Майор Шеппард спасен подоспевшим на помощь Атлантису земным крейсером Дедалом. Корабль привез на Атлантис МНТ, над городом поднимают щит. В это время в городе найден лейтенант Форд, Рейф успел ввести в него фермент, который изменил Эйдена. Оружие Асгардов и их лучевые технологии сбивают несколько кораблей, но оставшихся слишком много.

Дальнейшее изучение технологий Атлантиса позволяет обнаружить корабль Древних на самой окраине галактики Пегаса. Команда Шеппарда на Дедале отправляется за ним, но обнаруживают, что Рейфы опередили их. Корабль-разведчик удается уничтожить, но приходится спешить, поскольку Рейфы успели вызвать помощь. На «Авроре» Атлантийцы находят несколько тысяч камер стазиса с чрезвычайно постаревшими Древними внутри. Маккей обнаруживает, что камеры поддерживают ментальную связь друг с другом, создавая некую виртуальную среду. Шеппард погружается в одну из камер, чтобы войти в сеть. Там он обнаруживает весь экипаж «Авроры», который спешит вернуться домой, не подозревая, что все окружающее не реально. Тем временем Ронон и Тейла находят в одной из камер Рейфа.

Остатки банды Форда и команда Шеппарда пытаются бежать из камеры на корабле-улье. По пути Джон решает помочь людям, законсервированным в коконах, и беглецы снова оказываются пойманы Рейфами. Постепенно действие фермента начинает проходить, и у принимавших его начинается ломка. Тем временем Маккею удается бежать из пещеры, где его держали люди Форда, за помощью на Атлантис.

Междоусобные войны у Рейфов привели к тому, что Майкл, некогда обращенный ретровирусом Беккета в человека, вернулся на Атлантис вместе с небольшой группой своих единомышленников, чтобы предложить объединить усилия в борьбе против остальных Рейфов. Для этого Карсон должен придумать способ распространять ретровирус по воздуху. Но пока все надеются, что обрели новых союзников, подозрения не дают Ронону покоя.

Драматическая ситуация, в которой Атлантийцы и вся галактика Млечного Пути оказались в финале второго сезона, получит неожиданную развязку. Тем временем Элизабет Вейер придется доказать, что она по праву занимает свое место, и найти общий язык с инспектором Международного комитета с Земли - Ричардом Вулси.

Экипаж корабля-улья практически полностью превратился в людей. Убить их атланйтицам не позволяет мораль, поэтому они перевозят этих обращенных на отдельную планету, где сообщают, что все они больны, а потеря памяти - просто побочный эффект. Но среди них есть и Майкл, который чувствует, что здесь что-то не так и поднимает восстание. Беккет попадает в ловушку.

Генерал Джек О'Нилл вызван в Атлантис, чтобы помочь в борьбе с расой Асуранцев - древними аналогами человекоподобных репликаторов. Городу угрожает полный захват Асуранцами, но в это время появляется корабль Древних. Экипаж корабля рассказывает атлантийцам истории своих жизней, открывая попутно новые возможности Атлантиса.

Атлантийцы должны придумать способ спасти Джека О'Нилла и Ричарда Вулси, которых захватили Асуранцы.