Sheppard e gli altri indagano su una sostanza messa a punto su un altro pianeta che impedisce ai Wraith di cibarsi degli esseri umani.

Per risolvere il problema delle scorte alimentari, Teyla conduce la squadra sul pianeta dei Genii, pacifici contadini interessati a scambi commerciali. In realtà i Genii sono molto più avanzati di quello che sembra e stanno producendo in segreto un'arma nucleare per combattere i Wraith. Tuttavia, nonostante abbiano interessi in comune con i Terrestri, Sheppard si rende conto che non può fidarsi di loro.

Dopo essere stato infettato da un retrovirus, il corpo di Sheppard comincia a subire una mutazione genetica. Beckett e gli altri cercano di trovare una cura prima che sia troppo tardi e che John perda completamente il controllo di sé stesso.

Sheppard, McKay, Teyla e Ronon vegono catturati dal Tenente Ford, ora a capo di un gruppo di uomini che usa l'enzima dei Wraith come una forma di steroide. Ford somministra l'enzima a Teyla e Ronon per dimostrare che i suoi effetti sono un vantaggio e non un problema e nel frattempo cerca di convincere Sheppard a guidare una missione per distruggere un vascello Alveare.

Mentre stanno effettuando un test di efficienza per il Ponte Intergalattico McKay-Carter (una catena di Stargate che permette di viaggiare dalla Galassia di Pegaso alla Via Lattea in trenta minuti), il team scopre una nave degli Antichi che sta viaggiando a velocità luce.

Il Generale O'Neill e Richard Woolsey, rimasti ad Atlantide per negoziare con gli Antichi, rimangono intrappolati in città dopo che i Replicanti hanno lanciato un attacco uccidendo i loro creatori. Sheppard, Weir, Carson e McKay rubano un Jumper che si trova all'SGC e partono per una missione di salvataggio.