An 2018. L'être humain a colonisé les océans. Le capitaine Nathan Bridger est chargé de prendre les commandes d'un sous-marin, le Seaquest DSV. En compagnie de son équipage, il devra patrouiller les océans, faire l'interface entre les différentes communautés qui se sont implantées dans les mers et maintenir la paix et l'ordre sur la planète bleue. Un défi qui va amener Nathan Bridger et les siens à vivre de multiples aventures océaniques.