בפתח העונה השנייה, הדדלוס נחלצת להגנתה של אטלנטיס ממתקפת הרפאים, אך ייתכן כי אין די בכך כשהצוות מגלה שארמיה נוספת של הרפאים בדרכה.

ספינה קדמונית מתגלה בשולי הגלקסיה והצוות ממהר לצאת ולחקור אותה. בשל המרחק הגדול, הצוות נאלץ להשתמש בספינה "דדלוס", שמפקדה קולונל קולדוול לא שש לשתף פעולה עם ניר ושפרד.

הצוות לכוד על ספינת הכוורת של הרפאים ועם הגעתה של ספינה שנייה, מתגלים פרטים נוספים על הפוליטיקה הפנימית של חברת הרפאים ונראים בקעים באחדותם, דבר היכול לעזור לצוות להיחלץ מהספינה.

בפרק החותם את העונה, מציע מייקל לצוות באטלנטיס הצעה שאי אפשר לסרב לה - ברית עם אחד מהצדדים במלחמת האזרחים המתחוללת בקרב הרפאים. לאחר התלבטויות רבות, הצוות נענה להצעה.

שתי ספינות כוורת של הרפאים לוכדות את ד"ר מקיי ואת רונון ונמצאות בדרכן אל כדור הארץ. כעת על קולונל שפרד להציל אותם ולמצוא דרך לעצור את הרפאים מלהשיג "שטח מחייה".

הצוות של אטלנטיס חייב להחליט לגבי גורל מושבת רפאים שהם הפכו לבני אנוש. ד"ר וויר חייבת להגן על הנהגתה כשהיא עומדת בפני מבחן.

בעוד אנשי הצוות בוחנים שרשרת של שערים שיאפשרו להגיע מאטלנטיס לכדור הארץ בפחות מחצי שעה, הם מגלים ספינה עתיקה שטסה כמעט במהירות האור.

משימתו של גנרל ג'ק אוניל להגן על אטלנטיס נכשלת, כשהוא וריצ'ארד וולסי נלקחים בשבי במהלך התקפה על העיר; אנשי צוותו של שפרד יוצאים למשימה עצמאית ובחזרה לפגסוס, כדי להשתלט שוב על העיר.