheppard s'aperçoit que le docteur Keller n'est pas elle-même lorsqu'elle menace Rodney avec une arme pour s'enfuir en Jumper. Sheppard et son équipe vont donc essayer de remettre les choses dans l'autre.