Na Zemi zistia, že na základni Atlantídy je bomba, ktorá má explodovať pri otvorení červej diery smerom k materskej planéte Zem. Atlantis sa podarí včas informovať, ale do systému niekto pridal program, ktorý sa opäť pokúsil spojiť sa so Zemou a potom začal vysielať núdzový signál. Ten zachytili dve nepriateľské lode Wraithov, ktoré zmenili svoj kurz a teraz sa blížia k mestu pozemšťanov, Atlantíde.

McKay je na palube Deadala a chce vyskúšať medzigalaktický most, ktorý spoločne s Carterovou vymyslel. Ide vlastne o to, že medzi Zemou a Atlantídou je umiestnených viac ako 30 brán a cestovanie z jedného miesta na druhé ide ľahko a rýchlo. Pri teste sa však objaví na blízku nejaká cudzia loď. Rodneymu sa podarí loď kontaktovať. Tá je antického pôvodu a na palube sa nachádzajú Antikovia. Majú však nejaké problémy s hyperpohonom, preto požiadajú, aby ich Daedalus prepravil na Atlantídu. Po prílete do strateného mesta Antikovia chcú, aby expedícia opustila Atlantídu, že už sa o mesto postarajú sami...

Atlantída je pod vedením Antikov. V meste sa nachádza aj gén. O'Neill a Richard Woolsey z I.O.A., ktorí majú s Antikmi vyjednávať. Lenže mesto je napadnuté replikátormi. Tím pplk. Shepparda spoločne s dr. Weirovou a dr. Beckettom sa aj napriek zákazu SGC vracia jumperom pomocou medzigalaktického mosta späť na Atlantídu. McKay dostane nápad, ako replikátorov v Atlantíde zlikvidovať. Chce využiť Niama - replikátora, ktorý sa pohybuje na obežnej dráhe.

Atlantída sa pohybuje voľne vo vesmíre kvôli predčasnému vystúpeniu z hyperpriestoru. Nikto nevie, v ktorej časti vesmíru sa mesto nachádza a ešte do toho je ťažko zranená dr. Weirová. McKay spoločne so Zelenkom zistia, že Atlantíde nebezpečne rýchlo klesá energia, pretože lúč replikátorov poškodil rozvody. ZPM sa teda vybíja omnoho rýchlejšie a uz moc dlho nevydrží. Rodney je tak nútený vypnúť všetky nepotrebné systémy a postupne zmenšovať štít...

Atlantída je stále vo vesmíre, preto sa Rodney McKay snaží dokončiť Hyperpriestorový generátor určený pre jumper. Ak sa to podarí, môže Sheppard a jeho tím vniknúť na domovskú planétu replikátorov, aby ukradli ZPM potrebné pre Atlantídu. To sa podarí, všetko je v poriadku, avšak Rodney nájde v zdrojovom kóde replikátorov príkaz, ktorý ich núti útočiť na Wraithov. Tím sa teda s pomocou dr. Weirovej pokúsi kód znova aktivovať. Potom sa Sheppardov tím vráti jumperom na Atlantídu, kde ihneď aktivujú ZPM, vyberú vhodnú planétu a Atlantída tak pristane na novom mieste...

John Sheppard sa od plukovníka Carterovej dozvedá o smrti svojho otca. Cestuje teda spoločne s Ronon bránou z Atlantídy na Zem. Na pohrebe stretne dievča, ktoré vie až moc informácií o tajnom projekte s využitím nanitov. John a Ronon zistia, že sa na Zem s nanitmi experimentovalo a že vznikla ľudská forma replikátora. Ten však utiekol a je veľmi nebezpečný. Sheppard teda rozbehne po replikátorovi pátranie, v ktorom mu pomáha jeho starý známy z Atlantídy- seržant Bates. Hon začína...

I.O.A. pozýva všetkých mimozemských členov expedície na pohovor, ktorý vedie pán Coolidge, ktorý nemá k cudzincom dôveru. Teyla sa už úspešne vrátila, teraz je rad na Rononovi. Carterová si myslí, že Ronon je impulzívny typ a tak pozve svojho starého známeho z SG1 Teal'ca, aby Rononovi poradil. Ten však pomoc odmieta, hovorí, že vie, čo robiť. Čas stretnutia z Coolidgeom sa blíži, a tak Ronon a Teal'c cestujú na Zem. Aby sa zbytočne nevyčerpávalo ZPM, cestujú cez stanicu Midway, ktorá je prostredníkom medzi galaxiou Pegas a Mliečnu dráhou. Lenže tam sú napadnutí Wraithami, ktorí sa dostanú až na Zem. Teal'c a Ronon ich musia zastaviť...